Algun tiempo antes escribió dos célebres cartas críticas, agudas, elocuentes, y llenas de los mas delicados primores del lenguaje castellano sobre la Historia de la guerra de Cárlos V contra los luteranos, que publicó en folio en 1552 Pedro Salazar. Tomó el disfraz del bachiller Arcade: en la primera le critica abiertamente; y en la segunda aparenta que le excusa, pero le agrava con igual acrimonia sus yerros[37].
Acaecióle tambien, que hallándose en palacio tuvo palabras muy pesadas con cierto caballero, de suerte que se vió en la necesidad de quitarle un puñal, y arrojarlo por un balcon. Desagradó mucho al rey D. Felipe este hecho ruidoso; parece le mandó prender, como se infiere de algunos lugares de sus poesías, y aun salió desterrado de la corte en la edad de 64 años que habia gastado en importantes servicios de la corona. No quebrantó su constante ánimo esta desgracia, y procuró justificarse en una carta escrita á un ilustrísimo señor que quizá seria D. Diego de Espinosa, obispo de Sigüenza y presidente de Castilla, de que hay copia entre los manuscritos de Alvar Gomez de Castro en la Biblioteca Real. En ella se mencionan varios lances mucho mas pesados que el suyo, sin que se hubiese procedido contra los que los cometieron con tanto rigor, y acaba así: «Pudiera traer muchos ejemplos demás de estos de hombres que se ha disimulado con ellos, ó han sido restituidos brevemente, y no fueron tenidos por locos; solo D. Diego de Mendoza anda por puertas ajenas, porque de 64 años tornando por sí, echó un puñal en los corredores de palacio, sin poder excusarlo, ni exceder de lo que bastaba. Y porque no me tengan por historiador, dejo de poner otros muchos ejemplos, y si estos no bastaren, allá irá mi mudo que hablará por todos.»
No bastaron sus disculpas para aplacar el ánimo de Felipe II: se retiró despues á Granada donde vivió tranquilamente en el estudio, separado de los negocios públicos, aunque previendo las alteraciones que sobrevendrian en aquel reino por causa de los moriscos, y poca armonía del capitan general y presidente de la chancillería, como se vió en el año de 1568, 69 y 70 que principió y duró aquella guerra, parte de la cual vió D. Diego y parte oyó de las personas que en ella pusieron las manos y el entendimiento: así la escribió con verdad y con tan útiles reflexiones, que con dificultad se hallará otra en castellano que la iguale, y ninguna que la exceda.
Mantúvose en Granada todos aquellos años entregado á sus estudios, sin que dejase la diversion de la poesía, como se ve en la cancion que dirigió á D. Diego de Espinosa, presidente de Castilla, celebrando el capelo que la Santidad de Pio V le confirió en marzo de 1568: en ella le trata como amigo é insinua en la última estrofa lo que padecia desterrado. Allí era consultado de los sabios sobre las ciencias, principalmente sobre las antigüedades de España, como consta de Ambrosio Morales en la dedicatoria que dirigió á D. Diego, donde confiesa su extraordinaria erudicion en la geografía, y su gran juicio y exactitud en averiguar qué sitios y pueblos modernos corresponden á los nombres de los lugares y ciudades antiguas, para lo cual hacia muy útil uso de las lenguas griega, hebrea y árabe, que nunca dejó de cultivar; y en este tiempo particularmente se dedicó á investigar las antigüedades arábigas, convidado de los muchos monumentos que se encontraban en Granada. Juntó mas de cuatrocientos códices árabes de erudicion muy recóndita, como lo aseguró á Gerónimo de Zurita con quien tuvo particular amistad, y á quien habia servido con fineza, procurando vencer los obstáculos que los émulos de aquel historiador opusieron á los Anales de Aragon. Comunicóle tambien algunas noticias para ellos con deseo de que insertase su nombre en aquella historia cuando ya casi iba á cumplir setenta años, como lo dice en carta de 9 de diciembre de 1573: de donde se infiere con certeza el tiempo de su nacimiento[38].
