Las primeras noticias que tenemos de que Milton intentase escribir un poema épico, se refieren a la época de su viaje al continente. Los elogios que le tributaron en Florencia, indican que algo de este propósito manifestó a sus amigos de aquella ciudad. En los versos que dirigió a Manso en Nápoles, pocos meses después, explícitamente declara su intención, pero el asunto que entonces le ocupaba, era el Rey Arturo y el espíritu caballeresco de aquellos tiempos. En su tratado del Gobierno de la Iglesia, publicado en 1641, vuelve a hablar de su proyecto, pero es con referencia también al Rey Arturo. No sabemos cuándo o por qué dejó el asunto británico por el bíblico; pero es lo cierto que en 1658 había ya variado de resolución, pues algunos años antes, Philips y otros amigos habían visto fragmentos del poema, especialmente el Apóstrofe de Satán al Sol, que apareció después en el Paraíso perdido. Es por consiguiente de suponer que ocho o diez años antes se ocupaba el poeta en este asunto y estaba más o menos resuelto a escribirlo, y que unos siete años antes de su publicación, era obra que resueltamente traía entre sus manos. La primera forma que pensó dar a su obra, sabido es que era la de un drama; los manuscritos de Milton en Cambridge, nos dan por anteriores dos planes dramáticos sobre la Caída del Hombre, trazados de un modo semejante al de los antiguos misterios; mas por fortuna abandonó aquella idea, en la cual parece que insistió muy poco.
La causa más poderosa que le sugirió tan sublime asunto es probable que dependa de los nuevos pensamientos a que se entregó al regresar a Inglaterra en 1639. Estando aún en Cambridge, el disgusto con que veía el giro dado a los sucesos de la Iglesia anglicana, le apartó del propósito de hacerse clérigo. Su Lycidas manifiesta que pensaba así cuando estaba escribiendo aquel poema; pero su residencia en Horton y su viaje continental comprenden el intervalo que puede decirse más brillante de su vida, y si esta le hubiera sonreído después del mismo modo, es probable que el poema épico hubiera sido el caballeresco. La lucha entre Carlos y el Parlamento, que engendró la guerra civil y las graves cuestiones de la libertad civil y religiosa, absorbieron su atención, y no solo avivaron el espíritu religioso que descubrió en sus primeros años, sino que le arraigaron más en él, y por decirlo así, constituyeron sus ulteriores hábitos.
En otra parte hemos dicho que Milton entregó el manuscrito del Paraíso perdido a Wood en Chalfont, y mencionado también la observación del Cuáquero, amigo del poeta, que quien había escrito el Paraíso perdido, bien podía escribir el Paraíso recobrado, en lo cual alude al poema conocido después con este nombre. Milton volvió a Londres en 1666, probablemente a principios de año. El retraso que experimentó la publicación en 1665 por la peste, continuó en setiembre de 1666 por el gran incendio de Londres, que paralizó, como no podía menos de suceder, toda empresa por parte de los autores y libreros. Pero Milton había escrito la mayor parte, si no todo su Paraíso recobrado, falto de libros en su humilde habitación de Chalfont, así como su gran poema entre las incesantes distracciones producidas por la agitación y los peligros que combatieron a la República los cinco primeros años de su existencia, y entre los temerosos acontecimientos que acompañaron a la Restauración; pero desplegando toda su energía y aliento, se introdujo en la ciudad donde la peste acababa de hacer tantos estragos sin perdonar morada alguna, y donde a consecuencia del incendio, estaban sembradas las calles de ruinas y confusión, con el fin de hallar un librero bastante animoso para emprender la publicación de un poema épico en diez libros.
