Todo estaba ya á punto, y sin embargo D. Juan no partía. Pretextó que no se le enviaban todos los caudales que se le habían ofrecido, hasta que se le completaron. Satisfecho en esto, alegó luego que una armada francesa de treinta y seis navíos y seis brulotes estaba en las costas de Galicia, dispuesta á cerrarle el camino, lo cual, como cierto que era el fundamento, á nadie causó sorpresa. Hasta pretendieron los franceses quemar nuestra pequeña armada dentro de la ría de Vigo, y sin duda lo consiguieran á no ser por la prudencia del almirante D. Fernando Carrillo, que desembarcando la artillería de las naves, coronando con ella las riberas, y poniendo á la defensa de la boca de la ría algunas lanchas bien guarnecidas de mosquetería, impidió el que los brulotes ó navíos de fuego lograsen entrar y cumplir su intento. Con tal suceso halló medio D. Juan para dificultar más su salida, viendo tan prevenidos á los franceses; y para que no se le acusase de dilatar el socorro, de Flandes fué enviando allá en fragatas y otras naves menores á la deshilada el caudal y soldados, consiguiendo que llegasen sin daño á su destino. Pero en esto, hechas las paces, cesó el motivo de temer que le cerrase el camino la armada francesa; y sin embargo, no por eso se apresuró á poner por obra las órdenes que tenía. Lo que hizo fué avivar el fuego de la conspiración que indudablemente estaba urdiendo para no salir de España y alzarse con el Gobierno.
No tardaron la Reina y su privado en sospechar lo que sucedía; y fuera verdadero temor, fuera pretexto para cargarse de razón contra D. Juan, comenzaron á manifestar recelo de que pretendiese, no ya gobernar el reino en nombre del joven Rey, sino usurparle la corona. Procuraron buscar el hilo de sus tramas, y empezaron á ejercer rigores. Habiendo corrido en la corte el rumor de que iba á bajarse de nuevo la moneda, subieron los precios de todo, y muchos se negaron á vender sus géneros, comenzándose á padecer la misma hambre y escaseces que siempre que tal alteración se ejecutaba. Túvose por cierto haber dado origen á ello el duque de Pastrana y del Infantado, D. Gregorio de Silva, con haberse anticipado á cobrar su renta, y fué desterrado rigurosamente de la corte y condenado á pagar gruesa multa, suponiéndole en connivencia con D. Juan de Austria, y causando alarmas de propósito para favorecer sus planes. Bien que no tardaron en remitírsele al de Pastrana ambas penas. Pocos días después de estos sucesos, que alborotaron algo á la corte, tuvo lugar la retirada del conde de Castrillo de la presidencia del Consejo de Castilla, más escandalosa por lo mismo que hubo más misterios. Después de una larga conferencia con la Reina se retiró el Conde, sin que entonces pudiera saberse el motivo: fué que el de Castrillo tampoco llevaba á bien la privanza y gobierno del confesor, y que la Reina dió en juzgarle á él más afecto á D. Juan de Austria que no á su persona. Vino á recaer la plaza en D. Diego Sarmiento Valladares, Obispo de Plasencia, grande amigo del Padre Everardo: nuevo motivo de murmuración y alarma. Por último, llevó á último punto el escándalo un sangriento suceso. Prendió cierto día un alcalde de Corte á D. José de Malladas, hidalgo aragonés muy del cariño de D. Juan, que se hallaba en la corte, y dos horas después se le dió garrote en la cárcel, en virtud de orden escrita de mano de la propia Reina, sin que el Presidente de Castilla defendiese los fueros de Castilla de tal modo hollados, ni pudiera saber nadie el delito que hubiese cometido aquel hombre. Hoy es y todavía no está averiguada la causa cierta que pudo impulsar á la Reina á ordenar con tan horrible procedimiento aquella muerte; sospéchase que fué porque era el Malladas, alma de la conjuración de D. Juan, y aun no faltan razones para creer que la Reina vió en él con verdad ó sin ella á la persona encargada de asesinar á su confesor. Da cierto valor á tales sospechas la cólera con que recibió don Juan en Galicia la ejecución de Malladas, dado que no era tanto su buen corazón que pueda atribuirse á piedad sola. Representó al punto que no podía pasar á Flandes, y admitió la dimisión la Reina; pero al admitirla envió un Decreto á todos los Consejos, manifestando que no teniendo por bastante la causa de salud que había alegado para determinación tan intempestiva y de tan gran perjuicio al Estado, le ordenaba que sin llegar en distancia de veinte leguas á la corte pasara á Consuegra y allí se detuviese, quitándole la propiedad del Gobierno y generalato de Flandes.
