Dann ging die Flotte im befreundeten Hafen Kananor vor Anker. Gama hatte bei dem Fürsten mit großem Gefolge eine feierliche Audienz und erklärte ihm, er werde in Zukunft keinen Handelsverkehr nach dem rothen Meere dulden. Auch verlangte er, die Stadt solle ihre Handelsbeziehungen mit Kalikut abbrechen. Nur die Schiffe von Kananor, Kotschin und Kollam wollte er schonen und durchlassen. Auch der Preis der Waaren wurde festgestellt, desgleichen, wie hoch die mitgebrachten portugiesischen Artikel berechnet werden sollten. Auch dies setzte der Admiral durch, obwohl man die fremden abendländischen Erzeugnisse in Kananor eigentlich nicht verwerthen konnte.
Als sich darauf Gama gegen Kalikut bewegte, schickte ihm der Samudrin zu wiederholten Malen Botschafter entgegen, um ihm einen friedlichen Ausgleich anzutragen. Aber der portugiesische Befehlshaber stellte seine Forderungen derart, daß der indische Fürst nicht darauf eingehen konnte. Gama forderte nämlich erstens das Eigenthum zurück, das vom Stadtvolk bei dem Morde des portugiesischen Handelsfactoren geraubt worden war, und zweitens, daß allen Mauren, die vom rothen Meere kämen, der Hafen verboten würde. Gegen die erste Forderung bemerkt der Samudrin, daß durch die Plünderung des Mekkaschiffes der Schaden in der Factorei mehr als gedeckt sei. Zum andern aber könne er unmöglich mehr als viertausend Familien von Arabern aus Kairo und Mekka (man ersieht daraus, wie stark die arabische Colonie und wie groß ihr Einfluß in Kalikut war), die in der Stadt ansässig seien, vertreiben, zumal da Stadt und Land aus diesem Handel bedeutenden Vortheil zögen.
Gama hielt diese Gründe keiner Widerlegung werth. Er wollte die Antwort persönlich überbringen und rückte vor die Stadt. Den Versuch des Samudrin, sich wegen der Plünderung der Factorei durch eine bedeutende Geldsumme abzufinden, lehnte der Portugiese mit dem Bemerken ab: angethane Schmach lasse sich nicht mit Gold decken. In seiner Erbitterung scheute Gama keine Mittel, um seine Feinde einzuschüchtern. Wenn auch die Berichte über die einzelnen Acte einer barbarischen Kriegsführung von einander abweichen, so kehren doch die Angaben über die raffinirtesten Schlächtereien aufgegriffener malabarischer Schiffer, oder über scheußliche Verstümmlungen, die an den armen Opfern verübt wurden, immer wieder und müssen historisch begründet sein. Einen eigenthümlich sagenhaften Zug erwähnt Correa, und man erkennt daraus mit Befriedigung, daß diese ausgesuchten Grausamkeiten selbst unter den Portugiesen Bedenken erregten. Unter den unglücklichen Seeleuten, welche der Rache des Admirals zum Opfer fielen, befand sich eine Anzahl von der Coromandelküste, welche baten, man möge sie zu Thomaschristen machen, wie es solche in ihrem Lande gäbe. Gama erwiderte hart, taufen könnten sie sich lassen, aber gehängt würden sie doch. Sie fanden nur in sofern Gnade, als sie — es waren ihrer drei — nicht an den Beinen aufgehängt wurden, um dann den Bogenschützen zur Zielscheibe zu dienen, sondern am Halse gehängt wurden, so daß sie also die auf sie gerichteten Pfeilschüsse nicht mehr fühlten. Aber dabei geschah ein Wunder. Kein Schuß verletzte auch nur die Haut dieser Martyrer, welche durch die Taufe gefeiet waren. Gama ließ ihnen dann wenigstens noch ein christliches Begräbniß zu Theil werden und die eingesargten Leichen unter christlichen Gebeten ins Meer senken.
Zweimal ließ der Admiral die Stadt Kalikut beschießen und einen Theil der Häuser vernichten. Er wollte keinen Frieden, sondern verlangte Unterwerfung. Nun aber rüstete man sich auch im ganzen Reiche Kalikut zu einem allgemeinen Rachekriege; an allen Flüssen wurden große und kleine Kriegsschiffe gebaut, um dem grausamen Feinde die Stirne zu bieten. Während Vicente Sodre an der Küste kreuzte, um alle indischen Fahrzeuge abzufangen, wandte sich Gama selbst mit einer Flotte von fünf großen und sechs kleinen Schiffen nach Kotschin, um mit dem Fürsten dieser wichtigen Handelsstadt einen Vertrag zu schließen. Man kam dahin überein, daß die Portugiesen Pfeffer, Gewürznelken und Benzoin mit Geld bezahlen sollten, während sie andere Artikel wie Zimmt, Weihrauch und dergl. gegen ihre europäischen Waaren eintauschen konnten.
