Ya en esto, con la llegada de D. Juan á Torrejón de Ardoz y su amenazador continente, con los dictámenes de los Consejos y de la Junta magna que se hicieron públicos, y las intrigas de los enemigos del confesor y de la Reina, había pasado la corte, de la confusión y el ruido, al alboroto y la alarma. Los preparativos de defensa de la Reina, aunque muy ruidosos, eran tan exiguos que no bastaban para resistir á D. Juan, y éste podía estar seguro de llegar á la corte con su reducido número de soldados y entrar sin dificultad. Esto dió valor á Pastrana y á Heliche para pedir una audiencia á la Reina, á fin de manifestarla el estado de las cosas. No quiso oirlos ella; pero no se retiraron sin decir antes á su secretario en el despacho universal, don Blasco de Loyola, cuán á pique estaba de perderse, si no tomaba resolución en que saliese luego el Padre Nithard, añadiendo «que, de no hacerlo Su Majestad, tendrían que ponerlo ellos en ejecución, para evitar el daño que amenazaba». Tan insolente demanda fué seguida de otro hecho no menos osado. Fueron los mismos Pastrana y Heliche al lugar donde se reunía la Junta de gobierno; hablaron ante ella sin más permiso que el que á sí propios se dieron, y autorizando sus palabras con los gritos de la muchedumbre, que llenaba ya calles y plazas, vitoreando á D. Juan y amenazando al confesor de muerte, convencieron á todos los señores de que extendiesen el decreto expulsando á éste de la corte dentro de tres horas y luego del reino, enviándolo á rubricar á la Reina. No tuvo ya valor para resistir la Reina (1669), y firmó el decreto con apariencia de buen semblante, protestando hipócritamente que no quería más que el mejor servicio de Dios en todas las ocasiones.
Salió, con efecto, el confesor, aunque honrado con el título de Embajador extraordinario en Roma, dándole á escoger entre este puesto y la embajada de Alemania; y debió al celo del Arzobispo de Toledo, que lo sacó en su coche hasta Fuencarral, que no le hiciese pedazos el pueblo. Luego el Nuncio de Su Santidad, que había tenido mucha parte en todos estos sucesos, inclinándose más á la parte de D. Juan, que no á la del jesuíta, fué á ver al Príncipe á Torrejón de Ardoz, donde ya había estado de antemano á visitarle, y acabó de calmar á éste aparentemente, aunque bien pronto se tocó el desengaño. Así terminó pacíficamente aquella primera revolución que tan amenazadora se presentó en un principio. Quedó en ella la autoridad real, que era, al cabo, lo único que quedaba incólume en España, humillada y escarnecida; quedó la Reina madre sin decoro á los pies de un bastardo ambicioso y rebelde y de unos cuantos Grandes más envidiosos que amantes de su patria; quedó el poder del Gobierno vencido por tres compañías de caballos y dos de infantes, que apenas sumarían quinientos soldados. Perdió mucho, en fin, el Gobierno en aquellas circunstancias, y, en cambio, la nación no alcanzó ventaja alguna. ¡Ejemplo notable para los Reyes y para los Gobiernos! Jamás en nación bien gobernada pudiera un bastardo rebelde con unos cuantos cómplices y algunos centenares de soldados traer á tan miserable situación á la Reina; pero como España aborrecía su Gobierno, como sus torpezas y su inhabilidad la hacían merecedora de tal aborrecimiento, ¿qué abnegación no necesitaban los ciudadanos para tomar su defensa? ¿Qué imposible no era que en tal trance quisieran ellos salvarla? D. Juan no tenía títulos para pedir lo que pedía, ni para hacer lo que hacía contra la Reina y sus favoritos; pero ella no debía tampoco abusar en provecho de éstos y de su familia del poder que tenía; y ya que la nación no se decidiese á tomar la venganza por sus manos, miraba con razón friamente que espiase sus faltas á manos de sus enemigos. ¡Pero triste venganza de la nación era esta, que si castigaba las faltas del Gobierno pasado, no remediaba ninguno de sus males! Los sucesos mostraron pronto que las naciones no deben contentarse con sustituir personas á personas, ni con asistir á tales revoluciones y venganzas, sino que deben por sí mismas defender sus derechos y procurar sus beneficios.
No fué la salida del confesor Everardo más que la primera jornada de una comedia que debía pasar por hartas peripecias todavía. Había cedido la Reina atemorizada; pero como terca á la par que tímida, aumentó si era posible su odio á D. Juan, determinada más que nunca á humillarle, mientras éste con la pasada victoria se hacía más imperioso y exigente que antes. Negó la Reina á D. Juan el permiso que la pidió para venir á la corte, ordenándole que se mantuviese á algunas leguas de distancia. Al propio tiempo le mandó que despidiese á la gente armada que había traído consigo. Ofendióse D. Juan de ambas demandas, y en lugar de avenirse á ellas, exigió de la Reina que nombrase una Junta de los mayores, más experimentados y celosos Ministros, donde se tratase de aminorar los tributos, de repartirlos por igual entre los vasallos, de hacer economías en la Hacienda, distribuir bien los empleos, reformar la milicia, y reparar la administración de justicia poco estimada. Y al propio tiempo que proveyese los puestos de confesor é Inquisidor general, que aún tenía á su nombre el Padre Nithard, en personas naturales de estos reinos, y que no se mezclasen en negocios políticos; que separase de la Presidencia de Castilla al Obispo de Plasencia por ser tan su enemigo, y que, de no separarle, le impidiese tomar parte en los negocios que á él le tocasen, lo mismo que al marqués de Aytona, que también se había señalado mucho en contra de su persona.
