Auf eigene Kraft angewiesen, im steten Kampfe mit Not und Entbehrung, hatte Winckelmann die Schule durchgemacht. »Ernste Arbeit und heitere Entsagung..., die Bewahrung des inneren Triebes in den entmutigendsten Lagen lernte er so bald, daß seine zeitig gestählten Nerven fortan jeglicher Zumutung im Handeln und im Dulden gewachsen waren.«
In vielen Stücken, in seinen Grundneigungen und Abneigungen, insbesondere in der Vorliebe für die Griechen sehen wir den späteren Winckelmann schon vorgebildet, aber Jahre mußten vergehen und manche Irrwege mußten durchlaufen werden, bis er sein wahres Lebensziel erkennen und erreichen konnte.
Von Salzwedel aus bezog Winckelmann die Universität Halle; am 4. April 1738 wurde er immatrikuliert.
Wie im ersten Kapitel die Zustände der preußischen Mittelschulen in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts, so beleuchtet Justi in diesem die der preußischen Landesuniversität, und seine Gabe, kurz und treffend zu charakterisieren, zeigt sich in der Besprechung allgemeiner Verhältnisse, sowie einzelner Persönlichkeiten in glänzender Weise. 1694 gegründet, sollte die Universität Halle eine Freistatt sein für die Reform des Unterrichtswesens und für die Lehrfreiheit. Sie sollte der Sitz der durch Spener eingeleiteten religiösen Erhebung des Protestantismus sein, welche mit dem Namen Pietismus bezeichnet wird und deren Bedeutung für die Erweckung und Hebung des religiösen Lebens des 18. Jahrhunderts dadurch nicht aufgehoben wird, daß sie früh entartete. Dann war sie der Sitz einer preußischen Schule des Staatsrechts, »wo den künftigen Beamten solche staatsrechtliche Grundsätze eingepflanzt wurden, die mit der durch die Annahme der Königskrone ganz veränderten Stellung des Staates übereinstimmten.«
»Diese beiden Elemente gingen anfangs einträchtig zusammen; sie gerieten in Spannung, es kam zu einer heftigen Krisis, zuletzt verschwand das eine ganz vom Schauplatz.«
Die berühmtesten Gelehrten lehrten in Halle, aber schon zu Winckelmann’s Zeit hatten sich viele Mittelmäßigkeiten eingedrängt. Die Fachwissenschaften dominierten und die Humaniora wurden zurückgedrängt. Noch waren die Ziele und Methoden der Wissenschaften schwankend, es war die Blütezeit der Polymathie, ein ungeheueres disparates Wissen war in vielen Köpfen gesammelt und ermöglichte gewandten Leuten den Übergang von einer Wissenschaft zur anderen, der Professor der Eloquenz Johann Heinrich Schulze schwankte sein ganzes Leben lang zwischen Medizin und Philologie, Gottfried Sell, Professor der Rechte, hatte jura studiert und lebte in günstigen Verhältnissen in Holland, die Verwüstungen, welche die aus den tropischen Gewässern eingeschleppte Pfahlmuschel an Schiffen und Dämmen anrichtete, veranlaßten ihn, eine Monographie über dieses Thier zu bearbeiten, er legte die Jurisprudenz bei Seite und studierte Naturwissenschaften. Sein Werk sollte nicht nur alle erdenklichen Gesichtspunkte des Gegenstandes erschöpfen — den naturhistorischen und den theologischen, den archäologischen und den praktischen —, es sollte auch die Schönheiten eines literarischen Kunstwerkes haben, wie sie noch niemals beisammen gesehen worden waren. Es war in elegantem Latein geschrieben und geschmückt mit den Blumen einer in alten und neuen lateinischen und italienischen Dichtern und in den Schriftstellern Hollands, Englands und Frankreichs überreichen Belesenheit. 1735 kam er als Professor der Rechte nach Göttingen, zwei Jahre später nach Halle, wo er abwechselnd und gleichzeitig die Institutionen und Pandekten, die Rechtsgeschichte und das Naturrecht, die Kosmographie, die Naturhistorik und die Experimentalphysik las. In letzterer war Winckelmann sein Zuhörer. Er besaß kostbare Sammlungen, welche sein bedeutendes Vermögen verschlangen, zuletzt mußte er vor seinen Gläubigern flüchten und lebte in Paris von deutschem Unterricht und dem Uebersetzen deutscher Werke. 1767 hat er eine französische Ausgabe von Winckelmann’s Kunstgeschichte besorgt, der nicht wußte, daß der Uebersetzer sein früherer Lehrer war.
Auch der Kanzler der Universität, Johann Peter Ludewig, hatte Theologie und Humaniora studiert, in Halle mit der Professur der Poesie und der theoretischen Philosophie begonnen und war später zu den Rechten übergegangen, deren er sich rasch autodidaktisch bemächtigte; er hatte zu Winckelmann’s Zeit den Lehrstuhl des Staatsrechts und der Geschichte inne. Ludewig war ein auf das Praktische gerichteter Kopf und als Publizist der gelehrte und schlagfertige Vertreter der Rechte Preußens. Seine erfolgreiche Thätigkeit auf diesem Gebiet brachte ihm reichliche Titel und Würden, er war zuletzt Kanzler des Herzogtums Magdeburg.
Winckelmann würde, wenn er seinem Wunsche hätte folgen können, Medizin studiert haben, dem Wunsche seiner Eltern entsprechend studierte er Theologie.
Es war ein Opfer der Pietät gegen seine Eltern, denn seine Stellung zur Religion war schon damals eine gleichgiltige, wenn nicht negative. Seine religiösen Anschauungen waren von den englischen Deisten beeinflußt und standen dem Deismus nahe, in späteren Jahren hat er sich doch wieder dem Glauben an einen persönlichen Gott zugewandt. Zunächst aber trieb er seine Fachstudien ohne Liebe und nur die biblische Exegese scheint ihn angezogen zu haben; auch noch in späteren Jahren las er täglich ein Kapitel aus der hebräischen Bibel.
Ebensowenig wie für die Theologie vermochte er sich dauernd für die Philosophie zu erwärmen. Als Winckelmann studierte, stand Wolf auf der Höhe seines Ruhmes, noch war er nicht nach Halle zurückgekehrt, aber seine Schüler hatten fast alle Lehrstühle in Deutschland besetzt. In Halle lehrte Alexander Gottlieb Baumgarten.