Halló, sin embargo, Milton el hombre que buscaba en la persona de Samuel Simmons; y todo el mundo sabe los términos del convenio que se realizó entre el poeta y este editor. Al firmarse el contrato recibió el autor cinco libras, y si se vendían los mil trescientos ejemplares de la primera edición, recibiría otras cinco. Si de la segunda edición se despachaba igual número, percibiría la misma suma, y otro tanto de la tercera, en el supuesto de que ninguna edición había de pasar de mil quinientos ejemplares; de manera que la venta de más de cuatro mil ejemplares no produjo al autor más que veinte libras. La primera edición se anunció perfectamente encuadernada y al precio de tres chelines. Milton firmó su convenio con Simmons el 27 de abril de 1667; el 26 de abril de 1669 recibió las segundas cinco libras, habiéndose agotado los mil quinientos ejemplares estipulados de la obra en aquellos dos años. La segunda edición no se imprimió hasta 1674, en que, como ya Milton no vivía, nada pudo recibir; así que todo lo que llegó a sus manos por producto del Paraíso perdido fueron diez libras. La segunda edición se vendió en el espacio de cuatro años, y al imprimir la tercera en 1681, Simmons entregó a la viuda de Milton ocho libras, importe del derecho de autor. Simmons vendió la propiedad al librero Brabazon Aylmer en veinticinco libras, y en 1683, pasó de Aylmer a Jacobo Tonson en precio mucho mayor. En el transcurso de veinte años se publicaron seis ediciones, y se vendieron de siete a ocho mil ejemplares. En 1688 apareció una hermosa edición en folio, bajo los auspicios del gran jurisconsulto whig, lord Somers, y con una lista que excedía de quinientos suscriptores, entre los cuales figuraban los hombres más distinguidos por su posición y su fama literaria: hechos que hacían más honor al público de aquel tiempo que al comercio de librería.
La Historia de Inglaterra de Milton, que tanto le había dado que pensar en ocasiones, no se publicó hasta 1670, pero muy mutilada por el censor, y, según dicen algunos, con intercalaciones posteriores, so pretexto de restablecer los pasajes suprimidos. En 1671 apareció el Paraíso Recobrado, juntamente con el Hércules Sansón. En 1673 el poeta dio a luz su tratado de la Verdadera religión, la herejía, el cisma, la tolerancia, y que medios adecuados debían emplearse contra la preponderancia del Papado. Por aquel tiempo, el país estaba cada vez más alarmado, y no sin razón, por temor de que ascendiese al trono un papista, y por el nuevo ascendiente con que amenazaba el romanismo. Milton excitó a todos los protestantes para hacer causa común contra el enemigo; en el mismo año reimprimió sus primeras poesías con algunas adiciones y correcciones, y su Tratado sobre educación; pero en la puntuación y en algunos otros pormenores, fue esta edición menos esmerada que la primitiva. En 1674, último de su vida, el venerable vate publicó sus Cartas familiares en latin; y una traducción, también en latin, de la Declaración de Poles en favor de Juan III, que se dio en el mismo año, se le atribuyó asimismo.
Durante sus últimos años, Milton sufría mucho de la gota, de cuyas resultas se dice que murió. El 8 de noviembre, a los sesenta y seis años de edad y en su casa de Bunhill Fields, pasó su espíritu a mejor vida. Parece que su muerte tuvo lugar sin que la precediesen grandes síntomas, pero él hacía mucho que tenía el presentimiento de que no estaba lejana y hablaba de ella a su familia con la mayor entereza y serenidad, y sin muestra alguna de temor. Sus restos fueron sepultados al lado de los de su padre, en el presbiterio de San Gil, de Cripplegate. Toland dice que a sus funerales concurrieron «todos los hombres ilustrados y todos sus amigos de Londres, además de una gran concurrencia del vulgo.»
Era Milton de estatura más bien pequeña que alta. La afeminada belleza que le distinguía en su juventud, se convirtió en una regularidad varonil de facciones cuando creció en años. Sus retratos manifiestan que llevaba partido el pelo en mitad de la frente, con melenas que le caían por encima de los hombros; era de color moreno claro, y sus ojos pardos, conservándose naturalmente abiertos aun después de haber quedado ciego. En la flor de su edad tenía el cuerpo erguido y cierto aire de intrepidez. Un clérigo de edad, que le vio en sus últimos años, le pinta en una pequeña habitación, sentado en una silla de brazos, vestido de negro, pálido aunque no cadavérico, con las manos y los dedos hinchados de la gota y untados de greda. Dícese que acostumbraba también a estar sentado con un levitón gris de abrigo a la puerta de su casa, cerca de Bunhill Fields, en los días de gran calor para tomar el fresco, y que allí lo mismo que en la sala, recibía las visitas de las personas distinguidas que iban a verle. No contrajo la gota por entregarse a una vida regalada, dado que una de sus costumbres invariables era la sobriedad. Bebía muy poco vino, y era muy parco en la comida. En sus primeros años abusaba mucho de la vista y de la salud con el trabajo nocturno; en lo sucesivo empleaba la noche de otro modo, acostándose a las nueve y levantándose, en verano a las cuatro, y en el invierno a las cinco. Si no podía levantarse a esta hora, hacía que alguno le leyese, y así que se levantaba, prestaba atención a la lectura de un capítulo de su Biblia hebraica. Seguía estudiando hasta el mediodía; después de dar un corto paseo, comía, tocaba un rato el órgano, y cantaba, o rogaba a su esposa, que tenía muy buena voz, que le acompañase. Volvía luego a sus quehaceres mentales hasta las seis; de las seis a las ocho recibía a las visitas; entre ocho y nueve tomaba una sopa de aceite y un corto alimento, fumaba una pipa, se bebía un vaso de agua, y se retiraba a descansar. Uno de sus biógrafos dice «que era de carácter grave, no melancólico, no lo fue por lo menos hasta la última parte de su vida, ni displicente, ni moroso, ni atrabiliario, sino de ánimo sereno, de ánimo que no descendía a cosas pequeñas.» Aubrey, aunque asegura que era satírico, lo cual no puede dudarse que lo fue en ocasiones oportunas, más adelante añade «que aun durante sus ataques de gota estaba alegre y cantaba.» Por su hija menor sabemos también que «su padre era de un trato delicioso, de una conversación llena de vida, no solo por lo interesante de los asuntos, sino por su natural gracia y finura.» Su vida, que era sencilla y virtuosa, siguió siéndolo hasta el fin.
