Im Sommer des Jahres 1683 stand Karpfanger als Admiral an der Spitze des zweiten Hamburger Kriegsschiffes ‚das Wappen von Hamburg‘, dessen Kapitän wegen Streitigkeiten mit der Admiralität vom Dienste entfernt worden war. Nach allerlei Widrigkeiten erreichte Karpfanger mit seinem Schiff und den mitsegelnden Handelsschiffen glücklich den spanischen Hafen Cadix. Hier ging er vor Anker, und hier sollte er auch sein Ende finden. Es war am 10. Oktober des Jahres 1683.
Karpfanger saß gegen Abend mit seinem Sohne, einem Neffen, mit Schiffsoffizieren und einigen befreundeten Männern aus Cadix in seiner Kajüte frohgemut an der Tafel, als sich plötzlich im Schiff ein großer Lärm erhob. Eiligen Laufes kam ein Schiffsjunge in die Kajüte gestürmt und berichtete, daß im Vorderteil des Schiffes ein mächtiges Feuer ausgebrochen sei. Alle waren bestürzt, und die Tafel wurde sogleich aufgehoben. Karpfanger eilte so schnell er konnte an Deck, um sich von der Größe des Schadens und der Gefahr zu überzeugen. Unter seiner Leitung ging die Besatzung dem Feuer tüchtig zu Leibe. Aber trotz der unendlichen Wassermengen, die durch Spritzen und Eimer in das Schiff hineingeschleudert wurden, konnte man an den Herd des Feuers nicht herankommen. Gerade in diesem tiefergelegenen Raum fand die zehrende Glut in dem großen Haufen der geteerten Taue immer neue und reichlichere Nahrung. Die Löschung des Brandes gelang nicht, soviel die Schiffsleute sich auch bemühten. Von seinem Herde aus verbreitete es sich mit rasender Schnelligkeit im Rumpfe des Schiffes.
Dichte Rauchwolken qualmten aus dem Schiff hervor, und binnen jeder Minute erwartete man das Hindurchschlagen der leckenden Flammen. Notschüsse riefen Hilfe von der Stadt Cadix und von den in der Nähe ankernden Schiffen herbei, allein kein Schiff eilte zur Hilfe herbei, denn alle Seefahrer fürchteten die Nähe des dem Untergang geweihten Schiffes. Die Gefahr wuchs, Schrecken und Angst ergriffen die Schiffsmannschaft, und in Scharen stürzten die sonst so mutigen Matrosen in die Schaluppen, um abzurudern. Karpfanger gewahrte rechtzeitig diesen Vorgang. In ernsten Worten erinnerte er die Flüchtenden an ihren Eid, befahl ihnen, sofort zurückzukehren, da die Rettung des Schiffes doch noch möglich sei. Des Admirals Worte verfehlten den Eindruck nicht, noch einmal kehrte die Schiffsmannschaft an Bord zurück und begann von neuem die Löschungsarbeiten. Mutig gingen sie gegen die entfesselten Elemente vor. Immer von neuem drangen sie in den Qualm und in die Glut und achteten nicht die furchtbare Gefahr, in der sie sich befanden. Stundenlang hielten die wackeren Schiffsleute dem entfesselten Element stand. Jedoch menschlicher Heldenmut war vergebens. Die Kraft der Seeleute konnte gegen die Feuersgewalt nichts ausrichten, die schließlich durch den ganzen Schiffsraum ihre lodernde Glut wälzte. Nicht lange währte es mehr, dann fand das Feuer den Weg zur Pulverkammer, und damit schlug die Schicksalsstunde des ‚Wappen von Hamburg‘.
Karpfangers Sohn fiel dem Vater zu Füßen und bat ihn, mit fortzufahren, da das Schiff nicht mehr zu retten sei; der aber blieb fest. „Hebe dich weg von mir, mein Sohn, ich weiß besser, was mir anvertraut ist. Der Pflicht und Ehre bleibe ich getreu!“ Hierauf befahl er einigen Quartiermeistern, seinen Sohn und seinen Neffen in die große Schaluppe zu bringen.
Zu rechter Zeit kamen diese von Bord. Bald brannte das Feuer bei den Masten durch und leckte sich züngelnd an den Tauen in die Höhe. Im Augenblick glichen Masten und Rahen und Segel lodernden Flammenzeichen, die weithin leuchteten. Ein furchtbar prächtiges Schauspiel bot das Schiff, dessen Mannschaft nun nicht mehr an Bord blieb. Mit großem Geschrei und mit entsetzten Gesichtern eilten Matrosen und Soldaten über Bord in die Schaluppen und Boote hinein. Immer mehr drängten nach, stießen andere um, um für sich den Rettungsweg zu erkämpfen. Verzweiflung und Ungestüm ließen viele ins Meer fallen, und dort hielten sie sich, mit den Wellen ringend und nach Hilfe suchend, an den Rand der Boote und der Schaluppen. Wohl entgingen zahlreiche Seeleute dem Feuertode, aber die Wellen gruben ihnen ein sicheres Grab. Im Widerschein des feurig leuchtenden Schiffsrumpfes fuhren die Boote eiligst von dannen. Gegen Mitternacht lösten sich die Kanonen an Bord des Schiffes; es waren die Abschiedsgrüße, die über das Meer dahindonnerten. Eine Stunde nach Mitternacht hatte das Feuer die wohlverwahrte Pulver- und Kugelkammer erreicht. Ein furchtbarer Knall, und mit einer hochauflodernden Feuerflamme barst der Schiffsrumpf auseinander.
Man glaubte allgemein, Karpfanger habe als der Letzte das Schiff verlassen und sich gerettet. Es war nicht so. Am nächsten Morgen trieb die Leiche des verdienstvollen Mannes auf dem Wasser. Berend Karpfanger ging, getreu seinem Eide „Ich will bei der mir anvertrauten Flotte mannhaft stehen und eher Gut und Blut, Leib und Leben opfern, als sie oder mein Schiff verlassen!“ mit seinem Schiffe in die Tiefe, — ein Opfer seiner mannhaften Pflichttreue.
Unter besonderen Feierlichkeiten wurde der Leichnam in Cadix bestattet, und König Karl II. errichtete dem ruhmreichen Seehelden auf dem Grabe ein prächtiges Denkmal.