Llegó en esto la armada francesa al mando del duque de Richelieu, compuesta de veintinueve naves gruesas y cinco barcas de fuego con hasta cuatro mil hombres de desembarco. Reunióse diestramente la española diseminada por aquellas costas; reparóse lo mejor que pudo, aprovechando la indecisión de los enemigos, y luego fué con ella D. Juan de Austria á presentarles batalla, la cual duró seis horas con mucha furia, mas sin tener éxito decisivo. Comprendió, sin embargo, el de Richelieu que para desalojar á los españoles de aquellos mares era preciso arriesgar mucho, y no pareciéndole la ganancia en proporción del riesgo, puesto que veía al duque de Guisa apoderado de todo, desabrido también con éste que, lleno de soberbia, y temeroso ya de que Francia quisiese quitarle el fruto de la victoria, no le prestaba atención alguna, sin empeñar de nuevo la batalla, se hizo á la vela, tornándose á las costas de Francia.
No sintió tanto como debía este suceso el duque de Guisa, cada vez más desvanecido con sus grandezas. El barón de Módena, su teniente, después de un largo bloqueo, obligó á salir de Aversa á Tuttavilla con la gente de la nobleza napolitana, refugiándose en Capua, por no ser socorrida aquella plaza, causa de disgustos entre el General y la nobleza, con que algunos caudillos populares lograron ciertas ventajas contra los nuestros. Pero el Virrey, quitando el mando á Tuttavilla para que no se aumentasen los disgustos entre él y los nobles, envió en su lugar al valeroso y experimentado Maestre de campo Luis Poderico, el cual supo resarcirse de tales pérdidas. Ardía la guerra civil en las provincias, por tal manera causando infinitos males; y en la ciudad, notando el desvanecimiento del de Guisa y sus licenciosas costumbres, recordando los más con amor el gobierno de España, comenzó á advertirse favorabilísimo disgusto. Ayudaron también á ello poderosamente las intrigas y manejos del de Arcos, que era en tal género de hostilidades muy diestro; con que en público aparecían ya hartas señales de decaimiento en la rebelión. Fué á tiempo que por nuestra parte se tomó una medida, de mucho antes solicitada, sin la cual no podía haber concierto alguno, y era la destitución del duque de Arcos.
Tomó el gobierno D. Juan de Austria, apoyándose en los poderes que le envió su padre para componer aquellos desdichados disturbios, y con parecer y opinión de un consejo de capitanes, entró él mismo á ejercer el mando. Portóse en él con prudencia superior á sus años, que no pasaban entonces de diez y ocho, dejando entrever de sí mayores esperanzas que frutos dió en adelante. Mas no quiso la Corte dar entera aprobación á un hecho, ilegal al cabo, y sin reprender á D. Juan de Austria, confirió el Virreinato al conde de Oñate, D. Iñigo Vélez de Guevara, hombre de largos servicios y de verdadera severidad y destreza, Embajador á la sazón en Roma y antes en el Imperio por muchos años, donde contribuyó sobremanera á desbaratar los planes de Gustavo Adolfo, y luego la conspiración de Walstein, haciendo representar á nuestra diplomacia importantísimo papel en todos aquellos acontecimientos. Tiempo había que la Corte de España no hacía nombramiento más acertado, puesto que sólo el del buen Almirante pudiera compararse con éste. Desplegó el nuevo Virrey una actividad prodigiosa: empleó de tal manera sus agentes y confidencias, que desacreditó en breves días al de Guisa; puso de su parte á varios caudillos populares, y no menos hábil guerrero que negociador, trajo á perfecta ordenanza las armas. Ya D. Juan de Austria en el corto tiempo que desempeñó el Virreinato había escarmentado al enemigo durísimamente, mediado el mes de Febrero de 1647, donde el ataque fué general á todos los puntos, guarnecidos de los nuestros y por todas las fuerzas de dentro y fuera de la ciudad con que pudiese contar la rebelión. Peleóse desesperadamente, menudeando los asaltos, y asordando el aire por todo un día y parte de la noche el fuego de la artillería; pero los españoles mostraron tan heroico esfuerzo á confesión de sus propios enemigos, que peleando uno contra diez sostuvieron todos sus puestos sin perder uno solo. Ahora, bajo el gobierno del de Oñate, lo que habían dejado por hacer las negociaciones, lo hicieron las armas de un golpe.
