Bei Suropatti befand sich auch Sunan Mas, der frühere Kronprätendent von Mataram, und leitete den Widerstand gegen die Holländer am Ende des Jahres 1706. Suropatti wurde in seinem eigenen Lande angegriffen. Der Feldzug hatte nur den einen Erfolg, dass Suropatti bei Banggil verwundet wurde und kurz darauf in Pasaruan starb. Im nächsten Jahre jedoch gelang es dem Commandanten de Wilde, dem Reiche des Suropatti ein unrühmliches Ende zu bereiten und die Regenten von Madjakerto, Wirasaba, Kediri und Madiun an Paku Buwana zu unterwerfen. Seine Söhne fanden jedoch ein Asyl in Balambangan, von wo aus sie ihre Raubzüge fortsetzten, bis im Jahre 1712 die Holländer dagegen energisch auftraten.
Im Jahre 1709 sollte eine Conferenz aller Fürsten von Java und Madura in Kartasura zusammenkommen, in welcher der Susuhunan mit dem Vertreter der Compagnie, dem Commandanten Knol, feststellen sollte, welche Landesproducte[235] und zu welchem Preise diese von jedem einzelnen Häuptling an die Compagnie jährlich geliefert werden sollten; der Dipati von Surabaya — Djageng Rana — wurde bei dieser Conferenz heimtückisch vom Sultan unter Mitwissen von dem Commandanten Knol ermordet und sein Reich unter zwei seiner drei Söhne getheilt, während der dritte Regent von Lamonga wurde. Auch sie verpflichteten sich zu dem verlangten Tribut an die Compagnie und zur Anerkennung des Sultans von Mataram als ihres Herrschers, aber — sofort nach ihrer Abreise verbanden sie sich mit den Söhnen Suropattis. In einem der zahlreichen Kriege der nächsten Jahre fand die Compagnie Anlass, in Kartasura, der neuen Hauptstadt des Reiches von Mataram, eine starke Festung zu bauen, und im Jahre 1723 erfolgte die Uebergabe der angesehensten Häupter des Aufstandes, und der Krieg fand ein befriedigendes Ende.
Gleichzeitig wurde eine Revolution in Batavia selbst entdeckt und deren Rädelsführer, Pieter Erberveld, mit 49 Theilnehmern auf die grausamste Weise ermordet.
Von Bantam bekam die Compagnie im Jahre 1731 die Insel Pandjang, welche vor dem Bantambusen lag.
Bald sollten die Sultanate Mataram und Bantam von dem Erdboden verschwinden. Den Anlass zum Untergang des Reiches Mataram gab der Aufruhr der Chinesen in Batavia, welcher beinahe mit gänzlicher Vernichtung der chinesischen Bevölkerung in Batavia endete.
Während der Susuhunan dem Gesandten der Regierung alle mögliche Hülfe versprach, gab der neuernannte Reichsverweser Nata Kusumo den chinesischen Häuptlingen seines Reiches die Versicherung, dass ihnen die Städte der Küste abgetreten und alle Handelsvorrechte zugetheilt werden sollten, welche die Compagnie dem Reiche Mataram abgerungen hatte — wenn sie die Holländer vertreiben würden. Die Chinesen hatten an der Nordküste bedeutende Eroberungen gemacht, selbst bis nach Surabaya, sodass der Susuhunan von Kartasura endlich öffentlich ihre Partei ergriff und zunächst die europäischen Soldaten seines Forts entweder ermorden liess oder zum Uebertritt zum Islam zwang und als Sclaven verkaufte (20. Juli 1741). Der Regierung gelang es jedoch schon im November desselben Jahres, die Nordküste zurückzugewinnen, und Paku Buwana — kroch zu Kreuze. Nebstdem wurde ein Gegensultan ernannt, und zwar ein Enkel des nach Ceylon verbannten Sunan Mas; Mas Garendi, mit seinem Königsnamen Sunan Kuning, konnte sich jedoch nicht lange seines Thrones erfreuen; seine Anhänger, Chinesen und Javanen, wurden geschlagen, der Anführer der Chinesen, Tai-Wan-Sui, flüchtete sich nach Bali, und Sunan Kuning übergab sich am 3. October 1743 in Surabaya den Beamten der Compagnie, wurde nach Ceylon verbannt und Paku Buwana bestieg den Thron wieder, was er jedoch mit Aufgabe seiner Selbständigkeit bezahlen musste. Unter anderm musste er in Zukunft die Wahl eines Reichsverwesers und aller Regenten von der Zustimmung der Compagnie abhängig sein lassen, und bei etwaigen strittigen Fragen musste dem Befehl der Compagnie mehr als dem des Susuhunan gehorcht werden.
Der damalige Gouverneur-General van Imhoff bereiste die Preanger, gründete das heutige Buitenzorg, sorgte für Colonisation von Tji Sounas und hinreichende Bebauung des Landes. Nach dem Ende des Krieges besuchte er die Ostküste Javas, durchzog das Innere Javas nach allen Richtungen und erstattete einen ausführlichen Bericht nach Holland, der leider niemals in die Oeffentlichkeit gelangte.
Die zahlreichen Prätendenten in Mataram veranlassten den Sultan Paku Buwana, am 11. December 1749 auf seinem Todtenbette dem anwesenden Hohendorff das Reich feierlich zu übergeben und der Compagnie die Wahl eines Thronfolgers zu überlassen.
Hohendorff ernannte den Kronprinzen zum Thronfolger, obzwar sein Vater ihn eines Liebesverhältnisses mit einer seiner Gundiks beschuldigt hatte, und obwohl er augenleidend[236] war. Natürlich blieb ein Gegensultan nicht aus, und zwar in der Person seines Onkels Mangku Bumi, welcher sich im Palaste zu Djocja krönen liess. In dem darauf folgenden Erbfolgekriege kämpften die Holländer mit abwechselndem Glücke, selbst dann noch, als wiederum die Maduresen ihre gefürchteten Banden der Compagnie zu Hülfe sandten, und als selbst die Streitmacht des Mangku Bumi durch Zwist mit seinem Schwiegersohn Mas Saïd von Surabaya geschwächt wurde. Der neue Gouverneur-General Mossel wählte zwischen Mas Saïd, welcher »ganz Java«, und Mangku Bumi, welcher »halb Java« als Preis der Versöhnung mit der Compagnie forderte, nicht lange. Er verhandelte mit den bescheideneren Ansprüchen des Mangku Bumi und veranlasste (1755) den Susuhunan, sein Reich mit seinem Onkel zu theilen. Beide wurden Lehnsfürsten der Compagnie und zugleich die Ahnherren der noch heute bestehenden Kaiserreiche auf Java. Paku Buwana III. behielt in Solo seine Residenz, während Mangku Bumi Djocja oder nach der damaligen Schreibweise Jogjakarta zur Residenz seines neuen Reiches machte. Auch sein Schwiegersohn Mas Saïd wurde in Gnaden aufgenommen und erhielt von dem Susuhunan von Solo im südlichen Gebirge ein kleines Reich als Lehn.
Da beinahe gleichzeitig auch in Bantam ein Erbfolgekrieg ausgebrochen war, und zwar nach dem Tode des Sultans Zeinu’l-Arifîn, und erst im Jahre 1752 endigte, hatte die Compagnie einen schwierigen Standpunkt. Aber auch hier siegte ihr Princip: Divide et impera. Denn der Kronprinz bestieg zwar als Sultan Abu’n Natsr-Mohamed Arûf Zeinu’l Asjekin den Thron seiner Vorväter, aber auch nur als Lehnsfürst der Compagnie.