Algunos autores pretenden que en el Perú no se ha encontrado aún el hombre fósil, negando así el autóctonismo de la raza peruana; pero este punto es refutable, porque sabido es, que, últimamente, la Comisión Científica de la Universidad de Yale (Estados Unidos de Norte América) ha hecho importantes estudios geológicos en el Sud del Perú, con tal éxito, que entre sus resultados se halla el descubrimiento de huesos interestratificados del Hombre prehistórico, el cual, según suponen esos sabios, son aún anteriores al Período Plioceno ó Glacial. Indudablemente, el descubrimiento de esos huesos es otra prueba de la habitabilidad del Hombre autóctono en el Perú, durante la época antediluviana.
Para tener un conocimiento pleno de la autóctonia del Hombre en el Perú, vamos á sentar una hipótesis que no admite contradicción alguna.
Si en este suelo se han encontrado algunos fósiles de mamíferos antediluvianos, ó sea, de la Epoca Cuaternaria, como el Megatherio, el Mastodonte y el Seclitotherio, y junto á esos fósiles, toscas armas de perdernal y otros objetos rústicos, evidente es, que desde esa Época Neolítica vivía el Hombre mezclado con los animales, pues que, para proveer á su subsistencia y conservación, tenía que luchar con esos paquidermos, porque la carne le servía de alimento, y con las pieles cubría su desnudez. Por consiguiente, es efectivo y fuera de toda duda, que el Hombre en el Perú ha sido autóctono, pues no era posible que en esa primitiva época de la formación del Mundo, hubiera habido inmigraciones á este territorio.
Y también viene al caso, el volver á citar el descubrimiento hecho por Mr. Hutchinson, en la Isla de Chincha, de un ídolo de piedra y algunas vajillas, enterrados en el huano de los pájaros marinos, á más de sesenta piés de la superficie, objetos que, á su juicio, tienen una antigüedad de miles de años.
Para robustecer aún más nuestra afirmación, repetiremos aquí lo que ya hemos dicho en otro lugar de esta obra: "El Hacedor Supremo, en su alta sabiduría, al iniciar su grandiosa obra de la Creación del Mundo, tuvo el propósito de que el Orbe entero fuese habitado, y con este mismo propósito crió en distintos centros de la Tierra, parejas de razas diversas, cual la blanca, la amarilla, la roja, la morena y la negra; no siendo aceptable que Adán y Era sean progenitores de todo el Género Humano, sino únicamente de los descendientes de la secta hebráica."
Otra prueba que también se puede aducir sobre la antiquísima estancia del Hombre en el Perú, son los enormes depósitos conchíferos que se han encontrado en las costas marítimas, como en Supe, Chancay, Ancón, Chala y Arica, entre los cuales halláronse infinidad de huesos y restos de animales de aquellas remotas épocas, como así mismo fragmentos de carbón y capas de ceniza y otros residuos estratificados. Esas enormes capas de residuos, producto de la cocina de aquellos tiempos (kjoekkenmoeddings, como los denominaban los Escandinavos), son otros tantos vestigios de la estancia del Hombre allí, por espacio de largo lapso de tiempo, y del modo de vivir de aquellas ignotas generaciones.
Además, salvo los paquidermos de las Epocas Paleolítica y Neolítica, el Perú presenta sus animales particulares, propios y originarios, que tan solo se encuentran en su territorio, y que vivían junto con el Hombre primitivo. Entre estos animales originarios se cuentan las especies de vicuña, llama, paco, huanaco y alpaca, como también las especies de vizcacha y aña, de la familia de los zorros, y la anta llamado comunmente la gran bestia, animales que no se encuentran en ninguno de los otros Continentes. La existencia de estos cuadrúpedos, que tampoco hay noticia de que hubieran sido encerrados en la Arca de Noé, prueban, evidentemente, que ellos son de la época antediluviana, y que salvarían del Diluvio por voluntad del Hacedor Supremo, propagándose nuevamente después de ese enorme ó colosal cataclismo.
Vislumbrando, bajo otro aspecto, la autóctonia de los peruanos, evidente es, que durante la Epoca Cuaternaria, los habitantes del Continente del Nuevo Mundo no tuvieron contacto alguno con los de los antiguos Hemisferios, razón, también poderosa, para no negar á aquellos la autóctonia que legalmente se les atribuye.
En resúmen, así como está probado que los indígenas primitivos del resto del Continente Americano son autóctonos, consiguientemente lo son los del territorio peruano.