Regresó á Trento, y volvióse á tratar de la traslacion del concilio, ya porque los legados recelaban de la inmediacion de los enemigos, ya porque se hallaban disgustados en Trento. D. Diego, á quien habia escrito el César su voluntad, expuso en una junta cuanto resistía este á la traslacion, de suerte que ninguna cosa podian proponerle mas repugnante, que la ejecucion de tales designios: manifestó con brio y elocuencia cuantas consecuencias podian resultar[25]. Poco despues se retiró D. Diego á Venecia, y D. Francisco de Toledo á Florencia, dejando en su lugar á los cardenales Madrucci y Pacheco, que siguieron con teson el empeño del César, aunque no con mucha felicidad, pues se celebró la sexta sesion el 13 de enero de 1547, y se publicó el decreto sobre la justificacion; y aunque D. Diego facilmente podia volver á Trento desde Venecia, se mantuvo en esta capital.

El emperador creyó que enviando á la corte de Roma á D. Diego, que la conocia exactamente, aceleraria las cosas del concilio. En efecto pasó de embajador al pontífice en 1547 llevando en su compañía á D. Martin Perez de Ayala. Pasó por Venecia, Bolonia, Florencia, Capilla, Risa, Luna, donde se detuvo el mes de febrero y marzo, muy cortejado del duque de Pomblin, con quien tenia que tratar varios encargos del emperador. Por pascua de resurreccion entró en Roma con el mayor triunfo y pompa que hasta allí habia entrado embajador alguno[26]: hizo poco despues presente al pontífice en un escrito las razones del emperador á favor del concilio, y los motivos que tenia para oponerse á la traslacion, ó suspension. El pontífice respondió apoyando la traslacion del concilio; y entre tanto se celebró la séptima sesion en 3 de marzo de 1548, é insistiendo los romanos en la traslacion, se valieron de la casualidad de haber muerto dos prelados, y algunos familiares de los legados para aparentar que habia peste. Opusiéronse con ardor los españoles, principalmente el cardenal Pacheco, pero al fin se resolvió la traslacion á Bolonia en la octava sesion celebrada en 11 de marzo, prevaleciendo cuarenta y cuatro votos contra doce que se opusieron, casi todos españoles. Estos dieron inmediato aviso al emperador, que cuatro horas despues de sabida la noticia, envió una posta á Roma, para que antes que el papa confirmase la traslacion, y se estableciesen los padres en Bolonia, se volviesen á Trento. Entre tanto habia vuelto á Roma D. Diego de Mendoza, y con su gran teson y eficacia logró se detuviesen todas las determinaciones en Bolonia. Mandó el pontífice á los legados no declarasen por legítima la traslacion, sino que prorogasen la sesion, como la prorogaron en la que se celebró el 21 de abril[27].

Empeñado Cárlos V en que el concilio volviese á Trento, mandó al cardenal Madrucci, que habia pasado á verle á Alemania, fuese á Roma, y de acuerdo con D. Diego de Mendoza persuadiesen al pontífice el restablecimiento del concilio por todos los medios que pudiesen. Dióle varias instrucciones para que las pusiese en ejecucion D. Diego, en caso que el papa no asintiese á peticiones tan justas. En efecto todo fue en Roma en vano, pues aunque D. Diego proponia que volverian á la ciudad de Plasencia, que por aquellos dias habia sacudido el yugo de los Farneses, pedia que primero se diese gusto al emperador trasladando el concilio. El pontífice juntó los cardenales, manifestó su agradecimiento al celo y buenos oficios del emperador, pero rehusó volver el concilio á Trento; y preguntándole al cardenal Madrucci, si queria oir el dictámen de los cardenales sobre la materia, respondió Madrucci: que D. Diego de Mendoza tenia que exponer aun á su beatitud y al sacro colegio otras órdenes del emperador. Cinco dias despues se presentó D. Diego, pidió pública audiencia, y que asistiesen á ella los embajadores de otros príncipes, para hacer una protesta con toda formalidad; expuso en ella la necesidad de volver el concilio á Trento, y los gravísimos inconvenientes que se originarian de la tardanza: interrumpióle el pontífice muchas veces, imputó la culpa á los padres de Trento, y añadió que deliberaria con los cardenales la respuesta: retiróse D. Diego, y convinieron en consultar á los padres de Bolonia, quienes respondieron no rehusarian la traslacion á Trento; pero que era exponer la iglesia universal á mayores perturbaciones: manifestaban la conveniencia y facilidad de que los de Trento volviesen á Bolonia; y en resolucion dejaban las cosas en el mismo estado, y la determinacion en la voluntad del pontífice[28].

