Si la medida tomada por la audiencia de Charcas ha contribuido por una parte á la conservacion de las misiones de Moxos, por otra, la rivalidad entre los poderes religioso y secular, así como la ninguna instruccion de los mandatarios, han sido un manantial de funestos desórdenes. Casi todos los empleados, dejándose dominar por la avaricia, sobrecargaban, en beneficio de sus particulares intereses, las penosas tareas de los indígenas, en tanto que el Estado veia disminuir poco á poco sus rentas, sin poder proveer de lo necesario á las misiones para que llevasen adelante su ya decaida industria; por manera que desde entónces la provincia no hizo mas sino vegetar.
Los primeros gobernadores, elegidos entre los capitanes de la real armada, ensayaron todavía algunas mejoras. En 1792, bajo el gobierno de Zamora se dividió la poblacion de Magdalena para formar San-Ramon; en 1794 se fundó la mision del Cármen con los indios Chapacuras; y en 1796 se transfirió San-Joaquin; pero poco despues ya se contentaron con enviar habitantes de Santa-Cruz para gobernar á Moxos.
Miéntras duró la guerra de la independencia, la provincia de Moxos se vió del todo abandonada, y permaneció fuera de las contiendas políticas que desde 1810 hasta 1824 sacudieron el resto del continente. Acordáronse de ella sin embargo para hacerla contribuir con los tesoros de sus iglesias. Las alhajas de las vírgenes y de los santos habian sido arrancadas anteriormente, y solo quedaban los enchapados de plata de los altares, que acaso no pudieron sustraer por haberse entregado al peso en los inventarios; mas en 1814 el general Aguilera, falto de recursos para sostener las tropas españolas, envió de Santa Cruz á su hermano para que despojase á cada iglesia de una parte de sus ornamentos: la de San-Pedro solamente dió setecientas cuatro libras de plata maciza.
La rigidez del gobernador Velasco suscitó en 1820 la primera pendencia entre los indígenas y la autoridad. Injustamente quejoso este gobernador, del cacique de San-Pedro, llamado Marasa, lo hizo venir á su presencia y le mandó deponer el baston, distintivo del poder. Négose á ello el cacique, alegando que Dios le habia conferido aquel privilegio. Ciego de cólera al verse desobedecido por un indio, mató Velasco al infeliz Marasa de un pistoletazo en el pecho. El hijo de la víctima, atraído por los gritos de los jueces, vino á recoger el cuerpo de su padre, y sublevó inmediatamente á los Canichanas contra el gobernador, que se encerró con sus soldados en el antiguo colegio de los Jesuitas, haciendo de vez en cuando algunas descargas sobre los indígenas, cuya irritacion subiendo de grado, les arrancaba gritos de desesperacion y de venganza. Finalmente, no pudiendo penetrar en el colegio, amontonaron al rededor de él, á pesar del fuego activo de los sitiados, cuanto sebo encontraron en los almacenes, y las llamas no tardaron en apoderarse del edificio. Forzado á salir el gobernador murió á manos de los indios junto con la mayor parte de sus soldados. Los preciosos archivos de la provincia, que contenian todos los trabajos manuscritos de los Jesuitas, fueron enteramente consumidos en este incendio.
Mas tarde se mandaron tropas de Santa-Cruz para sugetar á los Canichanas de San-Pedro, y esta mision, que habia sido hasta entónces capital de la provincia, cedió su rango á Trinidad y fué transferida á otro punto. Moxos ha decaido constantemente, y en 1829 sus rentas no alcanzaban á veinte mil pesos, miéntras que en tiempo de los Jesuitas habian llegado hasta sesenta mil.
En 1830 se hallaba gobernada esta provincia por don Matias Carrasco, hombre instruido y benévolo, que cuidó mucho de reformar los abusos; pero descontento de la comportacion de los empleados subalternos, abandonó su puesto, y de regreso á Cochabamba, su patria, publicó bajo el título de Descripcion sinóptica de Moxos un interesante opúsculo[1] en el que señala infinidad de abusos, y aboga enardecidamente por la libertad en favor de los habitantes de Moxos.
[Nota 1: Este escrito consta de veintiuna páginas impresas.]
En 1831, durante mi permanencia en Chiquitos, propusé al gobierno el entablar entre esta provincia y la de Moxos una permuta de sal por caballos; lo que tuvo á bien acordar desde luego.
Al siguiente año, despues de haber recorrido todo el territorio de Moxos con el objeto de examinarlo circunstanciadamente, volvi á encaminarme por sus llanuras hácia la cordillera, llevado del intento de buscar una via de comunicacion ménos peligrosa que la de Palta-Cueva, y deseoso, al mismo tiempo, de dar alcance en Cochabamba al Presidente de la república, á fin de someter á su exámen mis proyectos de mejora y reformas, aplicables á la administracion general de la provincia de Moxos en beneficio particular de sus moradores. Habiéndome visto en el caso de poder apreciar el excelente carácter y la buena índole de los Cayuvavas, pedí al gobernador que se me diesen algunos remeros de Exaltacion para conducir mis canoas, y preparado para este largo viage de trecientas á cuatro cientas leguas á lo ménos, empecé por subir hasta el pais de los Yuracarees, de donde me encaminé por paises salvages, los mas accidentados del mundo, hasta llegar á Cochabamba en 10 de junio de 1832. Pasé á ver sin pérdida de tiempo al Presidente y le hablé de la provincia de Moxos, dándole parte de los numerosos abusos que allí se cometian, y esponiendo los medios de reforma que me parecian convenientes. Despues de haberme escuchado atentamente me encomendó la redaccion de una memoria detallada, de acuerdo con el señor Carrasco, para que sirviese de guia al nuevo gobernador que iba á mandar, y al obispo de Santa-Cruz, á quien se imponia el deber de visitar la provincia cuidando de reformar los abusos religiosos. Presentéle igualmente mi proyecto de abrir una nueva senda de comunicacion con Moxos, plan que aprobó, manifestando algun recelo por los riesgos á que iba yo á esponerme. Tuve por último la satisfaccion de ver que todo salia al tenor de mis deseos, y que no habia yo interpuesto en vano mis buenos oficios por el bien de los pobres indígenas de estas misiones.
Salí de Cochabamba el 2 de julio para llevar á cabo mi empresa. Trepé primeramente la montaña de Tiquipaya, y hasta Tutulima no encontré obstáculos en mi marcha. Dejando este lugar, el último habitado, traspusé el vertiente del rio de Tutulima y la cerranía del Paracti, encontrando de la otra parte la nacion de los Yuracarees, con quienes hice construir una canoa; continuando en seguida por el rio Securi, llegué, á los cuarenta dias de un viage penosísimo, á la provincia de Moxos, completamente satisfecho del feliz éxito de mi aventurada resolucion.