Als sich Hieronymus von Prag, der sich am 7. April 1406 in Heidelberg hatte immatrikulieren lassen, mit Leidenschaft in einer Disputation zum Realismus bekannte, die Fakultät die Aufstellungen des Hieronymus widerlegen ließ und Hieronymus hierauf wieder antworten wollte, wurde den Studierenden bei ihrem Eide untersagt, dem Akte anzuwohnen! Weiter beschloß die Fakultät, daß fortan kein auf einer andern Universität ausgebildeter Bakkalar oder Magister in die Fakultät aufgenommen werden solle, bevor er sich eidlich verpflichtet habe, keine Frage zu determinieren, ohne vorher dem Dekan seine Aufstellung vorzulegen und zu schwören, sie auf dem Katheder wörtlich und ohne jede Änderung vorzutragen.
Noch im Jahre 1452 mußte sich jeder Magister in Heidelberg bei der Aufnahme in die Fakultät eidlich verpflichten, nur auf Grund der neuen, vor allem durch Marsilius von Padua eingeführten, nominalistischen Methode zu lehren. Einige Lehrer, die den alten Weg für richtiger hielten, mußten ausscheiden. Erst ein Machtwort des Kurfürsten Friedrich beseitigte dieses Monopol.
In Tübingen, das schon 1477 beiden Richtungen gleiche Geltung einräumte, konnte ein Scholar oder Bakkalar nicht, wie seit 1452 in Heidelberg, beliebig bei Lehrern der einen oder andern Partei hören, vielmehr hatte er sich für einen von beiden zu entscheiden und in dem gewählten Wege die Grade zu erwerben.
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Die unbestrittene Autorität des Aristoteles in den weltlichen Wissenschaften wurde sowohl von den Nominalisten, als von den Realisten anerkannt. Beide Parteien stimmten darin überein, daß sich niemand von seiner Lehre entfernen dürfe, es sei denn, einer seiner Sätze widerstreite der Kirchenlehre. In diesem Falle solle man darauf hinweisen, daß Aristoteles nach der bloßen Vernunft urteile, ohne durch den Glauben erleuchtet zu sein. So zu den Scholaren zu sprechen war in Heidelberg ausdrücklich vorgeschrieben. Zugleich wurde jeder neue Magister eidlich verpflichtet, die Worte des Aristoteles und seines Kommentators als feste und gewissermaßen unzweifelhafte Wahrheit zu verkünden.[129]
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Als Petrus Ramus um die Erlaubnis gebeten hatte, in Genf lehren zu dürfen, erhielt er von Beza (1519–1606), dem Nachfolger Calvins, die für die nicht eben freie Stellung der neuen Kirche zu Aristoteles charakteristische Antwort: »Die Genfer haben ein für allemal beschlossen, weder in der Logik, noch in irgendeinem andern Wissenszweige von den Ansichten des Aristoteles abzuweichen.«[130]
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Georg Kaufmann, der hervorragende Kenner unseres mittelalterlichen Universitätswesen, urteilt über die Bedeutung der Hochschulen für die Entwicklung der Wissenschaften wie folgt: »Alle Fakultäten hielten bis ans Ende der Periode (also bis zur Reformationszeit) die Lehrziele und die Lehrmethode fest, die ihre Statuten aus dem 14. Jahrhundert zeigen, und soweit sie neuen Ansprüchen und Regungen Raum ließen, geschah es fast immer auf Drängen von Personen und Behörden, die außerhalb der Universitäten standen, oder ihnen doch nur lose und äußerlich verbunden waren.