Informado por D. Diego el emperador de las intenciones de la corte romana, ordenó á Francisco de Vargas y á Martin Soria Velasco, sus procuradores, protestasen tambien en Bolonia, como lo ejecutaron con todas las formalidades de derecho; pero no recibiendo sino respuestas generales, se ausentaron de Bolonia al siguiente dia[29].

Todas estas contestaciones fueron leves respecto de la protesta que volvió á hacer en Roma D. Diego, luego que tuvo noticia de la que acababan de hacer los procuradores. Pidió audiencia pública al pontífice, asistencia de los cardenales, el concurso de todos los embajadores, y se presentó con toda ceremonia en aquel silencioso congreso, é hincado de rodillas con la gravedad de su carácter leyó en nombre del emperador una vehementísima protesta, y acabada se volvió á los cardenales, y les intimó lo mismo, caso que el pontífice no pusiese remedio: añadió las fórmulas del derecho, puso por testigos á todos los presentes, y pidió á todos los secretarios pusiesen en las actas su protesta. Oyóse con gran silencio el discurso, nadie le interrumpió, y en todos hizo la impresion que se deja entender, de un emperador tan poderoso é irritado[30].

El pontífice dijo á D. Diego se le daria respuesta en el inmediato consistorio, en el que se leyó una compuesta por el cardenal Polo, en que repetia las razones generales, celo del papa, trabajo, y peligro del concilio, y tomaba por medio en ella imputar á excesos del embajador las proposiciones mas vehementes de la protesta; de suerte que decia ser írrita, porque el encargo que el emperador habia hecho á D. Diego era, no de entablar contestacion alguna con el papa, sino de quejarse ante su beatitud como juez de los padres de Bolonia: refutó pues las razones del embajador, quien al acabar de oir la respuesta, volvió á protestar, negó haberse excedido, y pidió que de lo actuado no parase perjuicio á su soberano[31]. Sentido el papa, y confiado en la liga con Francia, y en otros tratados políticos, respondió en otra ocasion á varias instancias de D. Diego, «parase mientes en que estaba en su casa, y que no se excediese:» á lo que respondió: «era caballero, y su padre lo habia sido, y como tal habia de hacer al pie de la letra, lo que su señor le mandaba, sin temor alguno de su santidad, guardando siempre la reverencia que se debe á un vicario de Cristo, y que siendo ministro del emperador, su casa era donde quiera que pusiese los pies, y allí estaba seguro.»

En los quince dias inmediatos se proyectaron varios medios para la reconciliacion, particularmente por los italianos, que temian mas ruidoso rompimiento; pero manteniéndose D. Diego firme, nada se efectuó. En situacion tan difícil eligió el papa suspender el concilio: D. Diego se opuso con la mayor eficacia; intimó al papa protestaria mas fuertemente; pensáronse varios medios para restablecer la paz; todo tenia sus inconvenientes, nada se efectuó, y en tan congojosa incertidumbre murió Paulo III, á 10 de noviembre de 1549. Ascendió al pontificado en 7 de febrero del siguiente año el cardenal Juan Maria de Monte, que habia sido legado del concilio[32], quien tenia muy conocido el mérito de D. Diego, y le estimaba tanto, que ya por su amistad, ya porque esperaba llegaria por él á restablecer la buena armonía con el César, y á recaudar los derechos de la Santa Sede sobre Parma y Plasencia; concedió por solas sus súplicas el perdon á Ascanio Colona, y le volvió todos los lugares y honores de que le habia despojado muchos años antes su antecesor[33]. Pero en lo que mas se conoció su amistad, ó su celo, fue en rendirse á las repetidas instancias que le hizo para restablecer el concilio. Determinóse á ejecutarlo así, y acelerar la determinacion, principalmente porque D. Diego le hizo presente que el emperador pedia pronta respuesta sobre este punto, significando que las resoluciones que habia de tomar en la dieta de Augusta, asignada para 24 de junio, serian adversas ó favorables segun la resolucion del papa. En efecto este expidió un diploma, para que se diese principio al concilio en 1.º de mayo de 1551, y así se ejecutó, asistiendo de embajador del César D. Francisco de Toledo, que llegó á Trento en 29 de abril del mismo año[34].

