Selbst von allen Seiten umdrängt, wich Albuquerque langsam zurück. Der Rückzug ging durch einen Hohlweg, von dessen hohen Rändern aus die Indier mit Wurfspießen, Pfeilen und Steinen die Portugiesen überschütteten. Von Coutinho war er vollständig abgeschnitten und konnte nur auf sich selbst Bedacht nehmen, da seine Truppen sich weigerten, noch einmal den Versuch zu wagen, sich bis zu dem Marschall durchzuschlagen. Albuquerque wurde im Gewühl zuerst schwer am linken Arme verwundet, erhielt dann einen Pfeilschuß in den Nacken und mußte endlich, als ihn ein mächtiger Stein vor die Brust traf, besinnungslos fortgetragen werden. Der Marschall aber fiel mit 80 Kampfgefährten. So endigte, durch die Tollkühnheit Coutinho’s herbeiführt, dieser Angriff auf Kalikut als vollständige Niederlage; und hätte nicht Albuquerque am Ufer die Schiffe mit starker Mannschaft bewachen lassen und wäre die See nicht ruhig gewesen, so hätte der Ausgang des Tages für die Portugiesen dermaßen verhängnißvoll werden können, daß ihre ganze Machtstellung in Indien zweifelhaft geworden wäre.
Nach dem Fall Coutinho’s erhielt Albuquerque auch das Commando über dessen Schiffe und begab sich nach Kotschin. Kaum war er von seinen Wunden genesen, so sann er auf neue Kriegspläne. Ende Januar 1510 waren 21 Schiffe ausgerüstet und bemannt. Es schien, als wollte er, dem Befehl seines Königs gemäß, nach dem rothen Meere segeln, um dort einer neuen ägyptischen Flotte entgegenzutreten. Aber der Generalcapitän hatte seine wahren Absichten nur geheim gehalten, um desto erfolgreicher einen unerwarteten Schlag zu thun. Er hatte sein Absehen auf Goa gerichtet, welches so ziemlich auf der Mitte der Westküste Vorder-Indiens und dazu in der Nähe der Andjediven gelegen, wohin die von Afrika herübersteuernden Schiffe meistens ihren Lauf richteten, besonders günstig erschien, um von hier aus das westliche Meer und die Straßen nach Ormuz und Aden zu beherrschen. Goa lag auf einer flachen, aber nicht feuchten Insel, welche durch die gemeinsame Arbeit mehrerer von den Westghats herabkommender Flüsse aus dem continentalen Ufersaume gleichsam herausgeschnitten war. Die Insel ist von Osten nach Westen ungefähr drei Meilen lang und von Norden nach Süden zwei Meilen breit. Das höhere, hügelige Land läuft gegen die See in eine Spitze aus. Die gegen das Meer bedeutend erweiterten Mündungen gestatteten den Zutritt der Flut um die ganze Insel. Die alte Stadt lag auf der Südseite, die neue Stadt war ungefähr vierzig Jahre vor der Ankunft der Portugiesen in Indien von Mohammedanern gegründet, die von der etwa 18 Meilen weiter südlich gelegenen Stadt Onor hieher geflüchtet und sich unter der Führung Melek Husseins hier angesiedelt hatten. Die Canäle, welche die Insel und Stadt umziehen, sind voll von Krokodilen und durften daher, wenn sie zur Ebbezeit durchwatbar werden, nur mit Vorsicht durchschritten werden. Alt-Goa ist jetzt fast ganz verlassen, nur Geistliche und Mönche wohnen noch dort zwischen den großartigen Ruinen zahlreicher Kirchen und Klöster. Der Hafen der neuen Stadt ist wegen seiner wunderbaren landschaftlichen Schönheit hoch gepriesen.
