Dann folgte im nächsten Jahre da Cunha selbst von Bombay aus mit einem so gewaltigen Geschwader, wie es vorher von den Portugiesen noch nicht aufgebracht war. Es sollen gegen 400 große und kleine Schiffe gewesen sein mit 3600 Portugiesen und dazu eine bedeutende Schaar indischer Hilfstruppen. Statt aber geradenwegs auf Diu zu steuern, wandte sich der portugiesische Befehlshaber weiter ostwärts, wo in einer Entfernung von 8 Meilen nordöstlich von Diu eine kleine felsenumsäumte Insel, jetzt Searbett, damals Bete genannt, liegt. Dieselbe war in letzter Zeit mit Festungswerken versehen und hatte eine Besatzung von 800 Mann. Nuno da Cunha glaubte diese feste Position, welche den genannten großen Handelsemporien näher lag, nicht im Rücken lassen zu dürfen und hoffte sie ohne großen Verlust wegnehmen zu können. Allein die mohammedanische Besatzung wehrte sich mit dem Muthe der Verzweiflung, bis sie vernichtet war. Dadurch büßte da Cunha nicht blos viele Leute und darunter hervorragende Führer ein, sondern er verlor auch viel Zeit, welche von seinen Gegnern in Diu trefflich benutzt wurde, um den ohnehin festen Platz noch mehr mit Vertheidigungswerken zu versehen. Diu liegt vor dem Südende der Halbinsel Gudjerat auf einer Insel hart an der Küste. Dieses Eiland erstreckt sich 1½ Meilen von Osten nach Westen und ist etwa ½ Meile breit. Am schmäleren Ostende liegt die Stadt, zwischen der Insel und dem nördlichen Festlande der gegen Osten geöffnete Hafen. Klippenreihen umsäumen die Insel gegen Süden und decken die Stadt. Auf und zwischen den Felsen waren Batterien errichtet, um einen Angriff von der Seeseite abzuwehren. Weiter ostwärts erstrecken sich Sandbänke vor der Einfahrt in die Bucht, und der Hafen selbst war mit eisernen Ketten versperrt.
Hätten die Portugiesen es nur mit den einheimischen Truppen zu thun gehabt, so wäre der Angriff auf diese starke Position vielleicht von Erfolg gekrönt gewesen; allein der Sultan Bahadur hatte kurz vorher einen unschätzbaren Bundesgenossen bekommen in der Person des türkischen Generals Mustafa, der auf die Kunde von den drohenden Ereignissen vom rothen Meere her mit zwei Schiffen und 800 tüchtigen türkischen Soldaten der Stadt zu Hilfe geeilt war. Mustafa verstand die europäische Kriegführung und war namentlich als Artillerieoffizier berühmt. Er wurde der Leiter der ganzen Vertheidigung und die gutgezielten Schüsse seiner Batterien richteten unter den Portugiesen unerwartet großen Schaden an. Nuno da Cunha übersah bald die veränderte Lage und das Bedenkliche eines Sturmes auf die Festung; da aber sein König den Angriff befohlen, so wagte er ihn, um nicht als zaghaft gescholten zu werden. Sein Hauptsturm, am 16. August, wurde indeß durch die Vertheidiger der Stadt abgeschlagen, und die Portugiesen mußten sich zurückziehen. Mustafa erhielt in Anerkennung seiner rühmlichen Leistung den Titel eines Chan und wurde mit der Verwaltung des Districts von Barotsch belohnt. Nuno beschränkte sich auf eine Blokade und ging dann nach Tschaul, südlich von Bombay, zurück. Der kleine Krieg zur See, die Wegnahme von Handelsschiffen, die Verwüstung von Küstenhäfen wurde auch im folgenden Jahre noch fortgesetzt.
