So veröffentlichte er in den Jahren 1817 und 1818 von Kurt Sprengel's »Historia rei herbariae«, die 1807 und 1808 einen seiner ersten Verlagsartikel in Amsterdam bildete, eine neue deutsche Bearbeitung des Verfassers unter dem Titel: »Geschichte der Botanik« (2 Theile).
Dann kaufte er aus dem Verlage von Achenwall & Co. in Berlin den bereits gedruckten ersten Band eines »Handwörterbuch der allgemeinen Chemie« von Johann Friedrich John, Professor an der Universität zu Frankfurt a. O. und nach deren Aufhebung zu Berlin (geb. 1782, gest. 1847), und führte es in vier Bänden (1817-1819) zu Ende.
Ferner begann er den Verlag eines »Archiv für den Thierischen Magnetismus«, von Professor Dietrich Georg Kiefer in Jena (geb. 1779, gest. 1862) in Verbindung mit Professor Karl Adolf von Eschenmayer in Tübingen (geb. 1768, gest. 1852) und Professor Christian Friedrich Nasse (geb. 1778, gest. 1851) herausgegeben. Indeß veröffentlichte Brockhaus blos vier Hefte (1817) und verkaufte das »Archiv« dann an die Buchhandlung Hemmerde & Schwetschke in Halle, in deren Verlag bis 1827 zwölf Bände davon erschienen.
Uebrigens interessirte sich Brockhaus auch persönlich für diese nach ihrem Erfinder Anton Mesmer gewöhnlich Mesmerismus genannte neue Lehre von den geheimnißvollen Kräften des thierischen Magnetismus, welche in Frankreich und Deutschland bis über das erste Viertel des Jahrhunderts hinaus großes Aufsehen erregte. Er verlegte später Wolfart's »Jahrbücher für den Lebens-Magnetismus oder Neues Askläpieion« (5 Bände, 1818-1823) und »Der Magnetismus nach der allseitigen Beziehung seines Wesens, seiner Erscheinungen, Anwendung und Enträthselung in einer geschichtlichen Entwickelung von allen Zeiten und bei allen Völkern wissenschaftlich dargestellt«, von Professor Joseph Ennemoser in Bonn, einem der Hauptvertreter dieser Lehre. Letzteres Werk erschien 1844 in zweiter umgearbeiteter Auflage unter dem Doppeltitel: »Geschichte des thierischen Magnetismus« und »Geschichte der Magie«.
Einen besonders werthvollen Zuwachs seines medicinischen Verlags erhielt Brockhaus dadurch, daß er 1816 den gesammten Verlag der unter der Firma »Literarisches Comptoir« in Altenburg bestehenden Pierer'schen Buchhandlung übernahm. Die beiden wichtigsten Verlagswerke derselben waren: »Medizinisches Realwörterbuch zum Handgebrauch praktischer Aerzte und Wundärzte und zu belehrender Nachweisung für gebildete Personen aller Stände«, und: »Allgemeine medizinische Annalen des neunzehnten Jahrhunderts«. Beide Werke waren von dem Besitzer der Pierer'schen Verlagsbuchhandlung begründet und wurden von ihm unter seinem Namen herausgegeben, auch noch nach diesem Verkaufe.
Johann Friedrich Pierer wurde schon mehrfach genannt: er hatte Brockhaus 1808 auf der leipziger Messe kennen gelernt und ihn dann bei seiner Ankunft in Altenburg mit Rath und That unterstützt. Schon als Besitzer der Hofbuchdruckerei, als Schwager des Bankiers Reichenbach und Freund des Ludwig'schen Hauses nahm Pierer eine sehr hervorragende Stellung in der altenburger Gesellschaft ein. Im Jahre 1767 geboren, studirte er die Medicin und ließ sich 1790 in seiner Vaterstadt Altenburg als praktischer Arzt nieder, begründete 1798 eine »Medizinische Nationalzeitung für Deutschland«, die er 1800 »Allgemeine medizinische Annalen« nannte, und kaufte 1799 die Richter'sche Hofbuchdruckerei in Altenburg, mit der er 1801 ein buchhändlerisches Verlagsgeschäft für seine Zeitschrift unter der Firma »Literarisches Comptoir« verband. Dieses letztere verkaufte er sammt jener Zeitschrift, einigen andern Verlagsartikeln und dem eben im Druck begonnenen »Medizinischen Realwörterbuche« 1816 an Brockhaus. Nachdem er 1814 Amts- und Stadtphysikus mit dem Titel Hofrath geworden war, wurde er 1826 zum Obermedicinalrath und Leibarzt des Herzogs ernannt und starb 1832.
Im Jahre 1823 (nach Brockhaus' Tode) nahm Johann Friedrich Pierer sein Verlagsgeschäft unter der nur wenig veränderten Firma »Literatur-Comptoir« wieder auf und übertrug die Leitung desselben seinem Sohne Heinrich August Pierer (geb. 1794, gest. 1850), der zuerst ebenfalls Medicin studirt hatte, aber 1813 mit ins Feld gezogen war und 1831 seinen Abschied nahm, worauf er sich ausschließlich dem Verlagsgeschäft widmete. Er hat sich namentlich durch Herausgabe des »Universal-Lexikon« bekannt gemacht, das er 1824 noch bei Lebzeiten seines Vaters und von diesem unterstützt unter dem Titel »Encyklopädisches Wörterbuch« begonnen hatte.
Von dem erstgenannten jener beiden von Brockhaus mit dem Pierer'schen Verlage erworbenen Werke, dem »Medizinischen Realwörterbuch«, erschienen in den Jahren 1816, 1818, 1819 und 1821 die ersten vier Bände, der vierte mit herausgegeben von Dr. Ludwig Choulant (geb. 1791, gest. 1861 als Geh. Obermedicinalrath in Dresden), den Pierer zu seiner Unterstützung 1817 aus Dresden nach Altenburg berufen hatte, wo er bis 1821 blieb. Doch wurden diese vier Bände später an Pierer wieder verkauft und von diesem die das Werk abschließenden Bände 5-8 in den Jahren 1823-1829 selbst verlegt.
Die »Allgemeinen medizinischen Annalen«, deren Redaction Pierer ebenfalls beibehielt, seit 1821 auch dabei von Choulant unterstützt, blieben nach der Wiedererrichtung der Pierer'schen Verlagsbuchhandlung im Jahre 1823 doch im Verlage von F. A. Brockhaus, und zwar bis 1830, worauf sie in die im Pierer'schen Verlage erscheinende »Allgemeine medizinische Zeitung« umgewandelt wurden; letztere wurde nach Pierer's Tode seit 1833 von Dr. Karl Pabst herausgegeben, ging 1837 wieder an F. A. Brockhaus über, hörte aber mit Ende 1838 ganz auf.