Entscheidende Schläge sind nach der Schlacht von Konitz von keiner Seite mehr geführt worden, da der Geldmangel sowohl bei den Polen wie bei dem Orden gleich groß war. Namentlich die Polen, weit ärmer als das Ordensland, brachten nur mühsam und unwillig die allernotwendigsten Summen auf, vom König für jeden derartigen Beschluß, der oft genug nicht einmal ausgeführt wurde, neue Rechte erpressend. Der erbitterte Parteihader zwischen den Magnaten und dem aufstrebenden niederen Adel lähmte die polnische Energie vollends. Die Litauer nahmen nicht nur nicht am Kriege teil, sondern bewahrten eine dem Orden offenbar wohlwollende Neutralität. Zwei Belagerungen des kleinen Lessen und mehrere Feldzüge mißlangen schmählich.
Mehrfach ist von Polen eine Beilegung des Streites versucht worden; der Hochmeister sollte nur die Lehenshoheit des Königs anerkennen. Leider entsprach der Schroffheit, mit der Ludwig von Erlichshausen alle Anerbietungen zurückwies, nicht seine Fähigkeit, durch eigene Kraft bessere Bedingungen zu erlangen. Sein unseliger Vertrag mit den Söldnern zwang ihn, da er den Sold nicht zahlen konnte, nach mehreren Fristen die Burgen auszuliefern. Trotz dem Widerstande der deutschen Söldnerführer, die mehr Nationalgefühl hatten als die preußischen Bürger und Ritter, knüpfte die tschechische Majorität unter Ulrich Čerwenka von Ledec Unterhandlungen mit Polen wegen des Verkaufs der Burgen an. Am 15. August 1456 kam der Vertrag zum Abschluß, 1456 wonach gegen eine Summe von 436 000 Gulden, zahlbar in drei Raten, die Burgen in ebensoviel Abteilungen dem Könige ausgeliefert werden sollten. Aber erst zu Pfingsten 1457 hatten die Polen, nachdem die Bündler und namentlich Danzig sehr viel beigesteuert, so viel beisammen, daß sie wenigstens die Marienburg einlösen konnten, die nun zum ersten Male, dazu noch ohne Schwertstreich, in Feindeshand überging. Außerdem wurden noch Eylau und Dirschau erworben, während die übrigen achtzehn Burgen in Händen der Söldner blieben. Eylau wurde freilich durch die Bürger bald wieder dem Orden ausgeliefert, und die Stadt Marienburg unter ihrem patriotischen Bürgermeister Bartholomäus Blume machte mit den deutschen Söldnern des Ordens unter Bernhard von Cimburg gemeinsame Sache gegen die Burg. In den meisten anderen Städten hielten die bündischen Patrizier nur mit furchtbaren Blutgerichten ihr Regiment aufrecht. Die 40 000 Mann, die der König 1458 vor die Stadt 1458 führte, liefen ihm nach zwei Monaten wieder auseinander. Das hatte im Oktober einen Waffenstillstand zur Folge, dem sich wiederum die verschiedensten Vermittlungsanerbieten aus dem Westen wie aus dem Osten anschlossen. Die nächsten Jahre vergingen mit gegenseitigen Raubzügen und Plünderungen. Die treibende Kraft blieben die Bündler, insbesondere die Danziger, die am 6. August 1460 durch Übergabe die 1460 Stadt Marienburg zurückgewannen, den tapferen Blume enthaupteten und vierteilten. Wenn damit strategisch auch nichts gewonnen war, so war der gänzliche Besitz des Platzes, des Sitzes der Ordenssouveränität, doch ein moralischer Erfolg von nicht zu unterschätzender Bedeutung.