Bahadur, welcher bald darauf mit dem Sultan Humajun von Dehli in einen Krieg verwickelt wurde und daher in den Küstenstädten nur wenige Truppen zurücklassen konnte, wünschte indeß mit den Portugiesen Frieden zu schließen und bot ihnen statt Diu die Stadt Bassein sammt der Insel Salsette und Bombay (Mombain) an; der portugiesische Gouverneur ging darauf bereitwillig ein und ließ schon im Januar 1535 ein Fort in Bassein anlegen. Im Verlauf desselben Jahres lief aber Bahadurs Feldzug gegen Dehli unglücklich ab, er wurde geschlagen und flüchtete, verfolgt von dem Sieger Humajun, welcher Kambaya besetzte, nach Diu. Dem Sultan war darum zu thun, in seiner Noth die Portugiesen als Freunde zu gewinnen. Er erbot sich daher noch im Herbst 1535, ihnen einen Platz bei Diu einzuräumen, um eine Festung anzulegen, die den Hafen beherrschen könne. Dagegen sicherte Nuno da Cunha freien Handel der Städte in der Richtung nach dem rothen Meere zu; alle Schiffe konnten frei passiren, nur die türkischen nicht. Auf diesen Grundlagen wurde ein Schutz- und Trutzbündniß geschlossen. Der Bau einer starken Burg wurde alsbald begonnen.
Als aber Humajun nach anderen Theilen seines Reiches abgerufen wurde und Bahadur sich von diesem gefährlichen Feinde erlöst sah, wurde ihm die Burg der Portugiesen lästig. Er knüpfte daher mit anderen Fürsten in Dekhan Verbindungen an, bewahrte aber äußerlich noch ein gutes Einvernehmen. Nuno da Cunha erfuhr von dieser Sinnesänderung und ging im Januar 1537 nach Diu. Als der Sultan den Gouverneur auf seinem Schiffe besucht hatte und nach der Stadt zurückfuhr, kam es in Folge eines unglücklichen Mißverständnisses zu einem feindseligen Zusammenstoß mit einigen nachfolgenden portugiesischen Fahrzeugen. Daraus entwickelte sich ein blutiges Gefecht, in welchem Bahadur selbst getödtet wurde. Bei der allgemeinen Bestürzung, die darüber entstand, ward es den Portugiesen leicht, die Stadt zu besetzen. Als die Gudjeraten aber mit einem größeren Heere heranrückten, mußten die Portugiesen sich wieder in die Festung zurückziehen. Hier hatten sie bald eine sehr ernste Belagerung zu bestehen, denn im Jahre 1538 rückte eine gewaltige türkische Flotte mit 7000 Soldaten vor Diu. Fünfundzwanzig Tage lang wurde die Festung aus schwerem Geschütz beschossen, aber der tapfere Commandant Antonio da Silveira hielt Stand, und das Beispiel edler Frauen, welche nach dem Bericht Barros’ mit Hand anlegten, um die durch die türkischen Geschosse zertrümmerten Mauern wieder herzustellen, feuerte den Muth der kleinen Besatzung an. Ein Hauptangriff gegen die geschossene Bresche wurde glücklich abgeschlagen, die Türken mußten sich zurückziehen und die Belagerung aufheben, weil Nuno da Cunha einige Schiffe zum Entsatz gesandt hatte, welche von den Belagerern für einen Theil der großen erwarteten Flotten gehalten wurden.[124] Es war für die hartbedrängte Schaar auch die höchste Zeit für eine Erlösung, denn aller Kriegsvorrath war verbraucht, und nur noch 40 Mann waren gefechtstüchtig geblieben. Alle übrigen waren gefallen oder verwundet, oder lagen am Scorbut krank, welcher in Folge des schlechten Trinkwassers in der Festung ausgebrochen war.
So war Diu gerettet, und die türkische Macht kehrte am 5. November nach dem rothen Meere zurück.