Ya el pueblo murmuraba continuamente del duque de Guisa; ya éste había tenido que castigar con la muerte á algunos conspiradores, con que se atrajo mucho odio de la plebe; ya se notaban síntomas evidentes de su perdición, cuando el ligero y vano Príncipe imaginó el mayor de sus desaciertos, que fué salir de la ciudad con hasta cinco mil hombres de sus mejores tropas y muchas barcas armadas con el propósito de embestir la isla de Nisida, á fin de asegurarse en ella un fondeadero. No pudiera desear más el conde de Oñate. Pronto, como el relámpago, se aprestó á aprovecharse de su ausencia, embistiendo las trincheras y los puestos de los amotinados, que aunque abandonados ya de toda la gente que tenía que perder en la ciudad y con el desabrimiento del de Guisa, todavía en mucho número se mantenían en armas, bien hallados con aquel estado de cosas que les proporcionaba vivir holgadamente sin trabajo ni miseria, satisfaciendo todo género de gustos y licencias, sin miedo de represión ó castigo. Mirábase, pues, reducida la rebelión á los díscolos y malvados de condición; pero éstos eran cabalmente los que la habían comenzado y los más temibles. Ordenó Oñate las cosas de esta manera: sus tropas disponibles, guarnecidos los castillos, no pasarían en todo de tres mil españoles, tudescos y napolitanos, y eso porque de la península y de Sicilia habían venido algunas de refuerzo; sin embargo era número pequeñísimo para tan grande empresa, pues todavía era más que sextuplicado el de los contrarios.
Lo que sí sobraban eran capitanes de fama. Además de D. Juan de Austria y el conde de Oñate, hallábanse allí el marqués de Torrecusso, que, como soldado leal, dejó su retiro de nuevo y vino á ponerse á las órdenes del Virrey; D. Dionisio de Guzmán, aquel su teniente que se halló con él en Portugal; el nombrado D. Carlos de La Gatta; el barón de Batteville, noble borgoñón, consejero del Príncipe y militar muy aventajado, que había dirigido la defensa de los puestos españoles desde que llegó á aquellas costas la armada; el general Tuttavilla, vuelto del mando de los Nobles, donde había sido reemplazado por Poderico. Contábanse también muchos Maestres de campo y Capitanes de cuenta: Monroy, Biedma, Vargas, D. Diego de Portugal y el marqués de Peñalba, noble portugués partidario de España; Visconti, el príncipe de Torella, Caraffa y muchos que fuera ocioso enumerar.
Distribuyóse en tales capitanes la escasa gente, y á un tiempo se arrojaron sobre los puestos enemigos. Sorprendidos éstos y confusos, apenas osaron hacer resistencia; y los que la hicieron fueron instantáneamente desordenados. En esto los vecinos pacíficos de la ciudad, cansados de tantos desastres, llenaron los balcones y las calles, aclamando con entusiastas voces al Rey de España, y los rebeldes, perdido del todo el ánimo, depusieron aquí y allá las armas, hasta someterse al vencedor. No abusó Oñate de la victoria, dando en el propio instante un indulto general; y en un momento la ciudad se halló tan tranquila como si nada hubiese acontecido en ella, y dada toda á regocijos y festejos. Así terminó aquella rebelión famosa que no llegó á contar ocho meses de duración, y que en tan breve espacio corrió por tantos y tan diversos trances y sucesos. El duque de Guisa supo lo acontecido por el rumor de las campanas y del regocijo de Nápoles. Sus tropas se dispersaron al punto, y él mismo fué preso por la gente de Luis Poderico y conducido á Capua al intentar la fuga. Quiso el severo conde de Oñate cortarle la cabeza, y sin duda lo hiciera á no mediar benignamente D. Juan de Austria; por lo cual fué enviado á España cautivo. Pocos días después todas las provincias conmovidas é insurrectas se habían sometido al gobierno del Virrey. Quiso Jenaro Annesio, mal contento con la vida particular que traía, con sus miserias y harapos urdir nueva trama; pero fué descubierto y pagó con la vida. Y en seguida el Virrey se dedicó á cicatrizar las llagas de las pasadas revueltas. Viendo que no podía conseguirlo del todo sin echar á los franceses de los lugares que habían ocupado en Toscana para hostilizar á Nápoles, reunió la gente que halló disponible y la puso á las órdenes de D. Juan de Austria, el cual con ella y la armada recobró á Piombino para devolverla á su señor; y luego á Portolongone en la isla de Elba, después de cuarenta y siete días de sitio, restableciendo allí el antiguo presidio de españoles.
No andaban quietas entretanto las demás partes de Italia. En Milán, separado el marqués de Velada, que tan poco hizo, vino el mando de aquellas armas á poder del condestable de Castilla D. Bernardino Fernández de Velasco. Francisco, duque de Módena, aliado hasta entonces de España, no bien miró perdida á Portolongone y á Piombino en manos de los franceses, ó temiendo ver invadidos sus Estados, é importunado por su hermano el cardenal de Este, parcial de Francia, se separó de nuestra alianza y ajustó una solemne defensiva y ofensiva con aquella potencia. Esto dió nuevos cuidados á nuestras armas en el Milanés. Fué el Condestable en busca del Duque, reforzado ya con un cuerpo numeroso de franceses; hallóle no lejos del lugar de Bazzolo, y allí se empeñó una batalla larga y porfiada. Rompieron los nuestros la infantería enemiga, y por tres veces deshicieron su caballería. Lograron ellos rehacerse, principalmente por el esfuerzo de un regimiento de suizos que estaba debajo de sus banderas; mas al fin la victoria quedó por los españoles. Dióse esta batalla al terminarse la campaña de 1647, y en la siguiente rindieron los nuestros á Niza de la Palla, tantas veces tomada y perdida.