Esparcióse este Decreto de la Reina por toda la corte; y D. Juan, más encolerizado, desde Consuegra apresuró sus intrigas para apoderarse por fuerza del Gobierno; esto al menos se sospecha de los sucesos. Llegó cierto día á Palacio un capitán solicitando hablar á la Reina; hablóla por largo rato, y tales cosas debió comunicarla, que fué preso D. Bernardo Patiño, hermano del Secretario de D. Juan, ocupándosele los papeles y comenzando á formársele proceso. Nadie dudó ya de que el hilo de la conspiración de D. Juan estuviese en poder de la Reina, y más cuando al día siguiente se vió salir de Madrid para Consuegra con órdenes reservadas al marqués de Salinas, capitán de la Guardia Española, acompañado de cincuenta hombres escogidos, dándose por cierto que aquellas órdenes reservadas eran de llevarle preso á una fortaleza. Pero cuando llegó el de Salinas á Consuegra no encontró más que una carta de D. Juan á la Reina diciéndola, «que el motivo verdadero que tuvo para no pasar á Flandes, fué el querer apartar de su lado y del Gobierno aquella fiera de confesor tan indigna del lugar sagrado que ocupaba, y que esto pensaba ejecutarlo sin escándalo ni más violencia que la precisa, sin tocarle á la vida, aunque según su conciencia y lo que toda razón pedía, debía quitársela por las causas comunes del bien de la Corona y particulares suyas y conforme á lo que le habían aconsejado y aun instado grandísimos teólogos.» Amenazaba también tomar satisfacción hasta del menor daño que se hiciese á sus parciales, compadeciendo con lastimosas palabras la suerte de Malladas á quien apedillaba inocente, y á su sentencia, horrible y nefanda tiranía.
Con noticia, sin duda, de lo que pasaba en Madrid, habíase salido D. Juan la noche antes de Consuegra acompañado de hasta sesenta hombres armados, entre sus criados y algunos parciales, encaminándose por despoblados á Aragón, y desde allí, disfrazado, á Barcelona. Recibióle esta ciudad con muestras de amor, porque fué estimada su conducta cuando allí estuvo, y el verlo perseguido del jesuíta Nithard, allí muy aborrecido, aumentó el amor con que le miraban, de modo que toda la nobleza y pueblo se puso de su parte. Gobernaba el Principado el duque de Osuna, el cual, no atreviéndose á ir contra la general opinión, le festejó bastante; pero en su particular pidió instrucciones á la Corte. Ordenóla éste acaso que se apoderase de don Juan; pero él, viéndolo tan amado del pueblo, no osó emprender cosa que podía levantar en armas toda la provincia. Sólo la sospecha que hubo de que iba á embarcársele un día para sacarle fuera del reino por fuerza, causó en Barcelona viva alarma. Desde la torre de Lledó, donde estaba aposentado, escribió D. Juan á la Reina exigiendo ya sin empacho alguno el destierro de Nithard; y los magistrados de Barcelona y la Diputación y cabildo la escribieron también intercediendo por el Príncipe.
