«7.ª Que el examen de este cadáver demuestra la existencia de algunas anormalidades individuales, prognatismo facial inferior, profundidad de la bóveda palatina, existencia de la fosita occipital mediana de Lombroso, diámetro extraordinario del empeine de los pies, etc.»
Veamos ahora las pruebas que se desprenden de las deducciones facultativas, sobre todo de la 6.ª, que es la más importante por las concordias históricas que se pueden establecer. Pizarro murió á consecuencia de una terrible cuchillada en la garganta, por cierto dirigida de costado y traidoramente. Recibió también otras heridas en el brazo y en el pecho, y un fuerte golpe en la cabeza, que le dio el soldado Barragán con una jarra de plata, cuando aún respiraba en el suelo el vencedor de los Incas. Ahora bien: el cadáver examinado por los médicos presenta vestigios que pueden fundadamente ser atribuídos á heridas y contusiones como las recibidas por Pizarro.
En efecto; la momificación general del cadáver se interrumpe en todas las partes correspondientes á las heridas, debido, probablemente á la putrefacción que inmediatamente sobrevino en dichas partes á consecuencia de las heridas. Así, por ejemplo, en la garganta han desaparecido sólo los tendones por efecto de dicha putrefacción, mostrándose el paso del cuchillo por entre dos vértebras de la espina dorsal, mientras que la piel cubre casi íntegramente el rostro, uniendo la cabeza con el tronco.
De la misma manera, la completa desaparición de las regiones genital y perineal, quedando sólo informes restos de músculos desecados, sólo se explica, en sentir de los médicos, por algo de extraordinario ocurrido desde el primer momento de la muerte, tanto por la falta de momificación de estas regiones, cuanto por no existir señales de sección ó arrancamientos posteriores á la momificación; observaciones que concuerdan perfectamente con las históricas, pues ese algo extraordinario ocurrido desde el primer momento de la muerte, en aquellas regiones, puede explicarse cumplidamente por las muchas cosas de inuminia é vituperio con que fué profanado el cuerpo de Pizarro apenas fallecido.
Por estas y otras concordancias, como la del prognatismo de la barba, con los retratos conocidos de Pizarro, fué declarada la autenticidad é identidad de los restos examinados, proclamándose en el dictamen académico que «Lima podía, pues, sentirse orgullosa de estar en posesión de tan rico tesoro, y de poder tributarle los honores á que el Marqués Don Francisco tenía derecho; pues si grandes defectos tuvo el descubridor del Perú, no se le puede negar su perseverancia ejemplar, su valor heroico y su verdadero cariño de padre á esta ciudad, que levantó desde sus cimientos.»
El Municipio de Lima, en 30 de Abril de 1891, considerando de dignidad nacional dar honrosa sepultura á dichos restos, acordó trasladarlos á una capilla de la Catedral, solicitando para ello la licencia correspondiente del Ilmo. Señor Arzobispo y del Cabildo metropolitano. Uno y otro, aplaudiendo la feliz idea del Ayuntamiento, designaron desde luego la capilla de los Reyes, fundando esta elección en la especial circunstancia de estar á ella vinculados grandes recuerdos de la Iglesia peruana. Allí se recibieron por autorización apostólica las informaciones de vida y milagros de la Santa Patrona de Lima, de San Francisco Solano y de los beatos Fr. Juan Macías y Fr. Martín de Porres.
Después del reconocimiento facultativo arriba indicado, fueron colocados los restos en un ataúd forrado de paño negro, con placas plateadas, siendo la parte superior de cristal, para que así pudiese ser visto el cadáver.
Con gran solemnidad, en presencia del Presidente de la República, Cabildo Catedral, Ayuntamiento, Jefes y oficiales del Ejército, Corporaciones científicas y literarias, y con asistencia de D. Emilio de Ojeda, Ministro plenipotenciario de España, fué depositado el ataúd en una urna de mármol y cristales, en cuya base había sido esculpida la inscripción siguiente: «Capitán general D. Francisco Pizarro, fundador de Lima en 18 de Enero de 1535. Muerto en 26 de Junio de 1541. Fueron depositados sus restos en esta urna el 26 de Junio de 1891, por acuerdo del Honorable Concejo provincial de Lima, y por iniciativa del Sr. Alcalde D. Juan Revoredo.»
En este acto pronunciaron elocuentes discursos el Alcalde, el Deán de la Catedral, el Ministro de España y el Presidente de la Comisión organizadora de la ceremonia, Dr. D. Manuel Aurelio Fuentes. «Por la primera vez,—decía el Sr. Ojeda,—desde hace tres siglos y medio, agrúpanse peruanos y españoles en derredor de los manes del ilustre fundador de Lima, confundidos en un mismo profundo sentimiento de gratitud y admiración.» «Ha querido el Concejo,—decía el Sr. Fuentes,—en primer lugar, sentar que se debe á todo trance mantener en un pueblo el constante recuerdo de su origen y de su historia... Ni hijo sin padre; ni pueblo sin fundador.» Y más adelante añadía: «La nación generosa y noble que en otra época mirara á nuestro país como parte componente de sus vastos dominios, no ha desprendido nunca de nosotros su mirada, como no la desprende el padre del hijo que al amparo de la ley se emancipa. Verá por eso gustosa que no renegamos de nuestro origen, y que, no sólo lo proclamamos, sino que aun decimos que es honroso para nosotros tributar hoy justo homenaje al que, sin rehuir sacrificios ni privaciones, puso la primera piedra de la ciudad de Lima y sentó la base, en los países de América, de la verdadera fe y de la civilización del Viejo Mundo.
«Tardío acto de justicia, pero prueba evidente de que la actual Municipalidad de Lima ha tenido en cuenta su deber. Sea el reconocimiento de este vínculo de sangre y de este vínculo histórico un nuevo motivo para que la nación española vea la justicia con que sus antiguos hijos proceden para con la que antaño fué la madre patria.»