Kaum war dieses friedliche Abkommen getroffen, so erschien eine Gesandtschaft vor der Mutter des Radscha von Kollam, dessen Gebiet die Südspitze der indischen Halbinsel umfaßte und zu dessen Einkünften der reiche Pacht von den Perlenfischereien gehörte. Die Verhandlungen hier boten um deswillen Schwierigkeiten, weil Gama nur im Einverständnisse mit seinem ersten Bundesgenossen in Kotschin handeln wollte und diesem natürlich wenig daran liegen konnte, in Kollam einen neuen Concurrenten zu erhalten. Aber Gama löste diese Differenz mit großem Geschick und gutem Erfolge. Zwei seiner Schiffe nahmen in Kollam eine Fracht von Pfeffer ein und stellten dann den dortigen Handelsfahrzeugen Geleitsbriefe aus, wie denen von Kotschin und Kananor.
Unterdessen waren die Rüstungen des Samudrin soweit gediehen, daß er unter Anwendung indischer List sich seines wüthenden Gegners mit einem Schlage zu entledigen hoffte. Ein Brahmine erschien als Abgesandter auf der Flotte und gab vor, er wolle nach Europa gehen, um das Christenthum kennen zu lernen und mit dem portugiesischen Könige selbst zu verhandeln, da man den jährlich wechselnden Schiffscapitänen nicht traue. Als nun Gama erwiderte, er habe Vollmacht, erklärte ihm der Brahmine, sein Fürst wünsche Frieden, und überredete nun den Admiral, mit ihm nach Kalikut zu gehen. Er segelte mit seinem Schiffe allein ab in der Erwartung, das Geschwader Sodre’s vor der Stadt zu finden. Aber dieser war durch Ausstreuung von allerlei Gerüchten nach Norden gelockt, sodaß Gama sich isolirt sah. In der Nacht wurde sein Schiff umzingelt und von allen Seiten angegriffen; aber die überlegene Seetüchtigkeit rettete ihn aus dieser drohenden Gefahr. Der Brahmine wurde zur Strafe für seinen Verrath mit dem Tode bestraft und an der Raae aufgeknüpft, oder es wurden ihm, wie Correa berichtet, die Lügenlippen abgeschnitten und statt der abgehaunen Ohren Hundsohren angenäht und er so verstümmelt ans Land geschickt.
Nachdem dann ein großer Theil der Schiffe ihre Fracht in Kotschin eingenommen, segelte die ganze Flotte im Anfang Februar 1503 nach Kananor. Noch einmal wagten die Schiffe von Kalikut einen Angriff, wurden aber durch Kanonen zurückgetrieben. Doch fiel der Capitän Vasco Tinoco im Kampfe. In Kananor ließ Gama die Factorei mit Kanonen besetzen. Sodre blieb mit fünf größeren Schiffen und zwei Caravelen in den indischen Gewässern zurück, um den Samudrin in Schach zu halten und die Bundesgenossen zu schützen. Dann wandte sich Gama zur Heimkehr und ließ im September 1503 vor Lissabon den Anker fallen.
Vicomte Sodre blieb als erster Capitão do mar in den indischen Gewässern mit einer kleinen Flotte von sieben oder acht Schiffen zurück. Der Samudrin beschloß diese Zeit, während die Hauptmacht der Portugiesen abwesend war, zu einem Kriegszuge gegen den Fürsten von Kotschin zu benutzen. Aber dieser glaubte nicht, daß die Rüstungen, die gegen ihn im Werke waren, in der stillen Zeit des Verkehrs beendigt werden könnten, und hatte dem portugiesischen Capitän, in zu großer Sorglosigkeit, freigestellt, inzwischen noch einen Auftrag auszuführen, welcher ihn an den Eingang des rothen Meeres führte, um den arabischen Handel zu sperren. So sah sich denn der Radscha von Kotschin plötzlich zu Lande von einem überlegenen Feinde angegriffen, dem er sogar seine Hauptstadt überlassen mußte. Er flüchtete sich nach einer kleinen Insel und brachte dort die Wintermonate in hartbedrängter Lage zu.