Die Zeit zum Angriffe war von Albuquerque insofern sehr günstig gewählt, als der damalige Beherrscher Adil-Schah, der König von Bidjapur, nur wenig Truppen in der Stadt unterhielt. Die Bevölkerung des Hafenplatzes und die militärische Besatzung standen in ihren Interessen einander gegenüber. Als Albuquerque mit seiner Flotte vor der Einfahrt zum Hafen angelangt war, schickte er seinen Neffen Antonio de Noronha mit bewaffneten Böten voraus, um das Fahrwasser in den Canälen zu untersuchen. Bei einer Biegung des Flusses sahen sich die Portugiesen plötzlich der Citadelle von Pandjin gegenüber, welche nach der Seeseite die Stadt deckte. Unverweilt, ehe die Besatzung sich sammelte und die Kanonen bedienen konnte, gingen die Portugiesen zum Sturm über und drangen durch die Schießscharten und über den Wall in die Citadelle, welche, nachdem ihr Befehlshaber verwundet worden, von der Besatzung aufgegeben wurde. Der Generalcapitän hörte in der Ferne das Kampfgetöse und gab sofort Befehl, mit allen Truppen vorzugehen, fand aber bei seiner Ankunft den befestigten Platz bereits in den Händen der Seinigen. Die Truppen des Adil-Schah zogen sich auch aus der Stadt zurück, und ihr Anführer empfahl den Bürgern, sich ohne Gegenwehr zu ergeben, denn die abendländischen Feinde seien unwiderstehlich. So erschien schon am nächsten Tage eine Gesandtschaft von Bürgern vor Albuquerque und bot gegen Sicherheit des Lebens und Eigenthums die Unterwerfung an. Dieselbe wurde angenommen, doch wurde das vorhandene Kriegsmaterial als Beute erklärt, Albuquerque zog mit seinen Truppen in die Stadt und nahm den Palast des Statthalters in Besitz. Die eroberte Citadelle wurde verstärkt, und die Flotte ging im Hafen vor Anker. Die Schiffe wurden zum Theil sogar abgetakelt, damit während der Regenzeit das Tauwerk nicht zu sehr litte; denn Albuquerque gedachte längere Zeit in Goa zuzubringen.
Inzwischen aber sammelte der Fürst des Landes ein größeres Heer und rückte zum Entsatz heran. Die Portugiesen konnten die unbefestigte Stadt nicht behaupten, und zogen sich auf die Schiffe zurück; aber gedeckt durch die Kanonen der Citadelle blieb die Flotte noch im Hafen liegen.
Gegen Ende Mai trafen die Indier Vorkehrungen, dem Feinde den Rückzug abzuschneiden, sie versenkten Schiffe in dem unteren Theile des Canals, der zur See führte, und ließen brennende Flöße den Fluß hinabtreiben, um die portugiesischen Fahrzeuge in Brand zu setzen. Bei dieser drohender werdenden Gefahr mußte sich Albuquerque entschließen, vorläufig das Errungene wieder aufzugeben. Aber auch der Rückzug war mit bedeutenden Schwierigkeiten verknüpft. Einzeln mußten seine Schiffe zwischen den versenkten Fahrzeugen hindurch geführt werden und waren dabei unausgesetzt dem Feuer der Feinde preisgegeben, welche an beiden Seiten Schanzen aufgeworfen hatten. Diese mußten also erst erstürmt werden, um das Feuer der Gegner zum Schweigen zu bringen. Und selbst als dieses gelungen war, hemmte noch das seichte Wasser über der Barre das Auslaufen der Flotte in die See eine längere Zeit. Von allen Hilfsmitteln des Landes abgeschnitten, trat Mangel an Lebensmitteln und Wasser ein, der Mann bekam täglich nur noch vier Unzen Zwieback, und auf einigen Schiffen sah man sich sogar gezwungen, Jagd auf Ratten zu machen. Jeder Tropfen Wasser mußte mit Blut erkauft werden. Antonio de Noronha wurde durch einen Pfeilschuß verwundet und starb am dritten Tage, ein herber Verlust für Albuquerque, welcher seinen heldenmüthigen Verwandten sehr hoch schätzte. Zwar verrichteten noch manche Wunder der Tapferkeit und gewannen dadurch die Bewunderung ihrer Feinde; aber bei vielen griff Mißmuth und Verzagtheit dergestalt um sich, daß sie in ihrer Verzweiflung und von Durst und Hunger gequält, desertirten. Albuquerque bewies auch in dieser Noth seine Seelenstärke, feuerte seine Schaar durch Trostesworte immer von neuem an und theilte mit ihnen alle Entbehrungen und Gefahren. Erst im August gelang es ihm, über die Barre hinwegzukommen und die See zu gewinnen. Es war die zweite Niederlage, die er erlitten; aber sein Muth war nicht gebrochen und seine Absichten auf Goa behielt er im Auge. Vorläufig allerdings mußte er seinen Truppen Ruhe gönnen und wandte sich daher mit seiner Flotte südwärts zu dem befreundeten Hafen nach Kananor. Auf dem Wege dahin stießen vier Schiffe des Diogo Mendes de Vascogoncellos zu ihm, die von Portugal aus den Auftrag erhalten hatten, einen Streifzug nach dem berühmten Markte von Malaka zu unternehmen, weil man damals im Mutterlande noch nicht erfahren hatte, daß, wie wir später sehen werden, Lopez de Sequeira bereits jener Handelsstadt einen Besuch abgestattet hatte. In Kananor stieß dann noch ein zweites Geschwader zu ihm, welches unter der Führung des Capitän Gonçalo de Sequeira mit sieben Handelsschiffen und frischen Truppen im März von Lissabon ausgelaufen, aber ein Schiff an der afrikanischen Küste verloren hatte.