Por este tiempo se mantenia D. Diego en Sena, cuyos habitantes de dia en dia se precipitaban mas. Habia en la ciudad dos bandos principales, el de Danove afecto á los españoles; y el restante pueblo muy adverso; y comprendiendo el gobernador por las enemistades de los particulares, la imposibilidad de sujetarlos por la via de la moderacion y buen término, como habia procurado en los principios, se arrimó á los primeros, y cargó reciamente la mano sobre los contrarios para sujetarlos. Habia edificado una fortaleza junto á la puerta Camoria, camino de Florencia, y mandó que todo el pueblo condujese allí sus armas, tratándolos con gran severidad y absoluto despotismo; pues aquellos ánimos enconados requerian remedios mas fuertes que su encono: estaban sumamente cansados de los españoles, y resueltos á sacudir el yugo; buscaron el apoyo de los franceses, que le concedieron con gran prontitud y complacencia, persuadidos les seria aquella ciudad un seguro puerto, desde donde se extenderian á toda la Italia, como pretendia Enrique II. Exasperados los seneses mas y mas, y llenos de audacia con la proteccion de los franceses, hacian cuanto daño podian á los españoles; y un dia que D. Diego paseaba á caballo al rededor de la fortaleza, dispararon contra él y le mataron el caballo. No se atemorizó por esto: pasó á Roma, y para conservar á Sena, y lo demás que pudiese, pues sabia la venida de la armada turquesca contra las costas de Italia, levantó tres mil italianos, los entregó al conde Petillano, su íntimo amigo, disimulado enemigo de los españoles. En conclusion Sena se levantó, sitiaron la fortaleza, levantaron tropa, recibieron socorros y capitanes de Francia, y D. Diego, luego que tuvo la noticia, se valió de Ascanio de la Corna, nepote del pontífice, y llevándole consigo fue á Perugi, y al castillo de la Piebe, confinantes á Sena, para proveer de allí lo que fuere conveniente; pero considerando las muchas fuerzas de los seneses, dejó allí á Ascanio, pasó á Liorna, y en naves del duque de Florencia se fue á Orbitelo, adonde juzgaba querian dirigirse los enemigos. Al fin el marqués de Mariñano, general de los imperiales, venció á Pedro Stroci, general enemigo, sitió á Sena, y á los quince meses de sitio la rindió con condiciones muy humanas y decorosas al emperador en 22 de abril de 1555[35].

Viendo el César que se necesitaba de mas continuo cuidado, nombró por gobernador de Sena y sus dependencias al cardenal D. Francisco de Mendoza, que como pariente de D. Diego habia contribuido mucho para enviar socorros, y para que el duque de Florencia se resolviese á defender el partido del emperador. D. Diego parece habia vuelto á Roma á continuar su influjo sobre el concilio; y allí ocurrió que habiendo faltado al respeto debido al emperador el barrachelo ó alguacil cabeza de los esbirros, le hizo castigar; por lo que indignado el pontífice, dió quejas al emperador, quien sabia muy bien no gustaba aquella corte de D. Diego, porque la tenia muy comprendida; y así resolvió apartarle de aquella embajada, y á principios del año 1551 habia enviado por embajador extraordinario á Roma á D. Juan Manrique de Lara, hijo de los duques de Nájera, con órden de que si no se hallaba en aquella capital D. Diego, pasase por Sena donde estaria, y le comunicase las instrucciones, para que como informado en los negocios, le advirtiese y dirigiese en el manejo necesario y ejecucion de las órdenes que llevaba. En el mismo año volvió otra vez Manrique á Roma, y escribiendo al César el pontífice, le dice entre otras cosas, que no diese oidos á malas lenguas que no comprendian las entradas de su corazon, ni él se las queria descubrir; que no decia esto por D. Diego de Mendoza, á quien queria mucho por su valor é ingenio, y depositaba en él la misma fe que S. M.; pero que donde se trataba el interés público, el particular y privado podian poco con él[36]. Esto fue en el tiempo en que se ocupaba D. Diego de Mendoza en levantar gente en la Romanía, tanto para defender las costas de Italia de los turcos, como para enviar á las de África amenazadas por este enemigo comun, y así remitió mil italianos y muchos pertrechos con Antonio Doria y D. Berenguer de Requesens.

Parece se volvió á España por los años 1554, donde se mantuvo en el consejo de estado, y acompañó á Felipe II en la gran jornada de San Quintin el año 1557, como él mismo da á entender ponderando el número, provision y buen órden de aquel ejército. Vuelto á la corte de España se mantuvo en ella, no con la aceptacion de político tan sabio como era, y de quien habia hecho tanta estima Cárlos V, ya porque su conducta en la Italia no agradó á Felipe II, ó ya, porque como él mismo decia quien decae en el valimiento, decae muchos grados.