En esto se confirmó el cargo de Virrey de Milán al marqués de Caracena, deudo del nuevo favorito Don Luis de Haro, General de caballería en Flandes y antes de la de aquel mismo Estado. Tuvo éste poca fortuna á los principios, aunque era capitán muy reputado. El duque de Módena y el mariscal de Plessis-Plaslin vinieron á atacarle en un campo fortificado, no lejos de Cremona, donde se había apostado para proteger aquella plaza, amenazada de los enemigos, siendo harto inferior en fuerzas para parecer en campo abierto. Trabóse un reñido combate, en el cual fueron forzados los retrincheramientos, por los flancos que defendían soldados italianos y suizos á sueldo de España, con gran pérdida nuestra, aunque no fué mucho menor la de los enemigos. Pusieron éstos en seguida sitio á la plaza; pero Caracena, no desalentado con el anterior descalabro, se mantuvo cerca de la plaza, prestándola continuamente socorros; de modo que después de dos meses de sitio tuvieron que alzar el cerco los franceses y modeneses sin fruto alguno. Desanimados aquéllos, y faltos de todo, se retiraron á poco, dejando al de Módena reducido á sus solas fuerzas. Entonces Caracena entró á la siguiente campaña (1649) en el Modenés, y rindió á Pompanasco, Gualteri y Castelnovo, y lo ocupó todo, obligando al Duque á pedir por misericordia la paz, que le fué concedida á condición de admitir guarnición en Correggio. Recobróse con esto la reputación del de Caracena, y aunque falto de dinero y soldados no pudo emprender grandes operaciones, con todo, recobró á Trin de los saboyanos, y luego, en unión con el duque de Mantua, á la sazón nuestro aliado, sorprendió la ciudad de Casal, y rindió con estrecho bloqueo su fortísima ciudadela, puestos de los más importantes de Italia. Así, á pesar de las escasísimas fuerzas con que contábamos para resistir á tantos enemigos como nos embestían por aquella parte, se conservó la superioridad de nuestras armas en el Milanés y sus fronteras.
Harto más larga y sangrienta todavía que la sublevación de Nápoles había sido la de Cataluña, y de más grandes consecuencias, tanto por el carácter de los naturales, mucho más duro y tenaz, como por los mayores auxilios que habían recibido de Francia, debajo de cuyo vasallaje los había puesto el despecho. Pero verdaderamente en el fin y término, ya en que lo demás anduviesen tan diversas, se asemejaron mucho ambas sublevaciones. Las causas fueron unas, y el suceso tan impensado también, que apenas podían creer los ojos lo que veían, hallando tranquilos y obedientes á los catalanes á tan poca costa, después de tan sangrientos esfuerzos, ardiendo sus ciudades y sus campos en regocijos, resonando, por donde tantas maldiciones antes, ahora vivas y aclamaciones ardientes al Rey de España.
Ya á principios de 1645 el tiempo y los sucesos habían ido trayendo en los ánimos de los naturales singulares mudanzas. De una parte la caída del Conde-Duque, la prisión del Protonotario, el haber dejado el servicio de España el marqués de los Balbases, la muerte de Arce y de Moles, Maestres de campo, que ocasionaron mucha parte de la furia de aquel pueblo, y la total mudanza de Ministros y capitanes, habían borrado los odios de los catalanes, inclinándolos á someterse á su antigua ley y patria; de otra, la soberbia y mala conducta de los franceses, gente extranjera al fin, y que trataba á los catalanes como vasallos, habían dado calor á semejante inclinación, convirtiéndola en deseo. Desconfiaban los franceses de los catalanes, y éstos aborrecían á los franceses: aquéllos habían admitido los fueros y privilegios para facilitar el dominio que de otra suerte no habrían adquirido; éstos, conociendo el espíritu dominante de sus nuevos señores, recelaban de continuo, y sin causa, á veces, los creían amenazados. Juntóse á todo el natural de los catalanes, impaciente, duro y enemigo del que manda, quienquiera que sea. Cuentan de algún catalán que huyendo de Tarragona, poseída por los españoles, porque no le ahorcasen como á confidente de los franceses, fué ahorcado por éstos á poco en Barcelona como confidente de los españoles. Á tal punto las cosas, se abrió (1645) la campaña.