Muchas veces iban los grandes á hacerla saber la alteracion en que se hallaba España, y contestaba que si su hijo estaba en disposicion, viniese á gobernarla, y que si no, su padre; que ella tenia otros deberes mas sagrados que cumplir como viuda.
Varios de los personajes creian, al oirla hablar con cordura algunas veces, si la querida de su esposo habria usado de algunos maleficios para hacerla padecer tan terriblemente. ¡Qué credulidad la de aquella época! No trascurrió mucho tiempo sin que á la misma reina Doña Juana le pareciera insoportable aquella existencia; y poco despues llamó al cardenal Cisneros, haciéndole saber que no podia vivir por mas tiempo en la capital donde habia muerto su marido; pero el cardenal queria suspender por entonces su determinacion, á causa de hallarse en un estado avanzado de preñez; mas como la voluntad de Doña Juana fue siempre decidida, no se atrevio á oponerse á su mandato. Se trasladó la córte á Valladolid, por órden espresa de la reina.
Haciendo jornadas muy cortas salió de Burgos el 20 de diciembre de 1506, acompañada de un crecido número de vasallos con hachas encendidas, muchos frailes franciscanos tambien con luces, el prior de la cartuja y algunos monges que decian misas diarias por el alma del soberano, cuya caja iba en medio de esta fúnebre comitiva, seguida del coche de la desdichada Doña Juana y de las damas y caballeros de su palacio. De esta manera marcharon hasta llegar á Torquemada, donde la reina no quiso pasar adelante, alojándose en casa de un clérigo, y esponiendo que el estado de su salud no la permitia seguir. El 14 de enero de 1507 parió en este pueblo á la infanta Doña Catalina.
Triste y desconsolador fue este año para España. A consecuencia de una miseria y escasez grandes, se desarrolló una peste que causó innumerables estragos. ¿Y se creerá que á pesar de ser el pueblo de Torquemada uno de los mas invadidos por la epidemia, no bastasen los ruegos del cardenal á que continuara la reina su camino? Muchas y muy reiteradas fueron las instancias que á este le costó, hasta lograr que á fines de abril se volviese á emprender la marcha con el mismo aparato que al principio; pero pronto se cansó de viajar. Al llegar á Hornillos distante dos leguas de Torquemada, quiso fijar su residencia en él, esponiendo viviria con mas comodidad que en una grande poblacion. De manera que volvió á encerrarse en este pequeño pueblo con el inanimado cuerpo de su esposo, no cesando de hablarle, ya con cariño, ya con quejas, ya con reconvenciones, que aumentaban mas su incurable locura.
Todo seguia de este modo, hasta que la dieron noticias de la venida de su padre á España. Esta noticia la recibió con gran placer, porque al momento manifestó deseos de salir á encontrarse con D. Fernando, en Castilla, advirtierdo que habia de ser en cortas jornadas y con el mismo cortejo fúnebre. Inútilmente se cansaba el regente del reino, arzobispo de Toledo, para hacerla viajar de dia, sin el cuerpo de su esposo; todo era en vano: de suerte que no habia otro recurso que repetir todas las noches el entierro. Asi caminaron hasta entrar en Tórtoles, poblacion donde tuvo su padre el gusto de abrazarla. Pero cuál fue la sorpresa de D. Fernando al encontrar á su hija mas querida en aquella situacion; aquellos ojos desencajados, aquel rostro cadavérico, y aquella errante mirada! Cuando se le venia á la memoria lo que habia sido causa de que su hija estuviera en aquel estado, la pena lo ahogaba, y gruesas lágrimas surcaban sus mejillas. Doña Juana estaba inmóvil: Llorais, padre de mi corazon? le dijo: vuestra hija no puede ya imitaros. Cuando sorprendí á la querida de mi esposo, se me agotaron las lágrimas. ¡Considerad cuál seria mi tristeza!
Doña Juana habia llegado al último grado de locura, estaba enteramente loca; mas sin embargo era la reina propietaria de España y su nombre y consentimiento eran necesarios para dar algun carácter á los actos del gobierno. Esta consideracion movió al rey Católico á entrar en algunas consultas con su hija para el mejor arreglo de los negocios y volver otra vez á gobernar los dominios de España. Doña Juana, por su parte, admitió sin réplica alguna cuanto le propuso su padre, poniendo solamente una condicion, que la habian de dejar permanecer en la villa de Arcos, «en completa libertad, sin tener que intervenir en otro negocio, que pasar los dias que la restaban de esta vida, al lado del cuerpo de su esposo.» Mucho trabajaron por hacerla variar de este pensamiento, pero siendo todo inútil se le concedió el permiso, mandando prepararle una casa en Arcos, digna de la persona que la iba á habitar.