Trotzdem war die Lage für den Orden durchaus noch nicht ungünstig. Das Nieder- und Hinterland war fast völlig von Feinden geräumt, die Burgen Mewe und Neuenburg sperrten die Weichselschiffahrt, Konitz sicherte den Verkehr mit Deutschland, beunruhigte und brandschatzte Großpolen. Lauenburg und Bütow, bald auch Putzig hielten die Danziger im Schach, ihnen schweren Schaden zufügend. Da die Polen beschlossen, den Krieg nunmehr durch Subsidien zu führen — ein Beschluß, der nur 1461 durch einen mehr gegen 1461 den Kastellan von Nakel als gegen den Orden gerichteten Feldzug durchbrochen wurde —, so wäre ohne die Energie der Bündler, die vom Orden alles zu befürchten hatten, der ganze Krieg im Sande verlaufen. Es gereicht ihnen, und namentlich Danzig, das ungeheure Anstrengungen machte, zum traurigen Ruhm, daß die endliche Niederlage des Ordens nur ihnen zu verdanken ist. Ganz systematisch machten sie sich an die Eroberung der Burgen, schlugen 1462 die 1462 bis 1466 Ordenssöldner schwer bei Zarnowitz (an der Grenze des nördlichen Hinterpommern), eroberten 1463 Mewe, 1465 den letzten Weichselübergang des Ordens, Neuenburg, 1466 Preußisch-Stargard. Am 26. September mußte das standhafte Konitz unter dem tapferen Kaspar Nostiz vor dem Könige kapitulieren. Damit war der Westen des Landes endgültig erobert.
Die Friedensverhandlungen, die schon am 9. September — nach den vielen vergeblichen Versuchen der Vorjahre, bei denen auch Podolien dem Orden als Ersatz angeboten wurde — durch den päpstlichen Legaten Rudolf von Rüdesheim ernsthaft aufgenommen worden waren, wurden nach dem Fall von Konitz beschleunigt und fanden am 19. Oktober 1466 durch den zweiten Thorner Frieden ihren Abschluß.
Außer dem Kulmer und Michelauer Land und Pomerellen wurden auch die Gebiete von Marienburg, Elbing und Christburg den Polen zugesprochen. Ferner trat der Bischof von Ermland als autonomer Herr unter die Krone Polen. Auf diese Weise wurde in das dem Orden verbleibende Gebiet ein Keil getrieben, der ihm die Aktionsfähigkeit unterband. Bei Marienwerder reichte aber das Ordensgebiet noch bis an die Weichsel. Der Hochmeister schied aus dem deutschen Reichsverbande und wurde polnischer Teilfürst mit ungefähr den Rechten und Pflichten der masowischen Herzöge. Nur den Papst durfte er, als Ordensmann, noch als Oberherrn anerkennen. Ohne Zustimmung des Königs durfte er keinen Krieg gegen Christen führen. Polnische Untertanen sollten bis zur Hälfte der Mitgliederzahl in den Orden eintreten dürfen. Im polnischen Reichsrat erhielt er den Sitz zur Linken des Königs (den zur Rechten beanspruchten die Masowier). Diesen Frieden und daß er die Interessen Polens wie die seinigen betrachten werde, sollte jeder seiner Nachfolger spätestens sechs Monate nach der Wahl beschwören. Derjenige, der als Reichsoberhaupt und preußischer Lehensherr diesen Vertrag verwerfen und mit allen Mitteln bekämpfen mußte, hieß damals leider Friedrich III.!
