Sein Oheim, Alfons Borgia, wurde unter dem Namen Calixtus III. Papst, und Rodrigo begab sich schleunigst nach Rom. Der Papst überschüttete seinen Neffen mit Würden und Geschenken und machte ihn endlich zum Kardinal. Nun richtete derselbe seine Augen auf die päpstliche Krone. Als Innozenz VIII. starb, bestach er von 27 Kardinälen 22 durch Versprechungen und wurde Papst. Als er sein Ziel erreicht hatte, ermahnte er die bestechlichen Kardinäle zur Besserung und räumte sie als ihm unbequem allmählich durch päpstliche Hausmittelchen aus dem Wege.
Für das Schicksal seiner Kinder war Alexander VI. auf das zärtlichste
bedacht. Er verheiratete sie alle vortrefflich und sorgte für ihr
Fortkommen. Cesare Borgia wurde zum Kardinal gemacht und hatte die
Freude, seinen Bruder Jofré mit Sancha, der Tochter des Königs Karl
VIII. von Frankreich zu verheiraten, der noch weit größere Opfer bringen
musste, um den Papst zu bewegen, seine Absichten auf das Königreich
Neapel zu unterstützen. Karl musste unendlich viele Dukaten opfern, denn
Geld war bei Alexander VI. die Losung.
Um Geld zu erlangen, verschmähte dieser Papst kein Mittel. Einen Beweis für seine Handlungsweise liefert sein Betragen gegen den unglücklichen Prinzen Cem. Dieser hatte sich gegen seinen Bruder, den Sultan Bayezit, empört, war gefangen und dem Papst Innozenz gegen ein Jahrgeld von 40.000 Dukaten zur Aufbewahrung anvertraut worden. Um Geld zu gewinnen, ließ Alexander VI. dem Sultan weismachen, dass Karl VIII., wenn er Neapel erobert habe, gegen ihn ziehen wolle und sich bereits seinen Bruder Cem erbeten habe, um ihn an die Spitze des Unternehmens zu stellen. Zugleich erbat sich Alexander die fälligen 40.000 Dukaten.
Der wirklich besorgte Sultan schickte gleich 50.000 und schrieb an den "ehrwürdigen Vater aller Christen", so nannte er Alexander, einen sehr freundschaftlichen Brief, in welchem er ihn aufmuntert, "seinen Bruder sobald als möglich von dem Elend dieser Welt zu befreien und ihm zu einem glücklichen Leben zu verhelfen". Wenn der Papst diese seine Bitte erfüllen wolle, so verspreche er ihm feierlich und eidlich 300.000 Dukaten, die kostbare Reliquie des Leibrocks Christi und ewige Freundschaft.
Alexander wollte aber noch mehr Nutzen aus dem Heiden ziehen, der in seinem Gewahrsam war; er lieferte ihn Karl VIII. für 20.000 Dukaten aus, aber bereits mit einem Trank im Leib, der ihn in Mohammeds Paradies beförderte. Einer der Geschichtsschreiber sagt: "Er starb an einer Speise oder einem Trank, die ihm nicht gut bekam." - Bayezit war ebenso ehrlich wie der Papst und zahlte mit Freuden das Blutgeld.
Alexander erhob seinen ältesten Sohn Juan, Herzog von Gandia, den er am liebsten hatte, zum Herzog von Benevent. Dies war dessen Tod, denn sein eifersüchtiger Bruder Cesare ließ ihn ermorden. Man zog den von neun Dolchstichen durchbohrten Leichnam aus dem Tiber, und die Römer sagten spottend: "Alexander ist der würdigste Nachfolger Petri, denn er fischt aus dem Tiber sogar Kinder." - Alexander war über den Tod seines Lieblings außer sich; aber er vergab Cesare den kleinen Mord sehr bald und übertrug auf diesen würdigsten Sprössling all seine väterliche Zärtlichkeit.
Um nicht daran gehindert zu sein, durch Heirat zur Macht zu gelangen, verließ der Kardinal Cesare Borgia den geistlichen Stand - ein bis dahin nie vorgekommener Fall, - wurde von dem Könige von Frankreich zum Herzog von Valence in der Dauphiné ernannt und heiratete bald darauf eine Tochter der Königin von Navarra.
Seine anderen Kinder vergaß der zärtliche Vater aber auch nicht.
Lucrezia hatte schon viel herumgeheiratet, als sie an Alfons, Herzog von
Bisceglia, gelangte, der aber ermordet wurde und einem Prinzen von
Ferrara Platz machen musste.
Die päpstliche Familie führte ein äußerst gemütliches Familienstilleben. Die Brüder und der Vater schliefen abwechselnd bei der schönen Lucrezia, und der Letztere hatte die Freude, ihr einen Sohn zu erzeugen, der Rodrigo genannt wurde und welcher demnach der Bruder seiner Mutter und der Sohn und Enkel seines glücklichen Vaters war, der das Wunderkind zum Herzog von Sermonata machte.
Die italienischen Fürsten, welche von dem Heiligen Vater und seinem Sohn Cesare auf das schamloseste geplündert wurden, vereinigten sich gegen diese Ungerechtigkeiten, allein sie wurden fast sämtlich gegen ihre bessere Überzeugung zur Seligkeit befördert. Ein halbes Dutzend von ihnen besorgte Cesare zur Ruhe und einen andern der Herr Papa.