Dieses bunte Gewirr aus Polen, Litauern, Großrussen, Ungarn, Walachen und Tataren, vor allem aber Kleinrussen, aus Adligen und Bauern, aus Flüchtlingen, Abenteurern und Verbrechern, Katholiken, Unierten, Orthodoxen und Moslems, das von Jagd, Viehzucht und Raub lebte, hatte schon Siegmund I. in gewissem Grade unter seinen Starosten in Kijew, Bracław, Tscherkassy organisiert, unter Eustaphius Duszkiewicz, Przecław Lanckoroński, Demetrius Wiśniowiecki u. a. 1572 1572 registrierte der Kronhetman Georg Jazłowiecki einen Teil, nahm sie in königlichen Sold und setzte einen Ältesten (Starszy) über sie, der auch die Gerichtsbarkeit hatte.
Vielen aber erschien jede Berührung mit Polen als eine Beschränkung der Freiheit. Sie gingen noch weiter östlich, hinter die Stromschnellen (Porogi) des Dnjepr, daher saporogische Kosaken genannt. Ihre erste Erwähnung finden wir 1568, 1568 die weitere Ausbildung ist aber wohl erst gegen Ende des Jahrhunderts vor sich gegangen. Diese saporogischen Kosaken hatten ihre Waffenplätze auf den Inseln des Dnjepr. Die waffenfähigen Mannschaften lebten dort fast klösterlich in völliger Gleichheit und Freiheit zusammen. Frauen wurden im Lager nicht geduldet. An der Spitze stand der selbstgewählte Ataman (Hetman), mit dem Asawul (Jesaul, Unterbefehlshaber) und dem Pisar (Kanzler).
Als die polnische Kolonisation weiter in die Ukraine vordrang, und die Magnaten dort große Güter erwarben, wurde ihnen das unabhängige Kosakentum lästig. Nicht nur, daß die Kosaken immerwährende Einfälle der Tataren und Türken hervorriefen, sondern sie übten auf die Bauernschaft, namentlich der kleinrussischen Gebiete, eine starke Anziehungskraft aus, die Magnatenwirtschaften mit dem Untergang infolge Leutemangels bedrohend. Das führte auf dem Reichstag von 1590 zum Erlaß 1590 einer Ordnung für die Ukraine, wonach die Zahl der besoldeten und registrierten Kosaken auf 6000 erhöht, der Rest aber zum Bauernstande zurückgeführt werden sollte. Daß die Nichtregistrierten diese Überführung in den hörigen Stand nicht hinnehmen konnten, ist selbstverständlich. Aber auch die Registrierten waren unzufrieden, da die von ihnen geforderte Gleichstellung mit der Szlachta nicht gewährt wurde. So kam es 1592 zum ersten Aufstand unter Christoph Kosiński, 1596 zum 1592 zweiten, die Registrierten unter Nalewajko, die Saporoger unter Loboda. Diesmal spielte auch die Anerkennung der Orthodoxie mit. Zamojski und Żółkiewski schlugen zwar den Aufstand blutig nieder, aber die Frage blieb ungelöst, und die Kosaken erholten sich schnell wieder.
Unter ihrem neuen Ataman Peter Konaszewicz (1612–1622) gelangten sie sogar zu so großer Blüte, 1612 bis 1622 daß sie 1612 die Krim bis Eupatoria plünderten, Kaffa nahmen, 1613 Sinope zerstörten, 1614 die ganze Nordküste Kleinasiens brandschatzten, 1615/16 Trapezunt eroberten, die türkische Flotte und sogar die Vorstädte von Konstantinopel verbrannten. An dem Krieg gegen Moskau nahmen sie ebenso teil, wie an dem Türkenkrieg von 1620 bis 1621. An den Türkenfrieden von 1621 kehrte sich Konaszewicz, wie erwähnt, nicht. Das nahm Polen zum Vorwand, um den Hetman Koniecpolski nach der Ukraine zu senden, angeblich um weitere Einfälle in türkisches Gebiet zu verhindern, in Wirklichkeit aber, um die rechtsufrigen Kosaken zu beugen. Durch treulose Versprechungen hinterlistig irregeführt, wurden sie am See Kurakow umzingelt und gezwungen, die Registrierung anzuerkennen, die Einfälle ins türkische Gebiet einzustellen und ihre kleinen Raubschiffe (Czajki) zu verbrennen. Die Nichtregistrierten aber sollten binnen drei Monaten ihre Habe verkaufen und in den Dienst ihrer Herren zurückkehren. Zum Ataman wurde an Stelle Ismails Michael Doroszenko gewählt. Es ist klar, daß die Nichtregistrierten auch diesmal widerstanden, und als der politische Übermut und die Bedrückung durch die Magnaten und die Szlachta allzuhoch stiegen, brach 1630 unter Taras wieder ein Aufstand aus, den Koniecpolski 1630 in einer furchtbaren Schlacht bei Perejaslawl dämpfte.
