Gleichzeitig mit der versuchten Einführung eines Index spielte sich noch ein anderes Ereignis ab, das viel Staub aufwirbelte und Hunderte von Aktenseiten mit Gutachten füllte.
Im Jahre 1794 vergriff sich die Examinationskommission an der »Neuen Allgemeinen deutschen Bibliothek«, die seit zwei Jahren in Kiel verlegt wurde. Dieselbe Kabinettsorder, die die Aufstellung eines Index befahl, verbot auch jene in Berlin noch immer am meisten gelesene Zeitschrift »als ein gefährliches Buch gegen die christliche Religion«, und zwar, da keinerlei Einschränkung ausgesprochen wurde, nach österreichischem Muster für Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft! Eine Stelle im 8. Band (I. Stück, S. 88) soll der Anlaß des Verbots gewesen sein. Hier wurde die Auferstehung verstorbener Menschen beim Tode Jesus' als eine von Matthäus leichtgläubig untergeschobene Anekdote erklärt.
Das Verbot der »Allgemeinen deutschen Bibliothek« verursachte aber einen Sturmlauf von Protesten, wie ihn aus gleichem Anlaß das Ministerium wohl noch nicht erlebt hatte. Zunächst erklärte der Buchhändler Joh. Friedr. Hartknoch in Riga seinem Berliner Kommissionär Friedr. Vieweg d. Ä., wenn dies Verbot nicht zurückgezogen werde, breche er alle Beziehungen über Preußen ab; er werde sich dann seinen ganzen Bücherbedarf über Braunschweig und Lübeck verschreiben, wo ihn keine Zensur behellige, und außerdem in Berlin nie wieder etwas drucken lassen. Er und seine Kunden, die zum »aufgeklärtesten« Publikum gehörten, ließen sich so etwas nicht gefallen, und andere würden wohl seinem Beispiel folgen.
Vieweg wandte sich nun mit einer ausführlichen Beschwerde an das Ministerium, wies nach, daß die preußische Post von seinem Geschäft allein 3000 Taler jährlich einnehme und durch Verschärfung der Zensurgesetze der ganze preußische Buchhandel zugrunde gehen müsse. Nicolai belegte diese Prophezeiung mit wirksamem Zahlenmaterial und sang ein bewegliches Klagelied: Was solle er jetzt mit seinen Vorräten der von ihm verlegten alten Jahrgänge anfangen, die er gerade im Preise herabgesetzt habe? Der neue Verleger schulde ihm noch 5000 Taler der Kaufsumme, die er unter diesen Umständen verlieren müsse.
Die Halleschen Buchhändler versicherten ebenfalls, das Verbot »eines der besten und gangbarsten Bücher« sei der Ruin ihres Gewerbes, und die Kurmärkische Kammer, die das Generaldirektorium mit einem Gutachten beauftragt hatte, machte sich alle diese Beweisgründe zu eigen. Am wenigsten sei das Verbot der früher mit preußischer Zensur erschienenen Bände zu rechtfertigen, an denen übrigens Wöllner selbst mitgearbeitet hatte. Die von Wöllner gereizte Hallesche Universität sprach sich durch ihren Direktor Klein gleichfalls gegen das Verbot aus.
Am 27. Februar schloß sich das Generaldirektorium dem Gutachten der Kurmärkischen Kammer vollständig an, und am 31. März beantragte der gesamte Staatsrat die Aufhebung des Verbots. Der jetzige Verleger Bohn habe sich erboten, »künftighin bei der theologischen Recension alle den hiesigen Landesgesetzen angemessene Vorsicht und Behutsamkeit gebrauchen zu wollen«.
Abermals triumphierte das Ministerium. Am 1. April 1795 hob der König das Verbot auf, unter der Bedingung, daß »künftig in keiner einzigen Abhandlung das Mindeste gegen die christliche Religion oder den Staat oder die guten Sitten« enthalten sein dürfe. Nicolai trage dafür die Verantwortung.
Nicolai lehnte natürlich schleunigst die ihm aufgeladene Verantwortung für eine Zeitschrift, auf die er keinen Einfluß mehr hatte, ab. Das Ministerium begnügte sich aber, die Eingabe beim Staatsrat zirkulieren zu lassen und ohne weitere Verfügung zu den Akten zu geben.
Nicolais Vorsicht war begründet: Schon ein Jahr später gab die »Allgemeine deutsche Bibliothek« abermals zu theologischen Klagen Anlaß. Sogleich erhielt er ein von Hillmer entworfenes königliches Reskript, das ihn an seine »angelobte Pflicht« erinnerte und ein neues Verbot in Aussicht stellte.