Dieser Zuwachs an Macht bestärkte den Generalcapitän, einen neuen Angriff auf Goa zu machen. Vascogoncellos erklärte sich bereit, an diesem Zuge theilzunehmen, da der ihm gewordene Auftrag bereits erledigt sei. Gonçalo de Sequeira dagegen glaubte die Theilnahme ablehnen zu müssen, weil einerseits die meisten Schiffe Privatrhedern gehörten, welche nur, um Handel zu treiben, gekommen wären, und anderseits ihre nächste Hilfe dem Fürsten von Kotschin gehöre, welcher von einem Nebenbuhler, den der Samudrin mit Truppen unterstützte, hart bedrängt werde. Um diesen zweiten Grund sofort zu erledigen, ging Albuquerque mit einigen Schiffen und Mannschaften nach Kotschin und stellte die Ruhe und gesetzmäßige Regierung in kurzer Frist wieder her. Dann berief er in dieselbe Stadt einen Kriegsrath sämmtlicher Hauptleute, um sie für seinen Plan zu gewinnen.
Dieser Rath trat am 12. October 1510 zusammen. Der Generalcapitän legte der Versammlung die Frage vor, ob sie nicht seinem Plane zustimmen wolle, während die Handelsschiffe in Kotschin ihre Gewürzfrucht einnähmen, alle verfügbare Mannschaft mit seinen Truppen zu vereinigen, um Goa von neuem zu erobern.
Diese Berathung ist in der späteren Zeit von außerordentlichen Folgen gewesen. Hier war es, wo Fernão de Magalhães sich entschieden für die Ansicht Sequeira’s aussprach und Albuquerque dadurch auf das empfindlichste verletzte: Vor dem 8. November werde man bei den augenblicklich herrschenden Gegenwinden schwerlich mit der Flotte vor Goa erscheinen können (— Albuquerque kam in der That erst am 24. November dahin —); dann werde aber die Rückfahrt der Handelsschiffe dermaßen verzögert, daß man entweder der am Kriegszuge betheiligten Mannschaft später keine Zeit lassen könne, ihre eigenen Angelegenheiten zu betreiben, um sich zur beschleunigten Abreise einzurichten, oder es werde der günstige Monsun verpaßt.
Albuquerque erklärte dagegen aufs bestimmteste, er werde den nächsten Tag aufbrechen, er werde auch niemanden gegen seinen Wunsch zwingen mitzugehen, aber er wünsche deshalb diesen Zug so bald als möglich zu unternehmen, um mit der demnächst abzufertigenden Handelsflotte seinem Könige eine erfreuliche Botschaft aus Indien übersenden zu können.
So blieben die Ansichten getheilt und der Generalcapitän gewann nur einen Theil der Stimmen für sich. Der Widerspruch Magalhães legte den Grund zu dem ungünstigen Urtheile, welches Albuquerque in einem Berichte an den König über jenen fällte, und welches wohl die Ursache war — denn wir kennen keine andere — daß Manuel späterhin, als Magalhães um eine bescheidene Erhöhung seiner wohlverdienten Pension nachsuchte, die Gewährung dieser Bitte verweigerte, wodurch der Bittsteller sich so sehr verletzt und zurückgesetzt fühlte, daß er seinem Vaterlande den Rücken kehrte und auf spanischen Schiffen seine berühmte, ja die berühmteste aller Weltreisen unternahm. Magalhães scheint bald nach dem Conflicte mit Albuquerque Indien verlassen zu haben, denn hier sah er von da an sich aller Gelegenheit beraubt, Aufzeichnung und Ruhm zu gewinnen.