In dem ungünstigsten Lichte erschien ihm, nach mehreren seiner Briefe, sein neues Verhältniß. Die Vorbereitung auf seine Collegien preßte ihn die Klage aus: "er sei verdammt, sich durch die geschmacklosesten Pedanten durchzuschlagen, um Dinge daraus zu lernen, die er morgen schon wieder vergäße." Mit diesen Schattenseiten seines Berufs versöhnt ihn wieder die Aussicht eines Besuchs seiner Freundinnen in Jena. Auf einen Ausflug nach Rudolstadt glaubte er ohnedieß, aus Mangel an Zeit, für das nächste Jahr verzichten zu müssen.
Seinen bisherigen Aufenthalt in Weimar, wo er noch Bürgers Bekanntschaft gemacht hatte, der damals jene Residenz besuchte, vertauschte Schiller im May 1789 mit Jena. Ein ungewöhnlicher Beifall begleitete sein erstes Auftreten auf dem Katheder. Vor fast vierhundert Zuhörern eröffnete er in dem Auditorium des Kirchenraths Griesbach sein Lehramt mit der Antrittsrede: "Was heißt und zu welchem Ende studirt man Universalgeschichte?" Im ersten Semester las er wöchentlich zweimal, Dienstags und Mittwochs von sechs bis sieben Uhr Abends, über alte Geschichte. Späterhin hielt er auch Vorlesungen über die Geschichte der europäischen Staaten und über die Kreuzzüge.
Durch Kraft, Feuer und lichtvolle Ideen zeichnete sich Schiller als akademischer Dozent aus. Sein Vortrag soll indeß zu rhetorisch und pathetisch gewesen seyn. Zu dem Rednertalent, das er im freien wissenschaftlichen Gespräch mit Freunden entwickelte, vermochte er, aus Ungeübtheit, später auch wohl aus Kränklichkeit, sich auf dem Katheder nie zu erheben. Störend wirkte dort auch sein schwäbischer Dialekt. Diese Mängel aber vergütete reichlich die überwiegende Kraft seines Geistes.
Mit seinen neuen Verhältnissen, so unbehaglich sie ihm anfangs dünkten, versöhnte ihn das beruhigende Gefühl, eine gesicherte Stellung und einen ausgedehnten Wirkungskreis gefunden zu haben. Mehrere gesellige Verbindungen, die er in Jena anknüpfte, vermehrten seine Heiterkeit. Von Reinhold, Paulus, Griesbach, Schütz und andern geistreichen Männern ward er freundlich empfangen. Nur kurze Zeit sah er seine Rudolstädter Freundinnen wieder, als sie im Juli 1789, um den Badeort Lauchstädt zu besuchen, den Weg über Jena genommen hatten. Er versank in seine oft wiederkehrende trübe Stimmung, die ihm in einem seiner damaligen Briefe das Geständniß entlockte: "es gehöre viel Muth dazu, ein so freudenloses Dasein zu ertragen, und allein von den Gütern der Phantasie zu leben." Die verlorene Ruhe und Heiterkeit fand er erst wieder, als er in Lauchstädt, wohin er damals gereist war, mit dem Geständniß seiner Liebe hervorzutreten wagte, und Charlotte ihm ihre Hand versprach.
Die herannahenden Ferien benutzte Schiller zu einem Ausflug nach Rudolstadt. Das Wiedersehn der Geliebten hatte ihn erheitert. Bekümmert war er jedoch, daß sich ihm zu einer baldigen Verbindung keine Aussicht zeigte. Als Professor bezog er bisher keinen Gehalt. Auf seine Vorlesungen konnte er sich nicht verlassen. Er mußte, wie früher, zur Feder greifen, um für die nöthigsten Bedürfnisse sorgen zu können.
Auf eine schriftliche Vorstellung an den Herzog von Weimar erhielt er die Zusicherung eines Jahrgehalts von 200 Thalern. Auch Karl Theodor v. Dalberg, Coadjutor von Mainz und Statthalter zu Erfurt, ein älterer Bruder des Freiherrn v. Dalberg in Mannheim, eröffnete dem Dichter Aussichten zu einer seinen Wünschen und Neigungen entsprechenden Stelle.