Con estas pretensiones tenía D. Juan las de que se pusiese en libertad al hermano de su secretario Patiño, que estaba preso todavía; que se despojase al Padre Nithard de todos sus puestos y honores, y que á él se le continuasen los títulos y propiedad del Gobierno de Flandes, que por no haber ido allá le había quitado la Reina. Esto escribía D. Juan en Guadalajara, adonde desde Torrejón se había retirado; y la Reina, en lugar de ceder á ninguna de tales exigencias, redobló las suyas y se dispuso á hacer más eficaz que antes la resistencia. Nombró la Junta que pedía D. Juan con el nombre de Junta de Alivios, á fin de que no creyese el pueblo que descuidaban sus intereses; negoció astutamente con D. Juan para entretenerle; y en el entre tanto, ordenó la formación de una coronelia ó regimiento, imaginada ya antes de la salida del confesor, que al mando del marqués de Aytona, y con el nombre de Guarda de la Reina, debía atender á su defensa, á la par que enviaba órdenes á Ciudad Real y Galicia para que los soldados que allí quedaban del ejército de Portugal se acercasen á la corte.
Luego mandó de improviso á Guadalajara al general de la caballería D. Diego Correa, para que si no licenciaba D. Juan al punto su caballería, diese orden á los capitanes de que se apartasen de él, so pena de desleales é inobedientes. No atendieron los capitanes á las amenazas de D. Diego; y D. Juan, lejos de licenciar su escolta, comenzó á reforzarla con algunos miqueletes catalanes y gente que acudía á su servicio. Pero al propio tiempo el regimiento de la Guarda se formaba á toda prisa, y el marqués de Aytona, su Coronel, ofrecía mantener con él en respeto á D. Juan y á la Corte. Entraron á mandar las compañías jóvenes de las mejores casas, deseando lucir en Madrid y á vista de las damas sus arreos y bizarría; el conde de Melgar, luego Almirante de Castilla, el de Fuensalida, el de Cartageneta, luego duque de Montalto, el marqués de Jarandilla, el de las Navas, el duque de Abrantes y otros caballeros particulares: llenáronse con sargentos y cabos viejos y no pocos soldados veteranos; mas para completarlas pronto se admitió en ellas á toda la chusma y gente de vida airada que quiso acudir de diversas partes de España; y se las señaló cuartel en el barrio de San Francisco, uniformándolas y armándolas con todo esmero. Representó la villa de Madrid contra la formación de este regimiento con libertad notable, manifestando en veinte proposiciones los perjuicios que habían de originarse, y lo propio el Consejo de Castilla consultó en contra de esto á la Reina. Pero ésta no hizo caso de las reclamaciones de la villa, y ordenó al Consejo que no la hablase más del asunto. Á la verdad la Junta grande de Gobierno y el Consejo de la Guerra habían dado dictámenes favorables á la formación del regimiento, y en ellos fortalecía la Reina su intento.
Quejóse D. Juan altamente; mas no recibió otra respuesta sino la de que excusase el escribir y entrometerse tanto en los negocios públicos. El regimiento estaba ya formado; D. Juan se mostraba prevenido; aguardábase de un momento á otro que se remitiese la cuestión á las manos, haciendo campo de batalla las calles de la corte: ya se señalaba el día y la hora en que D. Juan había de caer sobre Madrid, y se proveían de víveres los vecinos, alarmados, para no salir de sus casas; faltaban en el mercado los mantenimientos, y todo era confusión y espanto, cuando de repente se terminó todo sin venir á las armas. El Nuncio, que andaba también ahora de mediador, logró que D. Juan se contentase con el Virreinato de Aragón y el Vicariato general de los reinos, que dependían de aquella Corona, separándose de la Corte (1669) y dejándolo todo como estaba.