Das neuerworbene Gebiet, das in drei Wojewodschaften und das Bistum Ermland geteilt wurde, erhielt eine weitgehende Selbstverwaltung, entsprechend den bei Ausbruch des Krieges gegebenen Privilegien. Die Preußen faßten die Vereinigung mit Polen nicht als eine Einverleibung, sondern nur als eine Personalunion auf; sie wollten alle Vorrechte und Vorteile, aber keine Pflichten. Es ist darüber zu vielen ernsten Konflikten gekommen, noch in den letzten Lebensjahren des Königs infolge des Streites um die Besetzung des bischöflichen Stuhles zu Ermland. Diesen erlangte der Thorner Lukas Watzelrode (1487), obwohl Kasimir 1487 ihn für seinen Sohn Friedrich, Bischof von Krakau, erstrebte. (Ein ganz ähnlicher, vielleicht noch schwererer Streit um Ermland und preußische Privilegien hatte schon anläßlich der Wahl Nikolaus Tüngens [1467] stattgefunden.) Wenn der König, der 1467 mit dieser Besetzung für Friedrich Absichten auf die Hochmeisterwürde verfolgte, während die Preußen, durch die Erfahrungen im Bistum Kulm gewitzigt, darin einen Polonisierungsversuch sahen, — wenn der König nicht durchdrang, so lag das nicht nur an dem entschiedenen Widerstand der Stände, sondern vor allem auch an der Haltung des Papstes, der den Thorner Frieden nicht anerkannte und den Orden, die preußischen Bistümer und das ganze Land nach wie vor als zum Reich gehörend, nach dem deutschen Konkordat zu behandelnd und dem päpstlichen Stuhl unterstellt betrachtete.
Die Freude an der Vereinigung war überhaupt auf beiden Seiten nicht von langer Dauer. Die Polen mußten naturgemäß in Preußen eine zentralistische Politik verfolgen, die Stände sich dagegen wehren. Da sie obendrein auch an den Lasten des Königreichs nur mäßig teilnehmen wollten, so blieb der aus der Gewinnung dieser reichen Provinz für Polen und für die königlichen Finanzen erhoffte Gewinn aus. Immerhin hat, namentlich vom Bistum Kulm aus, die Polonisierung dort in den folgenden Jahrhunderten nicht unbeträchtliche Erfolge erzielt, so daß wir heute auch in Westpreußen mit einer polnischen Frage zu rechnen haben. Wirtschaftlich ist die Zeit der polnischen Herrschaft eine Zeit des Niederganges für Preußen geworden. Als die Krone Preußen das Land zurückgewann, hatte es noch nicht wieder denjenigen Wohlstand erreicht, der es unter der Ordensherrschaft auszeichnete.
Aber die Folgen für das Deutschtum blieben nicht auf das neuerworbene Gebiet selbst beschränkt. Durch die besseren Arbeitsmethoden, die mit der deutschen Siedelung gekommen waren, hatte Polen allmählich einen der ersten Plätze unter den Getreide produzierenden Ländern Europas erlangt. Das Bestreben, den Getreideexport zu vergrößern, hatte schon früher ungünstig auf die Lage der Bauern eingewirkt, nachdem der Zuzug aus Deutschland aufgehört hatte und die Rechtsprechung durch Kasimir den Großen in Polen konzentriert worden war. Aber erst als die Weichsel wieder offen stand und somit der Adel sein Privileg der Zollfreiheit für alle auf eigenem Grund und Boden gewonnenen Produkte zur vollen Geltung bringen konnte, trat ein reißender Niedergang ein. Durch friedlichen oder gewaltsamen Erwerb der Schulzengüter ging die niedere Gerichtsbarkeit, die Erhebung der Zinsungen, die Anordnung der für die Gemeinde zu leistenden Lasten auf den Grundherrn über. Wer nicht weichen wollte, mußte sich fügen und wurde schnell zum Häusler, zum Tagelöhner, zum hörigen Landarbeiter herabgedrückt, der national nicht mehr widerstandsfähig war. Dadurch stieg der Ertrag der Güter vorläufig zweifellos, aber auch die Aussaugung des ohne Liebe behandelten Bodens. So wurde der Grund zum Verfall der polnischen Landwirtschaft gelegt. Da man auch die deutschen Städte im Hochgefühl des Sieges mehr und mehr niederdrückte, konnten Handel und Gewerbe in der Folgezeit nicht auf ihrer damaligen Höhe bleiben.