No era mujer la Reina que así cediese de sus empeños: consultó al Consejo de Castilla sobre el castigo que podría imponerse á D. Juan, remitiéndole los papeles hallados en casa de Patiño, que eran poco importantes, excepto uno que contenía un horóscopo hecho al Príncipe en Flandes y que al parecer le señalaba más alta dignidad que la que tenía; y contestó que el único medio de que se arreglasen las diferencias, era que D. Juan volviese á Consuegra ó se acercase á la corte, bajo seguro de que su persona sería respetada. No se descuidó en tanto el jesuíta Nithard, y sostenido por los de su hábito que tomaron como propia su causa, publicó un manifiesto, justificando su conducta y acusando la de D. Juan, al paso que otras manos inferiores llenaban la corte y la nación de libelos y sátiras contra éste, procurando de todos modos deshonrarlo. Replicaron de todos modos los amigos de D. Juan, y se empeñó una polémica vivísima en hojas subrepticiamente impresas, toleradas las unas, perseguidas las otras por la Reina y su Gobierno. Ya á este tiempo la Corte estaba dividida en dos partidos: hasta las damas de la Reina, unas se llamaban everardas y austriacas otras.
La nación, cansada de favoritos como tan afligida de ellos, al nombre tal que llevaba el Padre Nithard no podía menos de desear el triunfo de D. Juan de Austria. Preferíase también naturalmente el gobierno de un soldado al de un fraile, que puesto que la devoción fuese mucha, no era tanta que hubiese de desconocerse la inconveniencia de tal género de ministro. Pero la especie de indiferencia en que habían caído los ánimos españoles, el fatalismo cristiano que la exageración del principio religioso había traído aquella conformidad con las desgracias, aquella especie de respeto á los males que se creían originados del cielo, el hábito antiguo de obediencia á la autoridad, y de ciego culto al Trono, y la costumbre de no discutir ó juzgar sobre tales materias, hicieron que lo más de la nación, y en particular los reinos de Castilla, permaneciesen mudos en sus opiniones. Escribió D. Juan desde Barcelona sendas cartas á las ciudades de voto en Cortes, representándoles los motivos de su conducta; y de ellas hubo algunas que suplicaron á la Reina que oyese bien la pretensión del Príncipe echando de España al Padre Everardo; mas el mayor número enviaron á la Reina las cartas que habían recibido vendiendo la fineza de que ni siquiera se habían permitido leerlas. No estaban así los reinos de la Corona de Aragón: mientras que Barcelona se esforzaba en dar muestras de amor á D. Juan lo mismo que toda Cataluña, en Zaragoza se hacían también en su favor grandes demostraciones. Y de todas suertes harto más ventajosa era la situación de don Juan que la de la Reina, claramente favorecido de unas provincias, tácitamente deseado de otras, mientras ella, aunque dentro de la corte hallase quien defendiera á su favorito, apenas tenía en el resto de la nación quien no le aborreciese. Insistía la Reina en que D. Juan volviese á Consuegra; negábase éste, alegando que allí no se contaba por seguro de las traiciones del confesor, y así estuvieron muchos días yendo y viniendo cartas de una á otra parte. Por fin D. Juan, bien aconsejado de sus amigos de la corte, conociendo la flaqueza del partido contrario que en Madrid mismo donde tenía su fuerza apenas podía igualarse con el suyo, se determinó de repente á tener por bastante el seguro de la Reina y á acceder á su solicitud, acercándose, no ya á Consuegra, sino á las mismas puertas de la capital.