Es war dies das letzte bedeutende Ereigniß unter der Regierungszeit Nunos. Sein Nachfolger war bereits angekommen. Garcia de Noronha, ein Neffe Albuquerque’s, kam am 11. September 1538 mit einer Flotte nach Goa und übernahm als Vicekönig die Leitung. Nuno da Cunha’s Stellung war in Portugal erschüttert, das konnte er aus dieser Ernennung zu deutlich erkennen. Statt einen kräftigen, energischen Mann, wie er gewünscht hatte, und wie er es selbst gewesen war, ehe das indische Klima seine Gesundheit untergraben hatte, schickte man einen Greis von 70 Jahren, der auch dann als Diu in höchster Gefahr schwebte, mit äußerster Bedächtigkeit seine Rüstungen vornahm. Statt geschulter Soldaten brachte er entlassene Sträflinge mit, die erst eingeübt werden mußten und so wenig Vertrauen erweckten, daß die portugiesischen Hauptleute in Indien lieber eingeborene Truppen nahmen.[125] In Portugal machte sich der Mangel an junger Mannschaft bereits so fühlbar, daß man zu einem so bedenklichen Ersatz gegriffen hatte. Aus Mißmuth darüber nahmen mehrere Hauptleute den Abschied und kehrten mit da Cunha nach Portugal zurück.
Die letzten Tage seines Aufenthalts in Indien wurden dem bisherigen Gouverneur noch dadurch verbittert, daß der Vicekönig ihm ein Schiff zur Heimreise verweigerte, unter dem Vorwande, er könne keins entbehren. Dadurch wurde da Cunha noch bis zum Januar 1539 in Kananor zurückgehalten und mußte sich, nachdem er zehn Jahre die portugiesische Macht in rühmlicher Weise erweitert und seinem Könige die Festungen in Diu, Bassein und Chali gegründet hatte, welche, wie Barros meint, nicht weniger wichtig waren als Ormuz, Malaka und Goa, die Eroberungen Albuquerque’s, auf eigene Kosten ein Schiff miethen, um in die Heimat zurückkehren zu können. Den Keim einer tödtlichen Krankheit in sich tragend und niedergebeugt durch den Undank des Herrschers, dem er ebenso uneigennützig als erfolgreich sein Leben lang gedient, denn er war schon sehr früh nach Indien gekommen, stieg da Cunha zu Schiff. Als er den Tod nahen sah, erklärte er in seinem Testamente an Eides statt, daß er niemals königliches Eigenthum sich angeeignet habe, außer fünf goldenen Münzen aus dem Schatze des Sultans Bahadur, die er dem König habe zeigen wollen. Als man ihn fragte, ob er wünsche, daß, falls er sterbe, seine Leiche mit nach Portugal genommen würde, antwortete er: „Soll ich nach Gottes Rathschluß auf der See sterben, so mag auch die See mein Grab sein. Das Vaterland, das mich voll Undank von sich gestoßen, soll auch mein Gebein nicht decken.“
Sieben Wochen nach der Abfahrt von Kananor starb er und wurde, nach seinem Willen mit dem Gewande des Christusordens bekleidet und mit dem Schwert umgürtet, ins Meer gesenkt. So ward er wenigstens vor noch tieferer Kränkung bewahrt; denn allzu leicht geneigt, den geheimen Anklagen und Verleumdungen ein williges Ohr zu leihen, hatte die portugiesische Regierung ihm bereits ein Schiff entgegengesandt mit dem ausdrücklichen Befehl, den heimkehrenden Generalgouverneur in Ketten zu legen.
Vielleicht war Johann III. dem Nuno deshalb nicht wohl gesinnt, weil dieser sich zu wenig die Ausbreitung des Christenthums hatte angelegen sein lassen und aus politischem Interesse dem Sultan Bahadur zu große Zugeständnisse gemacht hatte. Denn gerade zu jener Zeit war die Geistlichkeit von maßgebendem Einfluß im Rathe Johanns III., welcher die Inquisition in Portugal eingeführt hatte.