Viuda á muy poco su madre, y en extrema pobreza, pasó con sus hijos á la villa de Arévalo y después á Medina del Campo. Allí halló Juan un noble protector en don Alonso Alvarez de Toledo, administrador de un Hospital de la villa. En este Hospital cuidaba Juan de los enfermos y era en edad de doce años grave y pensativo.
A los veintiuno entró como novicio en el Monasterio de Santa Ana, de los PP. Carmelitas, en Medina, y en este mismo Monasterio profesó á su tiempo, con el nombre de Fray Juan de Santa María.
Enviáronle sus superiores á estudiar teología en Salamanca, y aconsejado por Santa Teresa, ingresó en la Orden expresada de Carmelitas descalzos. Discordias entre los calzados y los descalzos, fueron causa de persecuciones para Fray Juan de la Cruz, que así se llamó al cambiar de Orden. Fué trasladado á Toledo y allí encerrado en el convento de observantes sujeto á duras penitencias.
Por inspiración divina, nunca nos falta en semejante caso, recibió la orden de fugarse y así lo ejecutó, descolgándose por una ventana. Refugióse en un convento de monjas y huyó después á Almodóvar. De allí pasó á Granada y fué nombrado, primero, definidor de la Orden, y después, vicario de la casa de Segovia.
Mal hallado su natural humilde en estos cargos, se retiró al desierto de la Penila, en Sierra Morena, y allí, caballero andante á lo divino, como Don Quijote, hizo penitencia, aunque por más alta Dulcinea.
Quebrantada su salud, hubo de recogerse en el convento de Ubeda, y allí murió á 14 de Diciembre de 1591.
Fué canonizado en 1674. Su cuerpo está en Segovia en el convento de la Orden.
Fué San Juan de la Cruz el místico por excelencia. La vulgar acepción considera místicos á muchos escritores, que en rigor sólo pueden ser llamados devotos y cuando más, ascéticos. De los españoles, sólo Santa Teresa, en «Las moradas», el beato Juan de Avila, algunas veces, pueden ser considerados como místicos en el verdadero sentido del misticismo.
El misticismo, ha dicho Matter, se eleva sobre la ciencia positiva y la especulación racional y aspira al elevarse, á la intuición en lo metafísico, en lo moral á la perfección.