Ya el emperador habia expedido sus poderes desde Barcelona en 18 de octubre de 1542, nombrando sus embajadores al gran canciller Granvela, su hijo el obispo de Arras, y D. Diego de Mendoza, quienes llegaron á Trento en 8 de enero de 1543; pues aunque el marqués de Aguilar embajador en Roma estaba tambien nombrado, no se apartó de aquella capital[13]. Daba el emperador á todos cuatro en comun, y á cada uno en particular, poder y autoridad, para que representasen su persona, defendiesen y promoviesen sus derechos, y mantuviesen sus prerogativas, tanto como emperador, cuanto como rey de España, y señor de sus restantes dominios. Visitaron los embajadores á los legados, que eran los cardenales Moron, Paris y Polo, y extrañando la poca concurrencia de padres, preguntaron si las demás naciones habian prometido su asistencia al concilio, y en que términos debian ejercer la autoridad de embajadores en aquel congreso; evacuadas ambas preguntas, quiso el gran canciller exponer en la iglesia mayor con toda solemnidad los poderes que traía del emperador, y manifestar los motivos de no asistir personalmente. Resistiéronse los legados, hubo amargas quejas; pero en fin se convino en que fuesen recibidos al siguiente dia públicamente en casa del legado Paris, el mas antiguo de los tres cardenales. El obispo de Arras expuso en una larga oracion, y ante gran concurso de gentes, los deseos y diligencias del emperador porque se celebrase el concilio: exhibieron sus poderes, é instaron en que se acelerase la venida de los prelados y teólogos italianos, y se estimulase á los franceses, pues ellos estaban prontos á permanecer allí, ó pasar á solicitar los obispos de Alemania. En efecto, Granvela por dar mayor calor á la celebracion del concilio, pues veía los pocos prelados que habian concurrido, daba á entender seria mas conveniente un concilio nacional en Alemania; proposicion que alteraba en extremo á los legados y á la corte romana. Al fin padre é hijo pasaron á la junta de Norimberg, y D. Diego quedó algunos meses en Trento. En este tiempo hizo la representacion mencionada sobre la venta de Milan, y viendo que los obispos de España no concurrian tan presto, y que muchos de los que vinieron á Trento se habian retirado, se volvió á su embajada de Venecia con grande sentimiento de los legados y del papa, que se quejó al emperador, pero al fin se aprobó su conducta, y expidió una bula, en que exponiendo las discordias sobrevenidas entre el rey Francisco y Cárlos V, y juntamente el terror que infundia en toda la Italia el turco con sus armas, retardaba el concilio á tiempo mas oportuno[14].
En 24 de agosto del año 1534 dirigió un diploma á Cárlos V exhortándole á la paz, que efectuada con Francia proporcionó la nueva indiccion del concilio para 15 de mayo de 1545, aunque se prorogó el principio de él hasta 13 de diciembre. Por marzo volvió D. Diego de Venecia á Trento; y ajustadas las ceremonias con que se le habia de tratar, pretendió exponer en la iglesia mayor, lugar destinado á las sesiones del concilio, las cartas que le autorizaban, pero se convino en presentarlas en casa de los legados cardenales del Monte y Santa Cruz, donde manifestó sus poderes, y juntamente expuso en una oracion latina las intenciones del César, y el sincero ánimo en que se hallaba de concurrir por su parte á dar cumplimiento á los deseos de toda la cristiandad[15]. Halláronse presentes el cardenal Madrucci, en cuya casa habitaban los legados y los obispos que hasta entonces habian concurrido, que fueron Tomás Copeggi de Feltre, Tomás de San Félix de la Cava, y Fr. Cornelio Muso, franciscano, obispo de Bitonto, y el mas elocuente predicador de su tiempo. Á 8 de abril llegaron los embajadores del rey de romanos; celebróse una solemne congregacion para recibirlos; y en ella pretendió D. Diego preceder al cardenal Madrucci, y sentarse despues de los legados, alegando que pues representaba al emperador, debia tener asiento en el mismo lugar que ocuparia S. M. Cesárea. Urgia el tiempo, y por no ser molesto, ni inutilizar aquella junta, convino en colocarse de modo, que ni cedia ni tomaba precedencia alguna.
