Desde que el General Lavalle se puso en campaña; él era el hombre de pensamiento y de accion de la Comision Arjentina, cuyo encargo principal consistia en proveer de recursos al ejército, para lo cual casi era necesario hacer milagros. El mantenia las relaciones de esta con el ejército revolucionario, con los agentes franceses, y con el gobierno oriental. Su casa era el punto de reunion de la emigracion arjentina. Cultivaba especialmente con esmero la amistad de la juventud, cuyos sentimientos patrióticos inflamaba, y cuyo amor al estudio estimulaba.
Los agentes de la Francia habian estipulado una alianza formal con el general Lavalle, cuyo objeto era la destruccion de la tirania de Rosas y el establecimiento de gobiernos regulares en la república arjentina. El general Lavalle habia atravesado el Paraná, y operaba ya en el territorio de Buenos Aires, cuando se presentó el Almirante Mackau, con algunos refuerzos y ámplias facultades para obrar. El Almirante prefirió la via de las negociaciones é hizo la paz con Rosas. El Dictador afirmó así su poder, y la reaccion liberal terminó por entonces en una série de desastres.
El Dr. Varela publicó con ese motivo uno de sus escritos políticos mas notables, titulado: Sobre la convencion de 29 de Octubre de 1840, desarrollo y desenlace de la cuestion francesa en el Rio de la Plata. En este papel lleno de nervio y de elocuencia, presentó Varela en su verdadera luz la vergonzosa transacion por la cual un Almirante francés dejó á merced de un enemigo feroz á los aliados de la gran nacion.
Varela escribia en esta ocasion bajo el peso de toda clase de infortunios. El folleto se dió á luz el 29 de Diciembre. El 20 de Octubre habia perdido una hija, el 29 se habia concluido el tratado que daba un golpe fatal á su partido; el 28 de Noviembre el ejército libertador era completamente batido en el Quebrachito; y en los momentos mismos de terminar aquel escrito recibia la noticia de haber sido asesinado en esa misma batalla, su hermano Rufino, á quien Varela amaba como á un hijo!
Tantas fatigas de espíritu y de cuerpo, la incesante consagracion á la cosa pública, los acerbos pesares devorados en secreto por los desastres de la revolucion y por las causas que los producian y que la generalidad ignoraba, la asídua contraccion á su bufete que le daba el pan para su numerosa familia; todo esto agotó al fin las fuerzas de Varela. A mediados del año 40 ya habia tenido necesidad de hacer un pequeño viaje á Martin Garcia. Le hemos oido referir la viva emocion que sintió su alma al divisar en aquel viaje las torres de la ciudad natal en lontananza; el buque contrariado por los vientos se habia puesto á la vista de Buenos Aires; aquella fué la última despedida de la patria. A principios de 1841, su vida se encontró seriamente amenazada por una afeccion pulmonar. Sus médicos le prescribieron hacer un viage al Brasil; y el 31 de Mayo se embarcó con su familia para Rio Janeiro, donde llegó el 14 de Junio, despues de un viage peligroso.
Una semana antes de partir, tuvo lugar en Montevideo un certámen poético, en celebracion de la Revolucion de Mayo. Varela fué uno de los jueces, y escribió el juicio de la comision, que insertamos en este repertorio.
Luego que el Dr. Varela llegó á Rio Janeiro; sintió una mejoría notable en su salud. Allí consagró principalmente su tiempo á preparar los elementos que debian servirle para escribir la historia de su pais, pensamiento que le ocupaba hacia algunos años.
Cinco meses empleó en escudriñar la Biblioteca pública de aquella capital, en la cual encontró y estractó documentos preciosos relativos á la historia política de estas regiones cuando aun eran colonias.
Se dedicó al estudio de los materiales que habia acopiado durante muchos años y recibió de D. Bernardino Rivadavia, que allí residia, noticias ignoradas y papeles y documentos de la mayor importancia. Entre ellos, y de letra del general Belgrano, todos los relativos á la célebre negociacion con Carlos IV, [ó mas bien con el conde de Cabarrus,] y todos los papeles diplomáticos relativos á su mision á Europa. Obtuvo tambien el autobiografia de Belgrano, y algunas notas curiosas sobre la revolucion de Alzaga en 1812, y sobre la causa contra este mismo personaje en 1809.