Rugieron de cólera muchos de los partidarios de don Juan al saber su sumisión, y que por tal empleo hubiese abandonado á su partido, que ya nada menos deseaba sino apartar de los negocios á la Reina; y el pueblo de Madrid, que con la formación del regimiento de la Guardia se había puesto todo de su parte, esperando su llegada por momentos para tomar las armas, rompió en altas quejas y murmuraciones contra el Príncipe que así lo abandonaba. Y cierto que la resolución de D. Juan debía parecer extraña al común de sus partidarios, porque ni el empleo que se le daba era de tal honor que pudiera juzgársele por él seducido, ni de hombre de tan altas pretensiones podía sospecharse que la humildad lo hubiese tocado en el alma. Pero contemplando bien los sucesos, parece acertada su conducta. La corta edad del rey D. Carlos y su natural enfermizo, que le traían siempre á las puertas del sepulcro, llamaban ya por entonces la atención de todo el mundo; el mismo Luis XIV había empezado á poner en duda la validez de la renuncia de su mujer Doña María Teresa á la Corona de España; y en Alemania, donde la casa imperial se juzgaba con derecho á suceder en ella, y en otras Cortes de Europa tratábase ya de este asunto y de las probabilidades de una guerra de sucesión. No debía ser por cierto D. Juan quien menos cuenta tuviese con tales probabilidades: la Reina y el confesor le habían acusado de querer usurpar la Corona al Rey; pero esto no parece probable. Porque si la nación dejaba de buena voluntad insultar á la Gobernadora, no habría dejado de seguro atacar al Rey niño, cuya tierna edad movía en su favor la antigua generosidad española; y porque el mismo D. Juan, que apenas había podido, sobre todo en los últimos días, hacer rostro á la Reina, no había de imaginar que semejante empresa le fuera posible. Lo probable es que D. Juan aspirase á ocupar el Trono el día en que falleciese su sobrino.
Un astrólogo de Flandes le había predicho que llegaría á tener cetro en sus manos; predicción que, hallada entre los papeles del hermano de su secretario Patiño, sirvió no poco á la Reina para acusarle de rebeldes intentos; y es evidente que tan difícil como se ofrecía la empresa de destronar á Carlos II, tanto era difícil la de sucederle, viniendo á disputarse la Corona los extranjeros. Dados tales intentos y circunstancias, nada más ventajoso para D. Juan que el Vicariato general de los reinos de Aragón que se le daba: amábanle ya aquellos pueblos, y estaban muy declarados en su servicio, y su natural independiente y duro, su valor y constancia le aseguraban en todo evento, que podría fundar allí un Trono, y ya que no traer á su obediencia el resto de España, sostenerse en él contra todo género de enemigos. Pudiérase creer, aun para esto, preferible el apoderarse del gobierno de toda la Monarquía; pero no sin error ciertamente. Porque en primer lugar, en Castilla andaba muy dividida en dictámenes la nobleza; y si tal se mostraba cuando D. Juan no pretendía más que sustituir en el Gobierno á la Reina, al verle en el Trono pudiera contarse seguido de pocos, combatido de muchos, sin apoyo cierto en aquella clase, por su riqueza, tan importante aún en el Estado. Luego no parecía conveniente comenzar empeñando una batalla en las calles de Madrid, y llenándolas de sangre y odios para venir un día á ocupar la Corona y defenderla contra los extranjeros. Y tal batalla no podía menos de empeñarse y de ser dudosa, porque el marqués de Aytona con su regimiento, y el Almirante de Castilla y los enemigos de D. Juan con las tropas que habían llegado á la corte, estaban resueltos á sostenerse hasta el último punto, siendo tal la terquedad de la Reina, que se disponía á salir en el trance por las calles con el Rey niño en los brazos alentando á los suyos y desconcertando á los contrarios.
Para vencer tal resistencia necesitaba D. Juan valerse del pueblo de Madrid, movido ya, según dice un anónimo contemporáneo, «en inteligencia de que era menester hacer pedazos toda esta campana rota de Monarquía para que volviese en nueva fundición á cobrar su antiguo sonido»; pueblo compuesto en no poca parte de vagamundos hambrientos y extranjeros, sin amor al Rey ni interés en el bien de España, de cuya gente podían temerse en la ocasión los mayores escándalos y desórdenes, lo cual pondría en contra del partido de D. Juan al clero, á los ricos y á todos los Grandes y nobles, que serían naturalmente los perjudicados. Por último, aun llegado D. Juan á punto de desempeñar el Gobierno, desterrada ó metida la Reina en un convento, como acaso se pensaba, si venía á morir el Rey niño; ¿qué pretexto tan horrible no hallaría para cebarse en él la calumnia, y cuán dañoso no sería el entrar á disputar un trono á Rey extranjero con la sospecha de haber envenenado al Rey propio? Tales consideraciones obraron sin duda en el ánimo de D. Juan, puesto que las publicaron algunos de sus más allegados amigos, para persuadirle á aceptar el empleo que se le ofrecía. No dejaron también de censurar los parciales de la Reina el que hubiese dado á D. Juan tal empleo, principalmente los que temían que quisiera alzarse en vida del Rey con la Corona, diciendo que era ponerle en la mano los medios para que, ya que no lograse el todo, dividiese, en su provecho, la Monarquía, quedándose con aquellos reinos de Aragón, por tan débiles lazos unidos aún con Castilla. Ni falta razón para decir que, con efecto, fué aquello en la Reina imprudencia notable, y que, á ser menores los intentos de D. Juan y á contentarse, desde luego, con ser Rey de una parte de España, hubiera producido quizás lastimosos frutos. Mas quiso la Providencia que ni lo acertado de la conducta de D. Juan ni lo imprudente de la conducta de la Reina fueran de consecuencia alguna en adelante, que tal sabe y suele burlar todos los propósitos humanos.