Die Zölenteraten bildeten während des ganzen Jahrhunderts ein Hauptfeld der Untersuchung für die Fragen des von J. Steenstrup entdeckten Generationswechsels, der tierischen Kolonien, der Ökologie des Meeres (Korallen), sowie insbesondere der vergleichenden Histologie und Physiologie.
Die Echinodermen erfuhren mit der Ausbildung der marinen Zoologie konstanten Zuwachs an Arten und Typen (Krinoiden), bewährten sich als eine der geeignetsten Gruppen zum Vergleich zwischen lebenden und fossilen Formen. Die wichtigste Entdeckung auf diesem Gebiet glückte Joh. Müller, der zuerst ihre Entwicklungsgeschichte aufhellte.
Die Würmer lösten sich als Gruppe immer mehr aus dem von Linné geschaffenen Verbande mit den übrigen Wirbellosen, um jedoch schließlich wieder ganze große Stämme in sich aufzunehmen (Bryozoa, Brachiopoda). Mit Rudolphi, der ihre Artenzahl auf das Dreifache steigerte, beginnt die Einsicht in die medizinische Bedeutung der Schmarotzer und ihrer Entwicklungsstadien, die denn in der Folgezeit die schönsten Entdeckungen zur Reife brachte. Die Helminthologie wurde dadurch zur Basis einer umfassenderen Parasitenkunde, die heute die Bakterien und Protozoen einschließt.
Das Studium der Insekten löste sich mit vermehrter Kenntnis der Arten allmählich mehr aus dem Verbande der übrigen Zoologie, als je zuvor; doch werden sie stets wieder von hoher theoretischer Bedeutung, sowie allgemeinere Fragen in der Zoologie auftreten, so für die vergleichende Anatomie am Anfang, für die Geographie und Ökologie mehr am Ende des Jahrhunderts.
Die vereinzelten Formen, wie Peripatus, Zephalodiskus, Myzostoma usw., ja auch die Chordaten werden in ihrer hohen Bedeutung als Bindeglieder sehr entfernter Stämme erst von der zweiten Hälfte des Jahrhunderts ab gewürdigt (A. Kowalewski, Entwicklungsgeschichte der Aszidien 1866, von Amphioxus 1867, der Salpen 1868). Die Mollusken waren durch Cuvier zu klassischen Objekten der Invertebratenanatomie geworden. Immer mehr trat daher an Stelle der Konchyliologie, die nur die Schalen berücksichtigte, das Studium des gesamten Molluskenorganismus und seiner Entwicklung.
Die Klassifikation der Fische nahm durch Valenciennes einen glänzenden Anfang. Immer mehr gewannen die Fische an Wichtigkeit für die Beurteilung des gesamten Vertebratentypus, wogegen die weitere Klassifikation wenig Befriedigung brachte.
Die Reptilien und Amphibien der Gegenwart erhielten, nächst den Säugetieren, am meisten ihre Beleuchtung von der Überfülle der fossilen Formen, die zum Vorschein kamen. Dadurch fiel die auf Grund der lebenden allein aufgestellte von Brogniart 1799 vorgenommene Trennung in Reptilien und Amphibien dahin.
Die Vögel boten realen Zuwachs an geographisch interessanten Formen, namentlich an fossilen und subfossilen. Zu einer befriedigenden Klassifikation derselben kam es nicht, trotz anerkennenswerter Versuche, die Anatomie in den Dienst der Systematik zu stellen.
Wohl die größte Veränderung ist in der Kenntnis der Säugetiere im Laufe des Jahrhunderts und namentlich gegen Ende desselben eingetreten. Die Monotremen, die um die Wende des 18. Jahrhunderts entdeckt wurden, erwiesen sich als Bindeglieder nach den Reptilien; mit Cuvier begann die Beschreibung der fossilen Formen, deren Zahl sich am Ende des Jahrhunderts auf ca. 4000 beläuft. Nimmt zunächst die Zahl der Säugetierordnungen, namentlich auf Grund der Weichteilanatomie zu, so reduziert sie sich wieder, je mehr fossile Bindeglieder bekannt werden, deren Reichtum die heutige Säugetierwelt, mit Ausnahme weniger Gruppen (Nager, Raubtiere, Paarhufer), als eine reduzierte erscheinen läßt. In der Säugetierklasse bildet sich unsere Systematik am meisten zu einer genealogischen um durch Kombination der Verbreitungsgeschichte mit der Stammesgeschichte. Die Stellung des Menschen schwankt, bis sie durch Haeckel endgültig fixiert wird.