Anfang Oktober 1660 erließ die in Bedford versammelte Behörde den Befehl, daß beim öffentlichen Gottesdienst die Liturgie der Kirche Englands gelesen werden müsse. Bunyan, als ihr nicht angehörig, dachte nicht daran, daß dieser Erlaß auch ihn angehe; es lag ihm fern, demselben Folge zu leisten. Da fand sich ein Verräter, der ihn bei der Regierung anzeigte. Es war am 12. November, da war er ersucht worden, in dem benachbarten Dorfe Samsell zu predigen, und er war im Begriff, über das Wort zu sprechen: Glaubst du an den Sohn Gottes? (Joh. 9, 35.) Ein benachbarter Friedensrichter hatte aber schon von der Versammlung gehört, welche da abgehalten werden sollte. Bunyans Freunde, welche es vernommen, rieten ihm, die Zeit zu benützen und zu entfliehen. Bunyan aber dachte: „Wenn ich fliehe, was werden meine glaubensschwachen Brüder sagen? Werden sie nicht gleicherweise die Flucht ergreifen? Werden sie nicht sagen, ich habe ihnen bloße Worte ohne Werke gepredigt?“ — So war er denn entschlossen zu bleiben und sein Amt auszurichten. Kaum aber hatte der Gottesdienst begonnen, so traten die Gerichtsdiener herein mit dem Haftbefehl. Auf seine Bitte durfte Bunyan noch einige Worte an die Gemeinde richten, und dann wurde er ins Gefängnis nach Bedford abgeführt. Im Januar 1661 fanden die vierteljährlichen Sitzungen des Gerichtshofes statt. Die Anklageakten, welche hierauf gegen Bunyan verfaßt und ihm vorgelesen wurden, lauteten also: „Daß Johann Bunyan aus Bedford, Landmann, seit einiger Zeit teuflischer- und verderblicherweise sich vom öffentlichen Gottesdienst ferngehalten und dagegen ein gesetzwidriger Versammlungshalter sei, zur großen Zertrennung und Zerstörung der guten Untertanen dieses Königreichs, entgegen dem Gesetz unsers souveränen Herrn und Königs“ usw. Das Verhör bewegte sich um die Verpflichtung zum Besuch des staatskirchlichen Gottesdienstes, um die englische Liturgie und um Bunyans Befugnis zum Predigen. Der Angeklagte gab zu, daß er Versammlungen gehalten habe, um zu beten und zu ermahnen, weigerte sich jedoch entschieden, das Versprechen abzulegen, daß er, wenn in Freiheit gesetzt, nicht mehr predigen wolle. Der Richter drang mit allerlei Vorstellungen in ihn, um ihn dazu zu bewegen, aber umsonst. „Nun denn,“ sagte der Richter, „so höre dein Urteil: Du mußt wieder zurück in dein Gefängnis und dort noch weitere drei Monate liegen; und dann, wenn du dich weigerst, in die Kirche (d i. die bischöfliche Staatskirche) zu gehen und dem Gottesdienst derselben beizuwohnen, wie auch dein Predigen zu lassen, so steht dir Landesverweisung in Aussicht; und solltest du dich dann ohne besondere Erlaubnis des Königs im Lande wieder sehen lassen, so geht’s dir an den Hals.“ Bunyan antwortete: „Ich habe nichts weiter zu sagen; wenn ich heute aus dem Gefängnis käme, so würde ich morgen wieder das Evangelium predigen mit Gottes Hilfe.“
Nach Ablauf der drei Monate war Bunyan nun sehr gespannt, zu erfahren, was aus ihm werden würde. Er hatte schon die Predigt vorbereitet, die er bei seiner Hinrichtung vor versammeltem Volk zu halten gedachte. Es kam jedoch nicht so weit. Ebensowenig wagte man es, ihn in die Verbannung zu schicken; aber zwölf Jahre hindurch wurde er gefangengehalten. Das Gefängnis stand auf der Brücke, welche über den Fluß bei Bedford führte. Es war eine unwirtliche Behausung, ein Ort, welchen Bunyan selbst zu Anfang seiner „Pilgerreise des Christen“ eine „Höhle“ nennt. Aber eben dieses Gefängnis ward durch Bunyan ein Haus der Ermahnung und des Trostes. Außer ihm waren noch viele andre um ihres Bekenntnisses willen hier eingekerkert, und er versäumte es nicht, sie zu unterweisen und mit ihnen zu beten. Außer den Mitgefangenen kamen noch viele aus der ganzen Umgegend herbei, um ihn zu besuchen und sich von ihm in ihren Zweifeln und mancherlei Gewissensfragen geistlichen Rat zu holen. — Mochte auch seine Haft keine strenge sein, so drückte ihn doch die Trennung von seiner zweiten Gattin und seinen vier Kindern besonders schwer. Seine erste Frau war nach schwerer Krankheit vor seiner Verhaftung gestorben. Nicht imstande, durch sein Handwerk etwas zu verdienen, lernte er Litzen häkeln, Schnüre und Schnürgeflechte verfertigen, die er an der Tür seines Gefängnisses verkaufen durfte, wobei oft seine geliebte blinde Tochter an seiner Seite stand.