Volvió en otra ocasion á instar sobre lo mismo, diciendo que si se hallasen juntos el padre santo y el emperador, ninguno podia pretender ponerse en medio, y que lo mismo debian observar las personas que los representaban; añadiendo que obraba con el parecer y consejo de hombres doctos. Respondieron los legados en términos generales se hallaban dispuestos á dar á cada uno su debido lugar; pero que por sí mismos no tomaban resolucion sobre sus pretensiones; y que era necesario aguardar la respuesta de Roma sobre ellas. Convino gustoso el embajador, porque como sabia la grande autoridad que los emperadores habian tenido siempre en los concilios, esperaba se hallasen en los archivos romanos documentos incontestables que autorizasen su preeminencia: añadió estaba pronto á ceder fuera del concilio á cualquier sacerdote, pero en él, nadie despues del papa tenia mayor autoridad y preeminencia que su príncipe[16].
Los legados deseaban principiar el concilio; pero el corto número de obispos que hasta entonces habian llegado, y otros motivos que tenia el emperador, obligaban á D. Diego á detenerlo con sus justos y fundados reparos.
Ocupábase entre tanto en sus estudios; buscaba el trato de las personas sabias, y ofreciéndose celebrar el nacimiento del infante de España el príncipe D. Cárlos, acaecido en 8 de julio de 1545, dispuso tres solemnes fiestas, en que oraron el obispo de San Marcos, napolitano, sabio en latin y griego, Fr. Domingo Soto, y el elocuente fray Cornelio Muso.
Los cuidados, la aplicacion, ó la mudanza de aires alteraron su salud, y comenzó á padecer unas cuartanas, que le obligaron á retirarse á Venecia, y le molestaron muchos meses; pero no por esto dejó de cuidar de Sena, de su embajada de Venecia, y de lo del concilio, donde pasaba algunas veces. Al fin celebrado el congreso de Worms, le ordenó el emperador asistiese en Trento, porque no se dijese quedaba por sus ministros dar principio al concilio. En 13 de diciembre de 1545 se hizo la abertura tan deseada, con la mayor solemnidad, y se celebró la primera sesion, y en 7 de enero de 1546 la segunda, á las que no pudiendo asistir D. Diego por hallarse enfermo en Venecia, envió su secretario Alonso Zorrilla, para que hiciese presente su indisposicion[17]. La sesion tercera se tuvo en 4 de febrero del mismo año, y despues de la cuarta llegó á Trento D. Francisco de Toledo, embajador de Cárlos V, porque reconociendo D. Diego la terquedad de su indisposicion, y cuan necesaria era la asistencia de los embajadores imperiales, habia suplicado al César enviase otro en su lugar, como se le concedió, con la circunstancia de que el compañero ejerciese por sí solo las funciones de la embajada, ó en compañía de D. Diego, si la salud de este lo permitiese. D. Francisco pasó despues de cuatro dias á Padua á visitar á su compañero, para que le enterase á fondo de las instrucciones del emperador, de las de los legados, y del método que era menester seguir en un congreso tan sagrado y de tan delicadas circunstancias[18].
Aun sin estar libre de sus cuartanas, que fueron tan perniciosas que se llegó á temer de su vida, pasó de Padua á Trento á instancias de D. Francisco de Toledo, que volvió á visitarle, y del doctor Paez de Castro, que vino en su compañía; y juzgaron los padres tan necesaria su asistencia á la congregacion general que precedió á la sesion quinta, que la difirieron un dia, porque en el que se habia de celebrar, era el mismo en que sobrevendria la fiebre á D. Diego. Queriendo los legados proceder á la decision de los dogmas, D. Diego aconsejó á Don Martin Perez de Ayala (que habia llegado á Trento en el mes de setiembre de 1546, y le habia aposentado despues de muchos ruegos en su propia casa, tanto por el aprecio que hacia de sus virtudes y literatura, como porque habia sido confesor de su hermano el obispo de Jaen, ya muerto desde el año de 43), que como tan instruido en la materia de justificatione, que á la sazon querian decidir, manifestase el modo de pensar de los herejes, y notase las decisiones que pretendian hacer los legados por diminutas, y que no comprendian todos los errores de los protestantes. D. Martin Perez de Ayala pidió audiencia, peroró en ella una hora, expuso la materia, y de tal modo pintó sus consecuencias, que se examinó la doctrina mas de otros cuatro meses[19]. Aunque D. Diego rara vez concurria á las congregaciones particulares á causa de su indisposicion, quiso no obstante asistir á aquella en que fueron recibidos los embajadores de Francia, por dar mas solemnidad al acto, y manifestarles su buen ánimo, y la armonía que deseaba entablar, y mantener con ellos[20].
