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Über die von den Protestanten unter Karl II. in England unternommene große Katholikenverfolgung schreibt Macaulay: „Inzwischen waren die Gerichtshöfe, welche inmitten politischer Bewegungen sichere Zufluchtsstätten für die Unschuldigen jeder Partei sein sollen, durch wildere Leidenschaften und schmutzigere Bestechungen beschimpft, als selbst bei den Wahlbühnen zu finden waren... Bald strömten aus allen Bordellen, Spielhäusern und Bierkneipen Londons falsche Zungen hervor, um Römisch-Katholische um ihr Leben zu schwören.“ Damals fielen Tausende und Abertausende den Protestanten zum Opfer[85].
Wie Felix Platter berichtet, wurden im Jahre 1554 Protestanten in Frankreich mit dem Tode bestraft, ein Vornehmer aber an die Galeere geschmiedet. Im gleichen Jahre sah er in Avignon oben am Palast Reformierte im eisernen Käfig zu Tode eingesperrt.
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Das lutherische Sachsen war ängstlich darauf bedacht, jeglichen kalvinistischen „Irrglauben“ fern zu halten. Da der Kanzler Christians I., Dr. Krell, einer weitherzigeren Ansicht huldigte, wurde er am Tage der Beerdigung seines Herrn (1591) verhaftet und ihm der Prozeß als Kryptokalvinisten gemacht. Zehn Jahre lang mußte er Sommer und Winter in einem fast überall offenen Kerker sitzen, wo er „in dem Stank und Unflat ganz verderben“ mußte. Als älterer, von der Gicht schwer heimgesuchter Mann, mußte er im Krankenstuhl aufs Schafott getragen werden[86]. Hinsichtlich der Toleranz haben sich die verschiedenen christlichen Konfessionen gegenseitig nichts vorzuwerfen; sie alle befolgen gewissenhaft das Bibelwort: „So jemand zu euch kommt und bringet diese Lehre nicht, den nehmet nicht (auf) zu Hause und grüßet ihn auch nicht. Denn wer ihn grüßet, der machet sich teilhaftig seiner bösen Werke!“ (II. Joh. 10) und „Wer glaubet und sich taufen läßt, wird selig werden; wer aber nicht glaubet, wird verdammet werden.“ (Mark. 16, 16).
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Erst im Laufe des 17. Jahrhunderts läßt man in der Praxis den Grundsatz cuius regio, eius religio ganzen Völkern gegenüber fallen und versucht nicht mehr, ihnen die Konfession des Landesherren aufzuzwingen, wenn etwa der Landesherr konvertiert, oder durch Erbschaft in den Besitz von Landesteilen mit anderer Konfession kommt[87]. Früher wurde in rücksichtsloser Weise auch in solchen Fällen zum Glaubenswechsel gezwungen. Man denke etwa an die Pfalz! Natürlich erwartete man, daß die Untertanen nun auch aus Überzeugung der neuen Konfession anhingen.
Im Jahre 1634 tat der Hofprediger des Herzogs Johann Georg I. von Sachsen den Ausspruch: „Den Kalvinisten zu ihrer Religionsübung helfen ist wider Gott und Gewissen und nichts anderes, als dem Urheber der kalvinistischen Greuel, dem Teufel, einen Ritterdienst leisten.“
In Kassel, einer reformierten Stadt, durften die Lutheraner noch in der 2. Hälfte des 18. Jahrhunderts in ihrer Kirche keine Orgel haben, auch war ihnen das Taufen und Kopulieren verboten, das beides von reformierten Geistlichen vollzogen werden mußte.