Die Stille seiner Zelle benützte er auch, um sich vollends in Wort und Geist der Heiligen Schrift zu vertiefen; von hier aus sind seine wichtigsten Schriften hervorgegangen. Seine dichterischen Gefängnisbetrachtungen, seine unter dem Titel: „Überschwengliche Gnade“ verfaßte Lebensbeschreibung, sein Glaubensbekenntnis und insonderheit „Die Pilgerreise des Christen“ haben diesen Ursprung. Viele andre Bücher wurden von Bunyan während seiner Gefangenschaft geschrieben, und alle seine schriftstellerischen Werke zusammen umfassen nicht weniger als 60 größere und kleinere Bände. Auf diese Weise konnte er als Gefangener eine viel weitere Wirksamkeit gewinnen, als er vorher in seiner Freiheit durch sein Predigen hatte ausüben können.
Bunyan als Schriftsteller im Gefängnis zu Bedford.
Der Herr gab ihm auch solche Gunst in den Augen des Gefängniswärters, daß dieser ihm eine Zeitlang viel Freiheit ließ. Er durfte bei seiner Familie sein und zuweilen sogar in den umliegenden Dörfern und Wäldern predigen. Man sagt, daß viele der Baptistengemeinden in der Umgegend von Bedford ihre Entstehung seinen damaligen mitternächtlichen Predigten verdanken. Im Jahr 1666 kam er, da er für kurze Zeit in Freiheit gesetzt ward, bis nach London. Aber eines Tages wurde er, eben im Begriff, eine Versammlung zu halten, als ein Gegner der Staatskirche wiederum festgenommen und in strengere Haft zurückgeführt. Diese Strenge aber ließ allmählich wieder nach, so daß er Monate hindurch regelmäßig die Versammlungen seiner Brüder in Bedford besuchen konnte, ja er wurde sogar im Oktober 1671, da er noch im Gefängnis war, zum Prediger der Baptistenkirche in Bedford gewählt. Seine öftere Abwesenheit kam indes zu den Ohren der ihn verfolgenden Geistlichen. Von London wurde ein Beamter nach Bedford entsandt, der sich von der Wahrheit jener Gerüchte überzeugen sollte. Mitten in der Nacht meldete sich dieser beim Gefängniswärter, um seine Untersuchung vorzunehmen. In derselben Nacht befand sich Bunyan bei seiner Familie, war aber so unruhig, daß er nicht schlafen konnte, und sagte deshalb zu seiner Frau, er müsse sogleich zurückkehren. Er tat es auch, und der Kerkermeister war sehr unzufrieden, daß er zu einer solch ungelegenen Zeit zurückkam. Kurz darauf erschien der Beamte und fragte: „Sind alle Gefangenen gut verwahrt?“ „Ja.“ „Ist Johann Bunyan in seiner Zelle?“ „Ja.“ „Ich wünsche ihn zu sehen.“ Er wurde gerufen, erschien, und alles war recht. Nachdem der Beamte das Gefängnis verlassen hatte, sagte der Wärter zu Bunyan: „Ihr möget ausgehen, wann es Euch beliebt, denn Ihr wißt besser, wann Ihr zurückkommen müßt, als ich es Euch sagen kann.“
Endlich erließ Karl II. im Jahr 1672 die sogenannte Indulgenzakte, welche den Dissenters Befreiung aus dem Gefängnis und für ihre Privatversammlungen Duldung gewährte. Die nähern Umstände, denen Bunyan seine Freiheit verdankte, sind erst in neuerer Zeit bekannt geworden. In der Schlacht bei Worcester, in welcher das schottische Heer durch Cromwell beinahe aufgerieben worden und Karl II., damals noch Kronprätendent, in persönliche Lebensgefahr geraten war, hatte derselbe nach vierzigtägiger Flucht endlich einen Mann gefunden, der ihn auf den