Mit der Niederwerfung des Ordens war die Ausdehnung des polnischen Einflusses im abendländischen Europa noch nicht beendet. Nachdem König Ladislaus Posthumus von Ungarn und Böhmen 1457 gestorben war, warb Kasimir 1457 als Gatte von dessen Schwester Elisabeth um beide Kronen für seinen ältesten Sohn Władysław. Die Ungarn aber wählten Matthias Corvinus Hunyady, die Böhmen den Husiten Georg Podiebrad. Nach Podiebrads Tode kam Władysław II. 1471 in Böhmen zur Herrschaft, die ihn 1471 wie Polen, namentlich um Schlesiens willen, in einen Krieg mit Ungarn verwickelte (1471–1478). Als Matthias Corvinus 1471 bis 1478
1490 1490 starb, suchte Kasimir die ungarische Krone seinem dritten Sohn Johann Albrecht zu verschaffen, dem die Ungarn aber Władysław vorzogen, der somit beide Kronen vereinigte, nachdem er sie in einem Bruderkriege gesichert hatte. Dessen Sohn Ludwig I. (II.) fiel 1526 bei Mohacz, ohne männliche Erben. Mit ihm erlosch die böhmisch-ungarische Linie der Jagiellonen bereits nach einem halben Jahrhundert.
Diese Unternehmungen im Westen und Süden lenkten Kasimirs Aufmerksamkeit allzusehr von den Vorgängen im Osten ab. Er ließ es geschehen, daß die Türken sich in seinem Vasallenstaate Moldau festsetzten und dort die wichtigen Plätze Kilia und Akerman an der Donau- und der Dnjestrmündung eroberten (1484). So sehr hatte die Gewinnung 1484 des freien Zugangs zur Ostsee das Interesse für den Zugang zum Schwarzen Meer abgeschwächt! Auch den krimschen Tataren, die Kleinrußland verwüsteten, wurde kein genügender Widerstand entgegengesetzt.
Weit folgenschwerer als die Vernachlässigung des Kampfes gegen den Islam sollte für Polen jedoch die Unachtsamkeit werden, mit der Kasimir das Wachstum des Großfürstentums Moskau zuließ. Sein großer Zeitgenosse Iwan III. (1462–1505) brachte Groß-Nowgorod, dessen Erzbistum nicht dem Moskauer, sondern dem Kijewer Metropoliten unterstand und in dem die litauisch und uniert gesinnte Partei unter Martha Borecka, der Witwe eines Posadniks (Stadtvorstehers), herrschte, an sich. Als diese Partei mit Litauen in Unterhandlungen eintrat, überzog Iwan die Stadt mit Krieg und schlug ihr Heer am Flusse Schelona (1471), 1471 ohne daß Kasimir versucht hätte, Hilfe zu bringen. Die wichtige Möglichkeit, das livländische Ordensgebiet zu umklammern und Moskau aus der Nähe zu bedrohen, ward hierdurch verloren, ein Fehler, der sich später auch rächte. Überhaupt suchte Iwan Anknüpfung mit den russischen Fürstentümern im polnisch-litauischen Reiche, so z. B. als nach dem Tode Simon Olelkowitschs von Kijew (1471) 1471 Kasimir dieses Fürstentum einzog und in eine Wojewodschaft verwandelte. Einige dieser russischen Fürsten planten einen Anschlag auf das Leben des Königs und seiner Söhne, um bei dieser Gelegenheit die Fürstentümer von Litauen loszureißen und mit Moskau zu vereinigen, aber die Verschwörung wurde entdeckt (1481). Ferner ließ Iwan in 1481 jenen Landesteilen eifrig Propaganda für die orthodoxe Kirche machen, namentlich auch für den Wiederanschluß Kijews an den Moskauer Metropoliten. 1490 schloß er 1490 ein Bündnis mit den Habsburgern. Auf diese Weise bereitete er den Boden für Pläne, die erst nach Kasimirs Tode zur Ausführung gelangten.