Por este tiempo en que la avanzada edad y enfermedades le iban postrando el ánimo, buscó consuelo en la comunicacion con Santa Teresa de Jesus, que le escribió una respuesta complaciéndose la santa, y otras religiosas que nuestro autor comunicaba, por la resolucion que habia tomado de aspirar á la virtud; nota en la misma carta que era muy conocido y estimado del padre fray Gerónimo Gracian, que acompañó á la santa en el restablecimiento de su reforma, que segun se infiere del contexto de ella, habia pedido D. Diego en dia determinado particulares oraciones, y la santa le responde, tenian concertado comulgar todas aquel dia por D. Diego, y ocuparlo lo mejor que pudiesen[39]. No vivió mucho tiempo despues de esta comunicacion. Parece que Felipe II le permitió venir á la corte, ó para justificarse, ó para liquidar algunos asuntos pendientes. Encomendó á Zurita le buscase vivienda proporcionada, é inmediata á la suya: juntó sus libros que ofreció al rey[40]: se puso en camino; á pocos dias de haber llegado á Madrid le acometió la última enfermedad, procedida del pasmo de una pierna, y le acabó la vida en abril de 1575, aunque Chacon en su Biblioteca afirma murió en 1577.
En 1610 publicó en un tomo en cuarto impreso en Madrid algunas de sus poesías Fr. Juan Diaz Hidalgo, del hábito de San Juan, que las escogió entre otras muchas del autor con este título: Obras del insigne caballero D. Diego de Mendoza, embajador del emperador Cárlos V en Roma, y le dedicó á D. Iñigo Lopez de Mendoza, cuarto marqués de Mondejar. Dejó de publicar otras muchas, ya por lo raro de las materias de que tratan, ya porque no son para que vayan en manos de todos.
Pero lo que mas crédito le ha dado entre los sabios es la Historia de la guerra de Granada, de la cual, si se hubiese de hacer una analísis exacta, era menester dilatarse mucho; con todo no podemos dejar de notar que nuestro autor refiere en ella, no solo las acciones, sino que copia con viveza los ánimos, caractéres, é intenciones de los personajes; descubre las causas de las resoluciones, ó diferentes, ó encontradas; nota las competencias fútiles é intempestivas y los intereses particulares; é internándose en los corazones, los delinea con tanta exactitud, que en vista de los sucesos convence no podian pensar de otra manera. Pinta los enemigos como fueron, pero confiesa nuestro descuido y pérdidas, reconoce sus yerros, pero manifiesta los excesos de nuestras tropas: alaba á los moros cuando lo merecen, y vitupera los defectos en que alguna vez incurrió su mismo hermano. En fin yo no encuentro quien haya imitado con mas acierto á Salustio y á Tácito, á quienes imita en las sentencias y estilo: la proposicion es imitacion de la historia de Tácito, la oracion del Zaguer es elocuentísima, concisa, muy nerviosa, cortada al aire de Demóstenes. Las digresiones, aunque son en gran número, ganan la atencion por su novedad, y porque toca en ellas muchos usos de nuestra antigua milicia. El lenguaje y estilo son á juicio de D. Juan de Palafox lo mejor que tenemos en castellano, y D. Nicolás Antonio coloca su elocuencia inmediata á la verbosidad de fray Luis de Granada. Verdad es que algunos le notan de que se vale de términos muy latinizados, ó muy oscuros; pero esto puede ser porque así se usasen en su tiempo, ó porque los creía mas puros mientras menos apartados de su orígen.
Por los hechos y escritos referidos, se puede hacer juicio de su ánimo y carácter; tuvo religion sin mezcla de supersticiones; fue tenaz y constante en los empeños que emprendia; resuelto é incapaz de miedo en la ejecucion de ellos, zeloso del bien público que defendia, aun exponiendo su persona; diestro en el manejo de los negocios, perspicaz en el conocimiento de las personas, de las que se valia el tiempo que le aprovechaban. Esto como ministro público. Como particular era afable, humano, amigo y protector de los sabios, inclinado á honestas diversiones, á la conversacion de hombres doctos, los que trató como amigos. Declinaba tal vez en algunas chanzas y agudezas satíricas, como lo manifiestan muchas de sus poesías inéditas, y algunas impresas. Aun hablando del gravísimo empleo de embajador, se burla delicadamente, y escribe así á D. Luis de Zúñiga:
¡O embajadores puros majaderos!