Después de esta dinastía se inició el segundo período llamado período unificado, en el que reinaron seis Incas, porque Inca Urco, que sucedió á Huiraccocha, fué depuesto á los once días de su exaltación, en un movimiento operado por los príncipes y grandes de la sangre real, que, no pudiendo tolerar su suma estolidez, le obligaron á abdicar en favor de su hermano Pacha-Cutecc-Yupanqui. Estos seis Incas reinaron en el orden siguiente:

1o. Pacha-Cutecc-Yupanqui.—Más se dedicó á reformar y administrar sus reinos, desde el Cuzco, que salir á campañas; por eso, las cuatro expediciones que organizó, las encomendó á los príncipes de la familia, logrando someter á crecido número de pueblos, entre otros, á los Huancas, Puntus, Huaillas, Conchucos, hasta Caxamallca, y á su regreso, Chachapoyas, Palltas, Cañaris, y la extensa provincia del Gran Chimú, acrecentando notablemente las fronteras de los dominios del Imperio. Su reinado fué de larga duración, pues gobernó sesenta años (1340 á 1400).

2o. Amaru-Inca Yupanqui.—En sus conquistas fué desgraciado. La de Chile terminó con el descalabro de su ejército, que fué vencido por los feroces Purumancas ó Promancas, quienes no le permitieron avanzar más adelante del río Maule. En su reinado también hubo una formidable sublevación de los Collas, que alborotó tanto á la Corte, que le obligó á renunciar el mando, siendo su reinado de solo treintainueve años (1400 á 1439).

3o. Tupácc-Inca-Yupanqui.—Extendió los límites de sus dominios por el Sud y por el Norte: por el Sud, llegó su ejército á Chile, hasta Cachapoal y naciones salvajes; por el Norte, fué el que principió la conquista del reino de los Shyris ó Quitús, en el Ecuador; á él se debe la construcción de grandes acueductos. Su reinado fué de treintaiun años (1439 á 1470).

4o. Huayna-Capacc.—Para celebrar el nacimiento de su hijo primogénito Titi-Cusy-Huallpa-Inti-Illapa (Huáscar), hizo fabricar la célebre cadena de oro que, según Garcilaso, Inca, «tenía trescientos pasos de largo y del grueso de una muñeca». Este Inca elevó el Imperio á la cumbre de la grandeza, consumiendo la sumisión del reino de Quitú, iniciada por su antecesor, venciendo á los Huancavilcas, Cayambis, Caranques, Pastos y Quitús. Después de su triunfo en la batalla de Hatuntaqui, en la que murió el Shyri Cacha-Duchisela, eligió la capital de ese reino para su residencia, pues estaba sumamente apasionado de la bella Shyri-Paccha, hija del ex-rey, á la que tomó por concubina y tuvo en ella á Atahuallpa. Estando en su palacio de Tumipampa, en la provincia de Cañaris, le llegó la noticia de la aparición en la costa de gente estraña, lo cual le preocupó bastante, acordándose entonces de la funesta predicción de Huiraccocha; acontecimiento que, efectivamente, originó luego la pérdida de la autonomía del gran Imperio Incáico. Antes de morir, Huayna-Ccapacc dividió su Imperio entre sus dos hijos, dejando la parte del Cuzco á Huáscar, (su hijo legítimo), y la de Quitú á Atahuallpa (su hijo bastardo), sin imaginarse que esa división sería, más tarde, motivo de desavenencias entre sus dos herederos, y ocasionaría hasta la caída del Imperio. Desde el Inca Huayna-Ccapacc se aclara la confusión de la historia de los Incas, entrando de lleno en el período histórico del Perú. Huayna-Ccapacc reinó cincuentaicinco años (1470 á 1525), los doce primeros en solo el Imperio, y los restantes en el reino de Quitú que había conquistado.

5o. Huáscar-Inca.—Entró en posesión del trono en los tiempos más funestos, pues Atahuallpa aspiró á la corona imperial, estimulado por la poca voluntad que Huáscar manifestaba en reconocerlo rey de Quito. Éste le envió una embajada exigiéndole obediencia; el astuto Atahuallpa le respondió que estaba pronto á obedecerle, y, con tal objeto, pasaría al Cuzco á hacer las exequias de su padre; pero su intención era otra, y al efecto, juntó un poderoso ejército cuyo mando confió á sus aguerridos generales quiteños Calcuchima y Quisquiz. Cuando Huáscar advirtió la traición de su hermano, no tuvo tiempo de juntar otro ejército numeroso para contrarestarle; sin embargo, á tres leguas de distancia, en el sitio llamado Quipaypampa, se libró una sangrienta batalla, en la que quedó vencido el ejército de Huáscar, cayendo éste prisionero y asegurado en la fortaleza de Sausa (Jauja). Al poco tiempo fué muerto Huáscar-Inca por insinuación de Atahuallpa, quien, temiendo que escapara y recobrara su cetro, ordenó á su general Calcuchima, que le quitara la vida y arrojara su cadáver al río Yanamaru. El gobierno de Huáscar fué de solo siete años (1525 á 1532).

6o. Atahuallpa.—(De rama bastarda, y último Inca que reinó). Después del atroz regicidio que ordenó cometer en la persona de su hermano paterno, se encontró dueño de todo el Imperio peruano; pero su gobierno fué también de corta duración, porque ya Francisco Pizarro, con su hueste, había llegado á Cajamarca, donde luego se desarrolló el lúgubre drama que dió lugar á que Atahuallpa cayera prisionero de los Españoles. Apesar de haber ofrecido, por su rescate, llenar de oro y plata el cuarto donde se encontraba cautivo, ansiaron los Castellanos ser dueños y señores absolutos de todo el Perú, y, al efecto, tramaron contra el Inca el pérfido proyecto de darle muerte, culpándole de supuestos planos de conspiración. Un tribunal inícuo le acusó de crímenes imaginarios, condenándole á ser quemado vivo en la plaza de Cajamarca. Cerca ya de la pira en que debía ser inmolado, por insinuación del P. Vicente Valverde, consintió en hacerse cristiano, afin de que se le conmutara el suplicio de la hoguera por el del garrote; al bautizársele, se le puso el nombre de Juan, por ser ese día el del Evangelista. Momentos después, Atahuallpa, el descendiente de Manco-Ccapacc y último Emperador del extenso Imperio del Perú, exhalaba el postrimer suspiro después de nueve meses y medio de cautiverio...... La ejecución se realizó en la noche del 29 de Agosto de 1533, implicando ella, no solamente la extinción de la dinastía de los Incas, sino también la destrucción completa del extenso Imperio Incáico. Su reinado, como el de su hermano Huáscar, fué breve, pues solo duró siete años (1525 á 1532).

Con la muerte de Huáscar, la descendencia legítima de los Incas desapareció, quedando sólo dos hijos legítimos de Huayna Ccapacc, Paullu-Tupacc y Manco-Inca, que fueron perseguidos con el vil intento de estirpar del todo la dinastía Incáica[124].