Von nun an hatte die Unglückliche fortwährend von den Verfolgungen zu leiden, deren Ziel sie durch Feindschaft der Äbtissin, der Priorin und des Beichtvaters geworden war.
Als sie eines Abends nicht in ihrer Zelle war und in der ihrer einzigen Freundin Crescentia gefunden wurde, schleppte man sie am folgenden Tage durch förmlichen Kapitelbeschluss zur großen Disziplin. Doch damit war es noch nicht genug, es trafen sie noch eine Menge anderer Strafen, darunter auch die Degradation von dem Nonnenrang zu dem einer Laienschwester.
Sie beging die Unvorsichtigkeit, einen Brief an ihre Eltern zu schreiben, in welchem sie ihnen ihre grauenvolle Lage schilderte und auf rührendste Weise um Hilfe bat. Der Brief wurde abgefangen und sie gezwungen, einen andern lügenhaften abzuschicken, den ihr der Pater Olympius in die Feder diktiert hatte. Für das Verraten von Klostergeheimnissen an Laien erhielt sie abermals eine derbe Geißelung und wurde vier Wochen lang in den Turm gesperrt, wo sie einen Tag um den andern Wasser und Brot erhielt.
Ihre Lage verschlimmerte sich noch, als die Äbtissin starb und ihre Hauptfeindin, die Priorin, an deren Stelle kam. Vergeblich bat Magdalena um Rückgabe des schwarzen Nonnenschleiers; sie musste nach wie vor als Laienmagd Dienste in der Küche verrichten. Für jedes kleine Vergehen erhielt sie hier die Rute, und als sie einstmals bei der Feier des Palmenfestes einen aus Blei gegossenen und fünfzig Pfund wiegenden "heiligen Geist", weil derselbe ihr zu schwer war, fallen ließ, so dass derselbe zerbrach, erklärte dies Olympius für absichtliche Bosheit, für ein Religionsverbrechen! Die Ärmste empfing in dem neben dem Refektorium gelegenen Gefängnisse eine starke Disziplin.
Um diese Zeit erhielt sie Besuch von einigen Verwandten, welche sie jedoch nur hinter der Klausur sprechen durfte. Was sie gesprochen hatte, wurde untersucht, und man erklärte sie für ein gänzlich verworfenes Geschöpf. -
Die Sehnsucht nach "der Welt" wurde nun in Magdalena immer mächtiger, und sie sann auf Flucht. Sie war auch so glücklich, das Freie zu gewinnen, aber später wurde sie ertappt und musste wieder in das Kloster zurückkehren, obgleich ein hoher Geistlicher, den sie um Hilfe angerufen hatte, sich für sie verwendete.
Pater Olympius reizte die Äbtissin zu stets neuen Verfolgungen an, und Magdalena wurde endlich zum Gefängnis auf unbestimmte Zeit verurteilt. Als man sie dorthin bringen wollte, wehrte sie sich mit der Kraft der Verzweiflung, und man musste einen Franziskanerlaienbruder zu Hilfe rufen. - Durch diesen Widerstand erbittert, ließ ihr die Äbtissin in Gegenwart der Priorin in dem Gefängnis auf einem Bunde Stroh abermals sehr derb die Rute geben.
Als einst Magdalenas Gefängnis ausgebessert werden musste, wurde sie in ein benachbartes gebracht, in welchem die Schwester Christine nun schon dreizehn Jahre saß. Sie war zum Gerippe abgezehrt, vom Geißeln lahm und dem Wahnsinn nahe.
An Festtagen wurde Magdalena zum Abendmahl in die Kirche gelassen und musste monatlich einmal bei Pater Olympius beichten. Dieser Schurke hatte seinen Verführungsplan noch immer nicht aufgegeben und drang mit unzüchtigen Anträgen in sie; allein sie schrie um Hilfe, und der Pater stellte sich, als habe er ihr nur die Disziplin geben wollen. Um wenigstens in etwas seinem Sinnen zu genügen, befahl ihr der heilige Mann, sich zu entblößen; allein es kamen einige Schwestern herbei, bei denen er sein Betragen schlecht genug entschuldigte.
Die Einkerkerung des unglücklichen Geschöpfs hatte nun unter fortwährenden Misshandlungen drei Jahre und acht Monate gedauert, als endlich ein Schornsteinfeger, der in der Nähe ihres Gefängnisses arbeitete und ihr Gewimmer hörte, die Sache der Obrigkeit anzeigte. Es wurde vom betreffenden Ministerium sogleich eine Kommission ernannt, welche in dem St. Klarenkloster eine Untersuchung anstellte.