1632 erschienen auf dem Wahlreichstag auch Kosaken, 1632 die das Wahlrecht, Gleichstellung der orthodoxen Kirche und Vermehrung der Registrierten verlangten. Das Wahlrecht wurde ihnen in verletzenden Worten versagt, aber ihr Metropolit Peter Mohyla von Kijew (1632–1647) anerkannt. 1632 bis 1647
Mohyla stammte aus einer angesehenen Familie, die der Moldau und der Walachei einige Hospodare geschenkt, war hochgebildet und hat für die geistige Hebung des ruthenischen (kleinrussischen) Volkes unendlich viel getan. Auch die orthodoxe Kirche ganz Rußlands verdankt ihm die Wiedererweckung des wissenschaftlichen Lebens, ausgehend von der von ihm begründeten Akademie zu Kijew, von der Moskau seine Lehrer erhielt. Er tat kulturell dasselbe für die Ruthenen, was Konaszewicz politisch erreicht hatte: er stärkte das nationale Selbstbewußtsein. Weder polnische noch moskowitische Bedrückungen konnten von nun an das ruthenische Volk vernichten, die kleinrussische Frage verstummen machen.
Władysław IV., der die orthodoxe Kirche verständnisvoll gewähren ließ, vermochte nicht, auch auf politischem und wirtschaftlichem Gebiete die Kosaken zufriedenzustellen. Die Rücksicht auf die Türken führte vielmehr unter seiner Regierung an der ersten Stromschnelle des Dnjepr zur Errichtung einer neuen Zwingburg, Kudak, gegen die Saporoger gerichtet. Zwar zerstörte der Ataman Sulyma diese Feste, aber er wurde 1635, ebenso wie Pawluk 1637, geschlagen 1635 und hingerichtet.
Diese Siege verführten die selbstsüchtigen und kurzsichtigen polnischen Herren zu der Konstitution von 1638, durch 1638 die auch die Registrierten den Bauern gleichgestellt, der freien Wahl ihres Ältesten beraubt und einem polnischen Kommissar untergeben wurden. Nach geradezu barbarischer Unterdrückung eines infolgedessen ausbrechenden neuen Aufstandes unter Hunia, Ostrjanin und Filonenko durch die erbittertsten Kosakenfeinde, Nikolaus Potocki und Jeremias Wiśniowiecki, wurde die Konstitution streng durchgeführt. Es fehlte zwar nicht an einsichtigen Warnern, die „diese Änderung im Leben der Kosaken für einen Vorteil einzelner, aber für eine Schädigung des Staates” hielten (Bischof Piasecki von Przemyśl), doch die wirtschaftlichen Interessen der kleinrussischen adligen Grundherren siegten über solche Bedenken.
Zehn Jahre herrschte Ruhe in der Ukraine, die Ruhe vor dem Sturm, nur unterbrochen durch Gesandtschaften an den König, der nicht helfen konnte. Unter einem dieser Gesandten, Bohdan Chmielnicki aus Tschirigin, masowischer adliger Abkunft, Kosakenkanzler, dem der Unterstarost Czapliński das Gut fortgenommen, die Frau entführt, den Sohn erschlagen hatte, und der kein Recht finden konnte, brach 1648 das Unwetter los. Man behauptet, daß der König 1648 selbst ihn darauf hingewiesen habe, er besitze ja ein Schwert. Auf diese Weise habe sich der König Mitkämpfer wider die Übermacht des Adels werben wollen. Die Registrierten gingen zu Chmielnicki über, die Tataren leisteten Hilfe. Bald stand die ganze Ukraine in Flammen. Tod der Szlachta, Tod den Jesuiten, das war die Losung. Gegen den König und den Staat, das betonten die Kosaken ausdrücklich, ging es nicht, sondern nur gegen ihre Peiniger. Nur ihr Recht wollten sie haben.
Der König schickte eine Kommission zur Untersuchung, aber gegen seinen Befehl brach der Kronhetman Nikolaus Potocki in die Ukraine ein. An den gelben Wassern (Żółte Wody) östlich von Kudak wurden 6000 seiner Leute vernichtet. Er selbst wurde bei Korsun geschlagen und gefangen genommen.
In diesem Augenblick starb Władysław. Auf dem Konvokationsreichstag war ein Teil der Abgeordneten unter dem Kanzler Georg Ossoliński und dem Kastellan Adam Kisiel von Bracław für eine Verständigung, der andere unter Wiśniowiecki für Ausrottung. Man beschloß, Kisiel als Unterhändler auszusenden, gleichzeitig aber drei Generalregimentare mit einem Heere zu beordern. Kisiel richtete nichts aus, und das Heer, Söldner und Aufgebot, an die 230 000 Mann stark, das sich bei Pilawce an der polnisch-podolischen Grenze angesammelt hatte, ergriff des Nachts vor den Kosaken die Flucht, das Lager in ihren Händen zurücklassend. Nun zogen die Kosaken vor Lemberg, das 700 000 Gulden Lösegeld zahlen mußte, und belagerten Zamość, während Chmielnickis Gesandte bei der Königswahl den Ausschlag gaben.