Por estos dias se publicó impresa en Venecia la Suma de los Concilios de fray Bartolomé Carranza, dominicano, famoso por su valimiento y su caida, dedicada á D. Diego, que respondió al autor en una carta latina aunque breve, elocuente y nerviosa. Juan Paez de Castro, célebre doctor cronista y capellan de honor de Felipe II, habia pasado á aquella ciudad recomendado á D. Diego por Gerónimo de Zurita, exacto historiador de Aragon, y por Gonzalo Perez, secretario de Felipe II, conocido por la traduccion de la Odisea, y mucho mas por los excesos de su hijo Antonio Perez. Procuró D. Diego adelantarle, comunicóle sus libros, quiso llevarle á vivir consigo, animóle á estudiar con teson, y á trabajar principalmente en la inteligencia y restitucion de los autores antiguos. Consta por las cartas de aquel sabio escritas á Gerónimo de Zurita, que habia leido la traduccion al castellano de la mecánica de Aristóteles hecha por D. Diego, quien tambien le habia hecho glosas: «Es tan bueno y tan humano, dice hablando de D. Diego, que puede V. decir: Nil oriturum alias, nil ortum tale fatentes. Su erudicion es muy varia, y extraña; es gran aristotélico y matemático; latino y griego, que no hay quien se le pare; al fin es un hombre muy absoluto. Los libros que aquí ha traido son muchos, y son en tres maneras: unos de mano griegos en gran copia; otros impresos en todas facultades; otros de los luteranos: todos estos están públicos para quien los pide, si no son los luteranos, que no se dan sino á los hombres que tienen necesidad de los ver para el concilio. Ha sido tan gran cosa esta, y tan grandemente dispuesta, que allende de grandes costas que ha excusado, ha dado gran luz á todos, que ni supieran que libros eran necesarios, ni de donde se habian de traer; á lo menos yo no sabia que hacerme en este lugar. Tienen todos creido que medrará mucho concluido este concilio, y que S. M. le hará obispo, y su santidad cardenal: plega á Dios que sea así, y en él estará todo bien empleado[21].» Así se explica aquel sabio aragonés, testigo ocular de las ocupaciones de D. Diego; y lo mismo aseguran cuantos eruditos le trataron. Eran por cierto necesarios testimonios tan irrefragables para creer que un político entregado á conocer, y manejar los intereses y ánimos de los soberanos, encargado de negocios gravísimos, atento á tantas formalidades como la vanidad ha introducido en aquella carrera, tuviese el tiempo, la aficion, y la abstraccion que se requiere para estudios tan profundos. El mismo D. Diego dice en una carta que en su vejez escribió á Zurita: «Estoy maravillado de los muchos libros que hallo leidos habiendo aprendido tan poco de ellos[22].» Anotaba lo que leía, y como los viajes le imposibilitaban llevar consigo su librería, le acaeció ilustrar tres y cuatro diferentes ejemplares manuscritos, ó impresos de un mismo autor. Agregaba la curiosidad de las monedas antiguas, de que habia hecho un gran tesoro. Ocurria á tantos gastos la liberalidad de Cárlos V, que por este tiempo le libró 9,000 ducados de ciertas cuentas, y le añadió una pension de 1,500 con el fin, segun parece, de destinarle embajador á Roma.
Á este tiempo declaró el emperador la guerra á los protestantes: toda Alemania se conmovió, algunos padres del concilio meditaban ausentarse, y aun los legados juzgaban oportuna la traslacion ó interrupcion del concilio, asustados del riesgo en que creían hallarse, por estar tan inmediato Trento á los paises enemigos. D. Diego sintió en extremo esta resolucion de algunos; hizo presente, que habiendo emprendido el emperador aquella guerra á favor de la religion, y principalmente á favor del concilio, le seria muy dolorosa la retardacion de este, y que no era buena correspondencia que el César emprendiese guerra de tanta consecuencia por mantener el concilio, y se disolviese este por causa de la misma guerra[23]. Pasó poco despues á Venecia, y antes se despidió de los padres dia 17 de julio por la tarde, en que se celebró junta con el motivo de la alteracion que habia ocurrido por la mañana, entre Dionisio Sanetin, obispo de Chiron, y el obispo de la Cava[24].
En Venecia se quejó amargamente á aquella señoría de las desconfianzas que habian tenido del emperador, y de que en fuerza de ellas hubiesen sospechado que Cárlos V intentaba sujetar toda la Alemania con pretexto de religion; por cuya causa habia procurado la señoría disuadir al pontífice la confederacion con el César, y habia recibido embajadores de las potencias enemigas. La respuesta fue excusar la señoría lo que se decia haber efectuado, y aparentar grande adhesion á los intereses del emperador.