Am 20. Februar 1790 ward Schiller mit Charlotte von Lengefeld in Wenigen- Jena durch den Pfarrer Schmid getraut. Einige Monate nach seiner Verheirathung schrieb er seinem Freunde Körner: "Es lebt sich doch ganz anders an der Seite einer lieben Frau, als so verlassen und allein. Jetzt erst genieße ich die schöne Natur ganz, und lebe in ihr. Ich sehe mit fröhlichem Geiste um mich her, und mein Herz findet eine immerwährende sanfte Befriedigung außer sich, mein Geist eine so schöne Nahrung und Erholung. Mein Daseyn ist in eine harmonische Gleichheit gerückt, nicht leidenschaftlich gespannt, aber ruhig und hell gehen mir die Tage dahin. Meinem künftigen Schicksal sehe ich mit heiterem Muth entgegen. Jetzt, da ich am erreichten Ziel stehe, erstaune ich selbst, wie Alles doch über meine Erwartung gegangen ist. Das Schicksal hat die Schwierigkeiten für mich besiegt, es hat mich zum Ziele gleichsam getragen. Von der Zukunft hoffe ich Alles. Wenige Jahre, und ich werde im vollen Genuß meines Geistes leben, ja, ich hoffe, ich werde wieder zu meiner Jugend zurückkehren; ein inneres Dichterleben giebt sie mir zurück."
Schillers damalige Stimmung war so ruhig und gleichförmig, daß nur selten eine Aeußerung an seine frühere Leidenschaftlichkeit erinnerte, wie unter andern, als er einst bei der Erzählung einer niederträchtigen Handlung eines in Jena angesehenen Mannes entrüstet in die Worte ausbrach: "man müsse sich wundern das solche Menschen im Gefühl ihrer Nichtswürdigkeit nicht augenblicklich verwesten." Als Erholung von geistesanstrengenden Arbeiten liebte Schiller gesellige Zerstreuungen, mitunter auch wohl Karten- und Kegelspiel. Immer aber blieb in seiner Natur ein ernster Sinn vorherrschend, der das Alltägliche mit dem Höhern und Idealen in eine gewisse Verbindung zu bringen suchte. So gab er einst beim Kegelschieben auf die Bemerkung eines der Mitspielenden über den herrlichen Abend die bedeutende Antwort. "Ach, man muß doch das Schöne in die Natur erst überall hineintragen!"
Den reinsten Genuß fand Schiller in einem engen Kreise guter und geistvoller Menschen, besonders in dem Umgange mit Griesbach und Paulus. Wo jeder Einzelne seine Originalität geltend machen konnte, fühlte er sich am wohlsten. Sein fester Sinn bewährte sich in der lebhaften Mißbilligung eines Vorschlags im akademischen Senat: den Jenaischen Studenten, die nach manchen tumultuarischen Auftritten die Stadt verlassen und sich nach Nora bei Erfurt begeben hatten, entgegen zu gehen und sie einzuholen. Dadurch, meinte Schiller, vergebe der akademische Senat sein Ansehen und seine Würde. Nur unter dem Versprechen eines bescheidenen und anständigen Betragens von Seiten der Studirenden müßte ihnen die Erlaubniß zur Rückkehr ertheilt werden. Schiller ward überstimmt und fand dadurch um so mehr Grund, jenen Schritt laut und unverholen zu tadeln. Demungeachtet erhielt er sich bei den Studirenden in fortwährender Achtung. Eine von den Landsmannschaften an ihn abgesandte Deputation bat ihn um Verzeihung, daß in Folge der tumultuarischen Bewegungen durch ein Versehen auch ihm die Fenster eingeworfen worden. In größere Irrungen gerieth Schiller mit einigen seiner Amtscollegen. Weil er sich auf den Titel einer gedruckten Vorlesung, statt Professor der Philosophie, Professor der Geschichte genannt hatte, erlaubte sich der Professor Heinrich, dem das historische Fach übertragen worden, den Titel jener Vorlesung von dem Buchladen, wo er angeschlagen war, durch einen Pedell herunterreißen zu lassen. Ueber diese Jämmerlichkeit äußerte sich Schiller sehr bitter in einem seiner damaligen Briefe.
Die durch jene Kämpfe mit der Außenwelt ihm geraubte Ruhe fand Schiller in seinem häuslichen Kreise wieder. Wechselseitige Harmonie des Geschmacks und der Empfindung machte seine Ehe zu einer sehr glücklichen. Auch dadurch ward ihm seine Gattin besonders werth, daß ihr feiner Tact sein Urtheil bestimmte und leitete. Er mußte ein Wesen um sich haben, dem er seine Ideen mittheilen konnte. Für einen Geist, wie den seinigen, waren gleichwohl die Schranken des häuslichen Lebens jedenfalls zu enge. Geschah es nun auch, daß seine wechselnde Stimmung, manche Eigenheiten, besonders die Liebe zur Einsamkeit, mitunter einige Mißverhältnisse in seiner Ehe erzeugten, so wurden sie durch Schillers Gutmüthigkeit bald wieder beseitigt. Mit Grund behauptete einer seiner vertrauteren Freunde, daß eine leichtsinnige, nach sinnlichen Freuden haschende und Zerstreuung liebende Gattin für Schiller durchaus nicht gepaßt haben würde.