Púsolo por obra, con gran satisfacción al principio de la Reina y de los de su partido; pero aguóse sobre manera al saber que con pretexto de venir escoltado y con el decoro que le correspondía, había sacado de Cataluña tres buenas compañías de caballos, prestándose á ello por no chocar con el poder que ya aparecía como vencedor, el duque de Osuna. Ofreciéronse muchos miqueletes á acompañarle; pero D. Juan no quiso por entonces admitirlos; que si no, trajera un ejército consigo. Ni fué esto lo peor, sino que orillas del Llobregat y del Segre, los pueblos catalanes tan exagerados en sus sentimientos, salieron á saludar á D. Juan, llenándole de aclamaciones, y no bien pasó el Cinca comenzaron á traerle en triunfo los aragoneses hasta el Ebro y Zaragoza. Tenía ya puesto la Reina por Virrey en esta ciudad al conde de Aranda, uno de sus mayores parciales y grande enemigo de D. Juan de Austria, á fin de asegurarse de ella y del reino; y envió órdenes estrechas para que al paso de éste no se hiciese demostración alguna de regocijo. Pero la Diputación del reino, á cuya cabeza estaba el Obispo de Albarracín, alegando sus fueros y derechos, se negó á cumplir la orden y salió á recibir solemnemente á D. Juan. Salió también inmensa muchedumbre victoreándole y aclamándole, aunque D. Juan por excusar un conflicto escribió al Virrey y á la ciudad rogando que se le dejase pasar como incógnito sin demostración alguna. Hubo á la par desórdenes. Quiso el pueblo furioso contra el Virrey quemar su casa y también la del Arzobispo que pasaba por afecto á la Reina: algunos magistrados fueron detenidos por las turbas y obligados á gritar ¡viva D. Juan! y ¡muera el Padre Everardo!, y los jesuítas, acusados de defender la causa de su hermano el confesor, no pudieron andar por las calles, so pena de correr grave peligro. Por último, algunos estudiantes y otra gente osada, hicieron un maniquí de paja, vistiéndolo á manera de jesuíta, y con demostraciones de escarnio lo condujeron á las puertas de la casa de la Compañía; allí, forzando con amenazas al Rector de ella á que se presentase en los balcones, en su presencia lo arrojaron á una hoguera.
Siguiendo D. Juan su camino á Madrid sin detenerse un momento, ni querer más escolta, aunque ya á esta sazón llevaba además de las tres compañías de caballos, doscientos buenos infantes, llegó sin tropiezo á Torrejón de Ardoz. Allí, puesta su gente á punto de guerra, comunicó á la capital su llegada. En ésta, en tanto, todo era confusión y ruido. No bien supo la Reina el acompañamiento que D. Juan traía consigo, se preparó á la defensa, ayudándola el P. Everardo y los jesuítas poderosamente: hízose El Pardo cuartel de doscientos buenos caballos traídos de las provincias limítrofes, y las compañías de infantería que había repartidas en los Carabancheles, Toledo y Segovia, recibieron orden de acercarse á la Corte. Al propio tiempo convocó la Reina á todos los Grandes parciales suyos, y éstos á todos sus allegados; alistáronse secretamente compañías de soldados licenciados ó reformados; compráronse caballos para montarlos; nombróse General de las fuerzas al marqués de Peñalva, de los portugueses afectos á España y de los mayores amigos del Padre Everardo, y hasta se quiso sacar el pendón real y levantar en armas la villa, todo, en fin, como si hubiera un ejército á las puertas de la capital. Eran los principales que ayudaban y seguían á la Reina en este empeño, además del Peñalva, el Presidente del Consejo de Castilla, D. Diego Sarmiento, el marqués de Aytona, D. Ramón Guillén de Moncada, y el Almirante de Castilla D. Juan Gaspar Enríquez de Cabrera. Pero los amigos de D. Juan, que eran más y más poderosos, el duque de Pastrana y del Infantado, el conde de Castrillo, el famoso marqués del Carpio y Heliche D. Gaspar de Haro y Guzmán, el duque de Alba, el de Maqueda, el conde de Frijiliana y otros, no se descuidaron por su parte.
Lograron estos que el Consejo de Estado y el de Aragón, consultados por la Reina, declarasen que, en su concepto, lo que correspondía era «que el Padre Everardo saliese al punto de España». El de Castilla, consultado también, se dividió en pareceres. Pasaron luego los de los tres Consejos á la Junta grande, que así se llamaba la de Gobierno, y ésta, con asistencia del Arzobispo de Toledo, el Presidente de Castilla, el Vicecanciller de Aragón, el conde de Peñaranda y el marqués de Aytona, y, en presencia de la Reina misma, opinó, por tres votos contra dos, que saliese el confesor del reino. Oyó la Reina, disgustada ya con la contrariedad de los Consejos, profundamente irritada, este fallo, y cuando todos esperaban que cediese, se contentó con declarar «que no hallaba razón para que el Padre Everardo saliese».