Mas de año y medio residió Doña Juana en la villa de Arcos sin que se hubiese mejorado en nada su locura. Era de ver, segun afirman algunos, las animadas conversaciones que esta infeliz señora, tenia con el cadáver de su esposo; conversaciones que aumentaban mas su delirio, y que en lugar de aliviarla, la agravaban. «Por qué no me respondeis, Felipe? le decia: callais!... todavia me sereis infiel!...» Estas palabras proferia á su marido, y otras que causaria lástima escucharlas.
Desde Santa María del Campo le escribió D. Fernando á su hija advirtiéndole de la necesidad que tenia de marcharse á Tordesillas y haciéndola saber era poblacion mas salubre que la villa de Arcos, y que por consecuencia habia determinado, se pusiese en camino para este punto. Doña Juana, se encontraba perfectamente, segun la contestaba, en Arcos. De manera que viendo el rey Católico que su hija no accedia á sus súplicas tomó la determinacion, de ir en busca de ella para ver si con su presencia lograba lo acompañase hasta Tordesillas. Asi lo hizo D. Fernando habiendo podido con el influjo que ejercia sobre su hija hacer se marchase á dicho punto, pero viajando con el mismo aparato que en las otras espediciones. Sea el haber mudado de temperamento, sea que el viaje no fue de su agrado, lo cierto es que la reina Doña Juana estaba mas furiosa cada vez, y tomó mas incremento su ya incurable enfermedad.
El anciano Luis Ferrer era el que estaba encargado del cuidado de Doña Juana, y al cual esta no podia ver; por eso encontraba en ella una oposicion enorme á todo lo que la encargaba hiciera, complaciéndose en ejecutarlo al contrario. Si la rogaba, por ejemplo, se acostase en su cama, lo hacia en el suelo; si disponia que se trasladase á otra habitacion mas decente y ventilada, cerraba con mas fuerza los cerrojos de la en que estaba. Cuando hacia frio, desechaba las pieles y objetos de abrigo que le proporcionaban, y cuanto mas la suplicaba Luis Ferrer se vistiese y asease, con mas empeño andaba sucia y mal vestida. Poco tiempo despues se le puso en la cabeza la mania de no comer ni beber; y hubo ocasion de que pasasen tres dias sin tomar nada; hasta que acosada por el hambre, tomaba algo, empeñándose que los platos donde le mandaban las viandas no saliesen de su habitacion; de suerte que estos objetos sucios con otros, daban un olor insoportable á aquella morada, é imposible por tanto de aguantarlo. Momentos habia en que despues de un gran delirio, gozaba de alguna razon, y se lamentaba de que habian arrancado la corona de sus sienes, y no contentos sus enemigos con un rapto de este género, la habian sepultado en un calabozo tan hediondo y custodiada por un carcelero tan despreciable.
Estas palabras llegaron con la velocidad del relámpago á oidos del Católico D. Fernando, asi es que al siguiente año de 1510, cuando pasaba para las Córtes de Monzon, hizo por visitarla, y cerciorado de todo lo que ocurria reunió un consejo de los grandes para deliberar sobre el método que se debia observar en adelante con su hija, porque sabia que la presencia de D. Luis Ferrer la martirizaba; del consejo salió, que despues de haberla provisto de todo lo necesario de aseo, ropas y alimentos, se eligiesen doce señoras para que cuidasen continuamente de ella, y cada una se quedara una noche en vela para obligarla á vestirse, desnudarse y mudarse de camisa, aun en contra de su voluntad. Veinte dias estuvo el rey Católico acompañando á Doña Juana, en los cuales estuvo menos mal; pero despues que se la obligaba á ejecutar lo pactado por su padre, se apoderaba de ella una furia tan grande, que nadie podia permanecer á su lado. Mas previsor el cardenal Cisneros que los grandes de que se habia compuesto el consejo, creyó oportuno jubilar á D. Luis Ferrer, porque opinaba que tal vez nombrando á otro lo pasaria mejor Doña Juana; asi lo hizo sustituyéndolo con Don Fernando Ducos de Estrada. Este caballero fue tal la habilidad que mostró en el desempeño de su encargo, que á poco tiempo logró que comiese y bebiese, que durmiera en su lecho, que se aseara y vistiera, y hasta que mudara de habitacion, porque ya la suya no era mas que un fétido muladar. Se llegó á fortalecer su físico, porque con su habitual finura y modales, logró este caballero el que fuese á misa y que asistiese á varios actos religiosos.