Der Zweck der „Mission saharienne“ war mit der Erreichung des Schari-Beckens erfüllt. Der Gelehrte Foureau trat Anfang April allein die Heimreise über den Schari und Gribingi durch das französische Kongogebiet an. Die starke Streitmacht der Mission verblieb jedoch am Tschadsee zur Verfügung Gentils und nahm an der Niederwerfung Rabehs thatkräftigen Anteil.
Ihr Führer, der Major Lamy, übernahm zunächst das Oberkommando auch über die Truppen Joallands. Bei dem Orte Mara, den letzterer kurz vor der Ankunft Lamys genommen hatte, wurde am 26. Februar 1900 der Übergang über den Schari bewerkstelligt, und von nun an spielten sich die Ereignisse auf deutschem Boden ab. Rabeh, der noch immer an seiner Wunde litt, lagerte mit dem Gros seiner Truppen in Dikoa. In den einzelnen Städten des linken Schari-Ufers befanden sich starke Besatzungen. Fadel Allah hatte sein Standquartier in Gulfei. Am 3. März fand ein Kampf mit der etwa 1000 Mann starken Besatzung von Kusseri statt. Die Stadt wurde genommen und die erste Fahne Rabehs erobert. Der Bannerführer Kapsul wurde getötet. Kusseri wurde darauf der Stützpunkt der französischen Truppen. Am 9. März bestanden die Franzosen wenige Kilometer vor den Mauern von Kusseri einen Kampf gegen Fadel Allah, der mit etwa 2000 Mann aus Gulfei herangezogen war. Der Sohn Rabehs erlitt eine empfindliche Niederlage und musste 200 Tote und viel Gepäck und Munition zurücklassen. Auf französischer Seite waren nur 5 Tote und 25 Verwundete, darunter 2 Offiziere.
An die Ergreifung der Offensive konnten die bisher vereinigten zwei Expeditionen jedoch nicht denken. Endlich, am 21. April, traf die Truppe Gentils bei Kusseri ein. Es war hohe Zeit. Rabeh selbst war kurz vorher von Dikoa nach dem Schari gekommen und hatte ein befestigtes Lager nur 6 km von der Stadt entfernt bezogen. Er war genau davon unterrichtet, dass Lamy und Joalland grossen Mangel an Munition und Lebensmitteln litten. Rabehs Reiter wurden so dreist, dass sie, nur 400 m vom französischen Lager entfernt, vier mit der Bewachung von Vieh betraute Tirailleurs töteten.
So war denn gerade im rechten Augenblicke die Vereinigung der vom Süden gekommenen Schari-Expedition mit den beiden anderen französischen Missionen erfolgt. Gentil konnte diesen frische Munition bringen. Sein Marsch war nur langsam von statten gegangen. Nur ein Teil seiner Leute und seines grossen Gepäcks hatte auf Schiffen befördert werden können, die sich jedoch von dem Rest der am Ufer marschierenden Leute nicht trennen durften. Die Verproviantierung von 600 Menschen, für die Gentil unterwegs zu sorgen hatte, war mit grossen Schwierigkeiten verbunden. Die Munition allein betrug 500 Schuss für die Kanone, 400 Schuss für das Gewehr Modell 1874 und 500 für das Gewehr Modell 1886.
Es war eine stattliche Truppe unter französischer Flagge im Schari-Delta zusammen: über 800 mit modernen Gewehren bewaffnete und gut gedrillte Soldaten, geführt von zahlreichen europäischen Offizieren. Ein Teil der nördlichen Missionen war auf Pferden beritten und bildete eine geübte Kavallerie. Im einzelnen verfügten die drei Expeditionen über folgende Streitkräfte: Lamy 300 Mann, hauptsächlich algerische Schützen, Joalland 200 Senegalesen, Gentil 300 Senegalesen, Lamy 2 Kanonen, Joalland 1 Kanone, Gentil 4 Kanonen, unter dem Geschütz 5 Gebirgskanonen, Modell 1880, ausserdem hatte sich Gauranga mit mehreren tausend Baghirmileuten, davon viele zu Pferde, eingefunden.
Lamy übernahm als ältester anwesender Offizier das Kommando auch über die Gentil’schen Truppen, und schon am Tage nach der Ankunft der letzteren, am 22. April 1900, erfolgte der entscheidende Zusammenstoss mit Rabeh. In Kusseri wurde eine französische Besatzung zurückgelassen. Es nahmen 700 Soldaten, 30 Spahis und 4 Kanonen, sowie die Baghirmileute am Kampfe teil. Rabeh hatte 5000 Mann, von denen 2000 mit guten Gewehren versehen waren, 600 Reiter und die drei Bretonnet’schen Kanonen zu seiner Verfügung. Es waren dies seine besten Truppen. Sein Sohn Fadel Allah stand in Kornak-Logon mit 500 Gewehren, Niebe, der zweite Sohn Rabehs, in Dikoa mit 400 Gewehren.
