Por Decreto del Gobierno Supremo de la Nacion de 1.º de Febrero del año 1869, se ordenó la refundicion de los fueros especiales en el ordinario en las provincias de Ultramar; comunicándose tal disposicion al Gobernador Superior de estas Islas en 19 del mismo y cuya Autoridad dispuso su cumplimiento en 1.º de Junio de dicho año, quedando en suspenso lo que se refiere á causas criminales por delitos comunes de los eclesiásticos, hasta que recayese resolucion definitiva en la consulta que con la propia fecha dirigía al Poder Supremo.
Obedeciendo tan importante medida de unificacion á evitar los entorpecimientos que en la marcha de la administracion de justicia ofrecía la diversidad de fueros, se consiguió desaparecieran tales dificultades originadas de los diferentes conflictos de jurisdiccion que daban lugar á las numerosas competencias que se suscitaban, las más de las veces en perjuicio de los reos, que por este motivo tenían que sufrir más tiempo de prision del que debieran si los procedimientos hubieran seguido su curso ordinario, é imposibilitaban además la formacion de una uniforme é ilustrada jurisprudencia, pues que en muchas ocasiones se pronunciaban fallos contradictorios en idénticos asuntos en desprestigio de la Ley y de los Tribunales. Semejante refundicion no podía ser no obstante en absoluto, por tenerse presente que se cometían hechos que debían ser siempre ajenos á la jurisdiccion ordinaria, ya por su naturaleza ya por su especial tramitacion y cuyo privativo conocimiento se debía reservar á las jurisdicciones de Guerra y de Marina, máxime teniéndose en cuenta tambien que sin procedimientos en ciertos casos de carácter sumarisimos y sin castigos diferentes de los establecidos por la legislacion comun, no podría conseguirse que la fuerza armada cumpliera con los importantes fines que su organizacion requiere; y para ello se ha establecido la determinada competencia de las jurisdicciones de Guerra y Marina en los siguientes casos.
1.º En el conocimiento de las causas criminales por delitos cometidos por militares y marinos de todas clases en activo servicio, excepto de los que fueren perpetrados en tierra por la gente de mar y por los operarios de los Arsenales, Astilleros, fundiciones, fábricas y parques de Marina, Artillería é Ingenieros, fuera de sus respectivos establecimientos y de los ejecutados contra la seguridad interior del Estado y del orden público, cuando la rebelion y sedicion no tuvieren carácter militar; de los de atentado y desacato contra la Autoridad, tumultos ó desórdenes públicos y sociedades secretas; de los de falsificacion de sellos, marcas, monedas y documentos públicos; de los de robo en cuadrilla, adulterio y estupro; de los de injuria y calumnias á personas que no sean militares; de los de defraudacion de los derechos de Aduanas y contrabando de géneros estancados ó de ilícito comercio cometidos en tierra y de los perpetrados por los militares antes de pertenecerá la milicia, estando de baja en ella durante la desercion, ó en el desempeño de algún destino ó cargo público de cuyos delitos todos, solo compete conocer á la jurisdiccion ordinaria.
2.º De los delitos de traicion que tengan por objeto la entrega de una plaza, puesto militar, buque del Estado, arsenal ó almacenes de municiones de boca ó guerra al enemigo.
3.º De los delitos de seduccion de tropa Española ó que se halle al servicio de España, para que deserte de sus banderas en tiempo de guerra ó se pase al enemigo.
4.º De los delitos de espionage, insulto á centinelas, salvaguardias y tropa armada, atentado y desacato á la Autoridad militar.
5.º De los delitos de seduccion y auxilio á la desercion en tiempo de paz.
6.º De los delitos de robo de armas, pertrechos, municiones de boca y guerra ó efectos pertenecientes á la Hacienda militar, en los Almacenes, cuarteles, Establecimientos militares, arsenales y buques del Estado y del de incendio cometido en los mismos parajes.
7.º De los delitos cometidos en plazas sitiadas por el enemigo que tiendan á alterar el orden público ó á comprometer la seguridad de las mismas.
8.º De los delitos que se cometan en los Arsenales del Estado contra el régimen interior, conservacion y seguridad de estos establecimientos.