Nuflo Chaves revolvia pensamientos mas altos. La felicidad con que habia gobernado algunas operaciones militares le inspiraban alzarse con la gente que comandaba para levantar provincia independiente del Rio de la Plata. Despues de haber castigado felizmente los Tupís y Tobayarás brasileños, y sugetado los indios Peabiyú, sublevados por Catiguará famoso hechicero, enderezó á Xarayes, y declinando al poniente cayó en los términos de los Travasicosis, que llamamos Chiquitos, por la pequeñez de sus casas: indios feroces y guerreros, á los cuales despachó embajadores, convídándoles con la paz. Pero ellos los mataron, y segun se dice en un requirimiento jurídico, se los comieron. Convocaron sus milicias, y presentada batalla, fueron vencidos, causando algun daño por el veneno de su flecheria.
Atemorizada la soldadesca con la idea del veneno, empezó á tumultuar y requirir á Nuflo Chaves que tomara la vuelta de Xarayes, para fundar entre ellos, segun la instruccion del Gobernador. Y porque Chaves perseveró en su determinacion de pasar adelante, los indios, que eran dos mil y quinientos, con la mayor parte de los españoles se volvieron á la Asumpcion, quedando solo sesenta para proseguir el descubrimiento. Con ellos avanzó Chaves al Guapay, rio que nace de la serranía que cae al poniente de Mizqui, y despues de formar un semicírculo, descarga en el Mamoré. Del Guapay cayó en los llanos de Guelgorigota, donde se encontró con Andres Manso, que por la via del Perú entraba con lucida compañía de soldados en aquel país. Altercaron los dos capitanes sobre los puntos de derecho, y sometieron la causa al juzgado de la Audiencia de Chuquisaca, donde los dejaremos litigando hasta encontrarlos en otra parte.
Sosegado el imperio peruano, el Presidente Gasca miró la conquista de Tucuman como principal egercicio de su empleo y corona de su comision. Por lo menos es preciso confesar que la tuvo presente para premiar á Juan Nuñez de Prado, faccionario de Pizarro con la capitanía de Tucuman, dándole poderes honoríficos, y facultad de alistar cuantos quisiesen militar á su obediencia y mando. Solos ochenta y cuatro le siguieron, algunos de los que vinieron á la conquista con Diego de Rojas, como consta de la raseña que se hizo en la imperial villa de Potosí ante el licenciado Esquivel: contra el cual uno de ellos llamado Aguirre, quedó altamente ofendido, y resolvió vengar un justo castigo que se le dió, con una injusta muerte. Porque dejada la conquista de Tucuman, y la honrosa compañía de sus comilitones, buscó á su enemigo, y le siguió de ciudad en ciudad, hasta que en el Cuzco lo mató á puñaladas.
Juan Nuñez de Prado, á quien varias dependencias detuvieron en Potosí el año de 1549, al siguiente despachó á su Maestre de Campo Miguel Ardiles, sugeto principal en esta conquista, con órden de combatir los feroces Humaguacas, rayanos del Perú y Tucuman hácia el rio Jujuí, que señoreaban el paso, y era necesario vencerlos para seguridad de los caminos. Ardiles tuvo algunas escaramuzas con ellos: los fatigó con la caballería; los espantó con las bocas de fuego, y finalmente los obligó á despejar por entonces el paso.
A los dos meses Juan Nuñez de Prado salió de Potosí, y cortando el país de los Chiriguanás: “Señor, le gritó una de las espías, enemigos se descubren, y sin duda vienen contra nosotros, pues la frente de su ejército endereza á encontrarse con la nuestra.” Siguióse la marcha sobre el aviso, y se descubrió á D. Francisco de Villagra, que pasaba con gente para socorrer á D. Pedro Valdivia, conquistador glorioso del floridísimo reyno de Chile. No era Villagra de quien menos debia cautelarse Prado: pero un émulo disimulado tarde se conoce, y rara vez se evitan sus artificios. Avistáronse los dos capitanes sin otro suceso por ahora que el de sembrar Villagra hablillas escandalosas entre los soldados de Prado. Departiéronse ambos para su destino. Villagra siguió el camino de Chile, y Prado el de Chicoana.
De Chicoana avanzó á Tucumanahao en el valle de Calchaquí, donde fué recibido con humanidad del cacique Tucuman, señor principal del valle. Este es el mismo que hospedó amigablemente á Rojas, y proveyó de bastimentos. Es creible que fuera de génio pacato, inclinado á clemencia en cuanto lo permitia el natural belicoso de los Calchaquís; ó que por ocultos designios intentára alianza con la nacion guerrera de los españoles. Lo cierto es, que de acuerdo de Tucuman y Prado, se abrieron los cimientos de una ciudad, la cual antes de llegar á perfeccion se trasladó sobre el Rio Escaba, á cuatro leguas, donde años despues se planteó la primera ciudad de San Miguel. A la ciudad llamó Prado, Barco de Abila, pero fué de brevísima duracion y se restituyó otra vez á Tucumanaho, primera cuna de su nacimiento.
Desembarazado Prado de buscar sitio para el establecimiento de la ciudad salió á correr la campaña con treinta soldados para hacerse dueño del terreno: pero Villagra, que desde la Cordillera torció camino, dejándose caer en Tucuman, sorprendió á Prado, y se alzó con la conquista, intentando agregar al reyno de Chile esta provincia.
No es para omitido el derecho presunto que Villagra tenia á Tucuman, fundado en cláusulas del Presidente Gasca, que señalaba á D. Pedro Valdivia cien leguas tierra adentro, este oeste, por término de sus descubrimientos. Palabras que ampliadas á favor de los Chilenos, ocasionaron disturbios sobre el derecho á Tucuman: hasta que el Sr. Felipe II, en cédula de 29 de Agosto de 1563 deslindó las dos jurisdicciones, declarando independiente de Chile la gobernacion de Tucuman.
Por ahora Villagra se alzó con el mando y se apoderó de los instrumentos que gozaba la ciudad del Barco, de su independencia. Pero como le llamaba Chile por el socorro de milicia que conducia, repuso en el ejercicio de capitan á Prado, obligándole á reconocer por superior á D. Pedro Valdivia, conquistador de Chile.
Protestó Prado cuanto pretendia Villagra, fingiendo vasallage, y encubriendo los secretos del corazon hasta verse libre de su émulo. Pero luego que este tomó el camino de Chile, juntó el cabildo de la ciudad del Barco, y con un razonamiento patético que hizo, ponderando la injusta pretension de los chilenos en virtud de los títulos del Presidente, fué repuesto en el ejercicio de capitan, independiente de Valdivia. Al empleo dió principio, llamando á Tucuman el nuevo maestrazgo de Santiago.