Die Franzosen gingen am Schlachttage sofort zum Angriff vor. Der Feind hatte einen 70 cm hohen Erdwall zur Deckung der Schützen um sein durch Pallisaden befestigtes Lager gezogen und auf 300 m alles beseitigt, was der eigenen Schusslinie im Wege stehen konnte. Doch kam den französischen Truppen ausserhalb dieser Zone hohes und dichtes Buschwerk zu statten, welches sie gegen die feindlichen Kugeln schützte, und aus dem heraus sie ihrerseits das Feuer eröffneten. Nach 1½stündiger Beschiessung, nachdem 32000 Gewehrpatronen, 74 Schuss aus dem 80 mm-Geschütz und 20 Schuss aus dem 42 mm-Geschütz abgefeuert waren, wurde ein unwiderstehlicher Angriff ausgeführt, durch welchen die innere Festung des Lagers, der Tata, genommen wurde. Der Feind wurde aus diesem herausgedrängt und begann zu fliehen, verfiel aber auf der anderen Seite des Forts dem Feuer einer weiteren französischen Abteilung. Rabeh selbst war anscheinend seiner Wunde wegen zu schwach zur Flucht und seine Kerntruppen machten daher eine energische Offensivbewegung nach rückwärts, um sich des Tata wieder zu bemächtigen.[53] Bei diesem letzten Zusammenstoss büssten der französische Oberanführer Lamy und der Kapitän de Cointet das Leben ein; aber auch Rabeh fiel auf dem Kampfplatz. Ein Schütze der Mission Afrique centrale brachte den abgeschnittenen Kopf und die rechte Hand des Sklavenfürsten in das französische Lager. Damit war die Schlacht gewonnen, und der Feind floh westwärts nach Dikoa zu. Eine Strecke weit wurde er von der französischen Kavallerie und den Baghirmileuten, von denen 1500 an der Schlacht teilnahmen, verfolgt. Im Lager Rabehs wurden die Fahnen und Kanonen Bretonnets wiedergefunden und grosse Beute gemacht. Ausser Lamy und de Cointet wurden ein französischer Sergeant und 19 Schützen getötet. Der Leutnant Meynier wurde schwer am Bein verwundet. Drei andere französische Offiziere erhielten leichtere Verwundungen. Im übrigen hatten die Expeditionen nur 53 Verwundete, das Heer Rabehs hatte 500 Tote, darunter den Anführer der Reiterei, Guddam.
Den Oberbefehl übernahm nunmehr der zur Foureau’schen Expedition gehörige Kapitän Reibell, der mit 700 Flinten, 30 südalgerischen Reitern, drei Geschützen und zahlreichen zum Teil berittenen eingeborenen Hilfstruppen die Bekämpfung der Söhne Rabehs in Dikoa aufnahm. Ein Teil des geschlagenen Heeres hatte sich zunächst nach Karnak-Logon zu Fadel Allah begeben; als die Franzosen vor die Stadt rückten, war diese geräumt und der Feind bereits nach Dikoa abmarschiert. Weitere Abteilungen der Rabeh’schen Soldateska, die bis dahin in Gulfei und an anderen Plätzen am Schari und Logon gestanden hatten, zogen sich südwestwärts zurück. Schon vor der Entscheidungsschlacht hatten die nomadisierenden Araber im Westen des Schari, verschiedenen Zweigstämmen der Schoa angehörig, sich gegen Rabeh erklärt, und sie waren etwa 10- bis 12000 Mann stark mit ihren Viehheerden, die Foureau auf 15000 Köpfe schätzt, in die Nähe der Franzosen gekommen, wo sie ein eigenes Lager bezogen. Auch die übrige Bevölkerung von Bornu stand Rabeh in keiner Weise zur Seite.
Unbehelligt kamen die Franzosen am 1. Mai in Dikoa an.[54] Die Stadt war in der Nacht zuvor von Fadel Allah eilends verlassen worden, und hier hatte bereits eine allgemeine Plünderung seitens der entfesselten Einwohnerschaft begonnen. Ohne auf Widerstand zu stossen, zogen die Franzosen ein und besetzten den Palast und die Soldatenquartiere Rabehs. Bald darauf flog das grosse Pulvermagazin in die Luft, wodurch der Palast und die Nachbargebäude in Flammen aufgingen. Das Feuer wurde gelöscht, die Ruhe in der Stadt einigermassen hergestellt und schon in der folgenden Nacht die Verfolgung der Söhne Rabehs von Reibell aufgenommen. Das Gros der Franzosen blieb unter dem Befehl des Kapitäns Robillot in Dikoa zurück, wo nunmehr die Plünderung von neuem begann, die erst nach zwei Tagen von Robillot unterdrückt werden konnte. Aus den Trümmern des Palastes wurden 35 alte Festungskanonen und grosse Mengen an Pulver, Munition und Gewehren hervorgezogen.[55]
An der Verfolgung Fadel Allahs beteiligte sich ein Detachement von 160 Schützen zu Pferde mit einer Kanone nebst einer grösseren Anzahl eingeborener Berittener. Am 2. Mai wurden die Zurückweichenden bei Degemba am Flusse Jadzerem eingeholt. Fadel Allah hatte nur 700 oder 800 Gewehre bei sich, ein heftiger Kampf entspann sich, in dem die Franzosen Sieger blieben. Fadel Allah entkam und setzte seine Flucht weiter nach dem Berggebiet von Mandara fort. Unterwegs stiessen von allen Seiten andere Flüchtlinge zu ihm. In Issege, am Nordrande der Mandaraberge, bezog er ein Lager. Am 7. Mai wurde er hier von Reibell überrascht. Nach dem französischen Kriegsbericht wären Niebe und Hibid (Abed), der Schwiegersohn Rabehs, bei diesem Rencontre gefallen, eine Nachricht, die sich später als unrichtig erwiesen hat. Jedenfalls war die Überraschung den Franzosen derartig gelungen, dass Fadel Allah an einen Widerstand nicht mehr dachte, sondern dem Sieger sein Lager überliess und weiter floh. Im Lager fanden die Franzosen 1000 Sklaven und 5000 Weiber jeden Alters, unter diesen Hadja, die Frau Fadel Allahs, die Tochter des Herrn von Kuti und eine Gattin des Rabeh. Im ganzen hatten sie bei der Verfolgung zwölf Fahnen, mehrere Hundert Gewehre und zehn grosse Wallbüchsen erbeutet.