Schultern in ein Boot rettete; dies war ein Quäker. Zwanzig Jahre später erschien dieser Quäker vor dem König, der ihn sogleich wieder erkannte und ihm seine Verwunderung bezeugte, daß er niemals bei ihm um eine Belohnung eingekommen sei. Der Quäker gedachte der Tausende seiner Glaubensgenossen, die in den Gefängnissen schmachteten, und bat für sie; doch nicht für sie allein, sondern auch für die andern, die um ihres Gewissens willen verfolgt waren. Der Name Bunyan wurde mit genannt. Karl II., welcher bei all seinen Fehlern doch ein dankbares Herz hatte, ließ eine Verordnung ausgehen, durch welche die gefangenen Dissenters, welche sich keiner politischen Vergehen schuldig gemacht hatten, in Freiheit gesetzt wurden. Diese Verordnung trug das Datum vom 15. März 1672.
Als Bunyan das Gefängnis von Bedford verließ, war er 44 Jahre alt. Zum ersten, was er nach seiner Befreiung tat, gehörte ein Gesuch an die Behörde um ungehinderte Predigt und freie Versammlungsstätten in der Grafschaft Bedford und den benachbarten Grafschaften. Seinen Bemühungen verdankten 25 Prediger ihre Anstellung, 31 Versammlungsstätten ihre ungestörte Benützung. Als Seelsorger ging er unermüdlich den einzelnen nach und hielt hin und her Erbauungsstunden. Auch seine Feder war bald wieder in voller Tätigkeit, und er schrieb Werke, durch die sein Gedächtnis im Segen bleibt. Überhaupt suchte er das Reich Christi zu fördern, soviel er nur vermochte, und von den Baptistengemeinden seiner Gegend, deren Leiter er nun eigentlich war, erhielt er den Ehrennamen „Bischof Bunyan“. Dieser Bischof hielt es nicht unter seiner Würde, sein früheres Handwerk bis an sein Lebensende fortzuführen. Er blieb auch in seiner bescheidenen Wohnung. Sein Studierzimmer war kaum größer als seine Gefängniszelle. Ein Schuppen hinter dem Haus diente ihm als Werkstatt.
Bunyans Ruf nahm immer zu. Auf seinen Wanderpredigten kam er auch jährlich einmal nach London. Dort wurden seine Predigten so hoch geschätzt, daß zu einer Morgenandacht um 7 Uhr sich einmal an einem Werktag mitten im Winter mehr als 1200 Zuhörer einstellten. Ein andermal, an einem Sonntag, hatten sich mehr als 3000 Personen eingefunden; viele mußten wegen Platzmangel wieder umkehren. Unter denen, die zu seinen Predigten herbeiströmten, fand man Hohe und Niedrige, Gelehrte und Ungelehrte. Der berühmte Theologe Dr. Johann Owen, der schon unter Cromwell in hohem Ansehen gestanden hatte, setzte sich, sooft er Gelegenheit hatte, gern zu den Füßen des ungelehrten, aber beredten Kesselflickers, um seinen glühenden, herzergreifenden Ansprachen zu lauschen. Als König Karl II. dies hörte, fragte er den gelehrten Doktor, wie doch ein Mann von seiner hohen Bildung und großen Gelehrsamkeit sich herablassen könne, einen Kesselflicker predigen zu hören. Darauf erwiderte Owen: „Königliche Majestät, wenn ich des Kesselflickers Predigtgabe bekommen könnte, wollte ich gern all meine Gelehrsamkeit dagegen eintauschen.“
Mehr als einmal wurde Bunyan gebeten, sich in der Weltstadt dauernd niederzulassen. Doch weder die Aussicht auf ein größeres Arbeitsfeld noch viel weniger auf ein höheres Einkommen konnten ihn bestimmen, seine Bedforder Gemeinde zu verlassen.