Am nächsten Morgen trat Admiral Parseval mit seinen Schiffen die Heimfahrt an. Es war ein stattlicher Zug, als der siegreiche Anführer mit vier erbeuteten Schiffen in die Elbe einfuhr. Der Dank der freien Stadt Hamburg blieb nicht aus.
Im Auftrag des Rats begrüßten zwei Ratsmänner, Dietrich Lange und Otto Bremer, samt dem Stadtpfeifer die heimkehrenden Sieger. Ein Faß feinen Weines brachten sie als Willkommengruß der Heimatstadt den Heimkehrenden entgegen. Bei Blankenese fand die Begrüßung statt. Auf dem Schiff des Admirals Parseval trafen sich die Schiffsführer und die Hauptleute, und in ihrem Kreise begann ein festliches Gelage; der Becher kreiste, auch Kniphoff, Hans von Putlitz und Sydow nahmen daran teil und schmausten mit. Als die Flotte in Hamburg einlief, hatte Hamburgs Bürgerschaft es sich nicht nehmen lassen, in den Waffen ihrer Zeit zu erscheinen; geschmückt mit Harnisch und Eisenhaube, bewaffnet mit Spießen und Schwertern und Hellebarden, so wurden die Tapferen begrüßt. Als der Gefangene Kniphoff und seine Gesellen ausgeschifft wurden, läuteten von den Kirchtürmen die Glocken, die Geschütze auf den Wällen ertönten, und unter dem Jubel der ganzen Stadt setzte sich der Zug in Bewegung. Die Stadtmusik, Trommler, Pfeifer und Pauker, marschierte voran, ihr folgten die Ratsmänner; dazwischen sah man den siegreichen Admiral und seinen Schiffshauptmann Ditmar Koel; dann folgten die andern Sieger nebst den Landsknechten; dann das Seeräuberkleeblatt Klaus Kniphoff, Hans Putlitz und Jürgen von Sydow. Ihre Freiheit war dahin, in Ketten aneinandergeschlossen marschierten sie vorbei. Den Beschluß bildeten die übrigen Gefangenen und eine Abteilung Hamburger Landsknechte. Am Rathause wurden die Sieger durch den Bürgermeister und die Ratsleute begrüßt. Noch einmal sagte man ihnen namens der Stadt Dank. Die Gefangenen brachte man nach dem Wilseder Turm am Tor; auf den höchsten Boden kam Klaus Kniphoff, denn er war das Haupt der Freibeuter; ein Stockwerk tiefer nahmen die beiden Edelleute und unten die gewöhnlichen Gefangenen Aufenthalt. Dem Gebrauche der Zeit gemäß wurden die erbeuteten Fahnen im Dome an einem Pfeiler in der Nähe der Kanzel als Andenken an den Sieg aufgehängt, im Zeughaus erhielten die eroberten Geschütze ihren Platz. Die Beute ward unter die Kriegs- und Bootsleute zu gleichen Teilen verteilt.
Schon bald, am 25. Oktober 1525, trat das Gericht zusammen unter dem Vorsitze der Richterherren Jörgen Plate und Albert Westede. Kniphoffs Schuldkonto war recht groß; die Wegnahme von 172 hansischen Schiffen, Piraterei und Blutvergießen warf ihm die gegen ihn gerichtete Anklage vor. Seine Verteidigung führte er selbst in geschickter Art, jedoch seine Klugheit half ihm nichts. Was er für sich und seine Leute verlangte, anständige Kriegsgefangenschaft bis zur Auslösung, wurde ihm versagt. Er wurde des Seeraubes für schuldig erklärt und erhielt damit die Strafe der Seeräuber, die Enthauptung, mit ihm noch sechzehn seiner Genossen. Der Rat der Stadt Hamburg bestätigte das Urteil, und trotzdem der Stiefvater Kniphoffs, der Bürgermeister von Malmö, ein namhaftes Lösegeld bot, mußte Kniphoff mit sechzehn seiner Genossen den Todesweg antreten.
„Am Montag den 30. Oktober wurde Kniphoff,“ so erzählt’s Otto Beneke in seinen Hamburger Sagen, „hinausgeführt, er ganz allein, denn dies hatte er sich als eine Gnade erbeten, damit es ihm nicht das Herz breche, wenn er die Verwünschungen seiner Genossen vernehmen müsse. Es war frühmorgens, da der Fron ihn abholte. Kniphoff war bereit, er streckte ihm die Hände entgegen. Unverzagt und frisch schritt er zwischen den Bütteln und Kriegsknechten durch die Straßen, und in seinem Angesicht sah man kein Zeichen von Todesfurcht und Bangen. Und wer ihn dahingehen sah, den jammerte es, und manch mitleidig Herz, absonderlich bei den Frauen, konnte sich der Tränen nicht erwehren über das schreckliche Ende des jungen, schönen Hauptmanns. Auf St. Katharinenkirchhof stand schon Pater Stephan, der erteilte ihm hier vor allem Volk, das betend niederfiel, die Absolution und reichte ihm das Sakrament der Versöhnung. Und als Kniphoff sich vom Knien erhub und weiterschritt, sprach er allen vernehmbar: ‚Herr Jesu Christe, der du dein Blut auch für mich vergossen, erbarme dich meiner und sei mir gnädig!‘
„Dann ging’s zum Brooktor hinaus, und am Strande der Elbe, auf der Stelle, wo hundertunddreiundzwanzig Jahre früher Klaus Störtebeker und seine Gesellen denselben Tod erlitten, kniete Kniphoff nieder und empfing mit gefalteten Händen den Schwertstreich, der sein Haupt vom Rumpfe und seine Seele von der Erde schied.
„Eine Stunde später wurden sechzehn seiner Gefährten in derselben Weise hingerichtet. Und am 10. November empfingen noch sechsundvierzig ihr Urteil, das lautete auch auf den Hals; da wurden sie wild und zornig und schalten überlaut auf den Rat und die Bürgerschaft; es half ihnen aber nichts, denn am Montag nach Martini wurden sie enthauptet. Am 24. November wurden sechsundzwanzig, und am 4. Dezember noch zwanzig Gefangene vom Gericht freigesprochen, die hatten bewiesen, daß Kniphoff sie zum Dienste gezwungen. Am 13. Dezember aber wurden wieder acht Freibeuter, darunter der Edelmann Simon Gans, und im Januar 1526 noch ihrer vier zum Tode verurteilt und bald darauf hingerichtet.
„Endlich wurden noch zur ebengenannten Zeit die letzten drei von Kniphoffs Gesellen freigesprochen, also daß, ihn selbst eingeschlossen, im ganzen fünfundsiebzig enthauptet, die übrigen aber frei erkannt und losgelassen worden sind. Mit selbigem Richtschwerte aber, welches Kniphoff und seine Gesellen vom Leben zum Tode gebracht hat, ist kein Mensch mehr hingerichtet worden. Es ist ins Zeughaus gebracht und wurde dort bei den erbeuteten Seeräuberwaffen und Kanonen aufbewahrt.“