La mayor parte de los biógrafos de Milton se lamentan de que distrajera su genio por espacio de veinte años de la poesía, y lo dedicara a la política; pero la política que profesaba no era la común; había llegado el tiempo crítico en que era preciso resolver si Inglaterra había de ser libre o no serlo, patria de una enérgica libertad, o triste imitadora de las serviles monarquías del continente. Había allí hombres nacidos, no para servirse a sí propios, sino para servir a su país y a la humanidad. Semejantes hombres pueden arrostrar mil penalidades, y hallar, sin embargo, gusto en la esperanza de que cumplen con un deber; pero estos forman comparativamente un número muy exiguo, y Milton entre estos pocos, figuraba en primera línea. Su poesía hace honor a su genio, y sus servicios como patriota no son menos gloriosos a su dignidad moral. Él mismo nos dice que para proceder de manera que no tuviera que avergonzarse perpetuamente de sí, era indispensable subordinar su amor por la poesía al amor de su país y de la libertad. Para usar de su propio concepto, en aquella contienda secular únicamente ponía la mano izquierda; la derecha, que era por su naturaleza más diestra y vigorosa, hallaba su verdadero empleo en cosas más sublimes. Sin embargo, sus escritos políticos, que podían considerarse como una excepción, constituían un poderoso impulso bajo el aspecto de la libertad general, impulso, que como otros muchos no feneció, según comúnmente se cree, al asomar la Restauración. Sin la revolución de 1640, difícilmente sabríamos lo que había acontecido desde 1688.
Pero nuestro insigne poeta, como se ve en hombres más a propósito que él para las cuestiones de estado, mostraba mayor aptitud para destruir lo malo, que para producir lo bueno que había de sustituirlo. Según la opinión general, Milton era un fervoroso republicano, pero de hecho se inclinaba al gobierno ejercido por los más ilustrados y virtuosos; y la cuestión de si los más sabios y virtuosos se hallan con preferencia en una república, en una oligarquía, en una monarquía, o en todos estos sistemas combinados, era cuestión secundaria que solo concernía a la relación en que se hallan los medios con los fines. Juzgando de la monarquía por lo que casi siempre había sido, o más bien por lo que había sido recientemente en su país, no abrigaba esperanza alguna de salvación por aquel camino. De aquí la gran dificultad que se originaba para averiguar cómo construir la máquina de un gobierno democrático de manera, que ofreciese las mayores ventajas posibles y los menores inconvenientes anejos a esa misma utilidad.
Nada más distante de su pensamiento que la persuasión de que el mejor gobierno fuese el de la muchedumbre. Deseaba que cada pueblo fuese una ciudad, y cada ciudad como Florencia o Venecia, dotada de grandes poderes legislativos y administrativos; sobre estos hubiera establecido, no una cámara de los comunes, sino un gran consejo, de carácter permanente y revestido de la autoridad suprema, y para dar consistencia a este consejo, dice, hubiera «sido bien reformar y perfeccionar las elecciones, no entregándolo todo al tumulto y clamoreo de una multitud ignorante, sino concediendo a los más justamente notables el nombrar a los que quisieran, y además de este número, otros de más selecta procedencia que eligiesen un número menor más rigurosamente; hasta que después de purificar y mejorar por tercera y cuarta vez la elección, quedasen solamente nombrados los que constituyesen el número debido, y resultasen los más dignos por el mayor número de votos.»