Aunque la determinacion del Gobernador fuese cuerda y prudente, indispuso los ánimos de los soldados, fáciles á tumultos y novedades. Diego Heredia, Juan Berzocana, Holguin y Fuentes, sugetos de mas resolucion que juicio, prendieron al Gobernador y á sus hijos con ignominia, deponiendo de sus empleos á los alcaldes, y repartiendo de su mano el baston de gobierno y las varas de justicia. Con esto el mando cayó en los principales fautores del motin, los cuales obraban con despotismo y permitian toda licencia á sus allegados. Al Gobernador Aguirre, oprimido de prisiones y cargado de autos, despacharon á la Audiencia de Chuquisaca. A su teniente, Gaspar de Medina, depusieron del empleo, y confiscaron sus bienes: viéndose en pocos dias á su familia opulenta en tanta necesidad, que se mantenia de limosnas.
Para colorear el alzamiento con capa de celo, resolvieron los amotinados fundar una ciudad en el país de Esteco, así denominado por un cacique, señor del terreno, al tiempo de la conquista. Era el sitio cómodo, el terreno pingue y de meollo: el cielo benigno y de aspecto agradable: las aguas copiosas y saludables: la vecindad poblada de indios para el beneficio de la tierra, y máquinas para obrages de lana y algodon, que enriquecieron en un tiempo la ciudad. Creo le fundaria el año de 1567. Al principio contó solo cuarenta habitadores: pero su buen terreno, benigno temperamento y bellas calidades, llamaron mucha gente de otras partes, y la hicieron rica y populosa. Su ostentacion y lujo, segun dicen, subieron á tal punto, que los caballos cargaban herraduras de plata.
Pero, volviendo á los amotinados, ellos apuraban con vejaciones y malos tratamientos á los leales, y estos tibiamente esperaban el remedio á la opresion en que gemian inconsolables. No obstante, el auxilio estaba mas próximo de lo que ellos esperaban: porque Gaspar de Medina, depuesto ignominiosamente del oficio de teniente, desde Conso, lugar de su destierro, disponia con nocturnas salidas los ánimos de los Miguelistas, para sorprender á los rebeldes, aclamando la voz del Rey. En Santiago tenia la cooperacion de otros gefes realistas, y cuando el negocio estuvo en buen estado, con algunos fautores, hombres de valor y resolucion, protegido de las sombras nocturnas, aprisionó las cabezas del motin, y dándoles breve plazo para componer las cosas de su alma, les mandó cortar la cabeza. Con el castigo de estos se humillaron los demas, y los beneméritos fueron repuestos en sus empleos honoríficos.
El gobierno interino, de órden de la Audiencia, cayó en manos de Diego Pacheco, caballero noble, cuerdo y desinteresado. Era natural de Talavera de la Reyna, y en memoria de su amada pátria, á Esteco llamó Nuestra Señora de Talavera, poniéndola al amparo y proteccion de la Soberana Emperatriz de los Cielos. Antes del año tuvo sucesor en Francisco Aguirre, suelto ya de las prisiones, y libre de los cargos que le acumularon sus émulos. Pero el génio arrebatado y poco morigerado de Aguirre escandalizó con reprensibles excesos la provincia, de la cual envuelto en casos de inquisicion, le veremos salir, remitido á Lima por D. Pedro Arana.
A fines de 1569, ó principios del siguiente, murió á manos de Humaguacas y Puquiles el conquistador Juan Gregorio Bazan. Habia pasado á Lima para conducir su familia, y estando de vuelta, sobre el rio de Siancas halló que los enemigos tenian cerrado el paso. A poco rato Humahuacas y Puquiles cayeron sobre él y su comitiva, con tanto impetu que apenas le dieron lugar para dar escape á su familia por veredas ocultas, bajo la direccion de Francisco Congo, esclavo que no tenia práctica en los caminos. Los infieles mataron á Bazan, Pedraza y otros: algunos, penetrados de heridas, escaparon y llevaron á Santiago el anuncio de tan lastimosa tragedia. Los bárbaros Humaguacas, y Puquiles se alzaron con el botin, adornando su desnudez con ricas preseas en que Bazan traía empleado su caudal.
Entretanto la familia del Bazan, falta de práctico conductor, vagaba en los montes, seguida y perseguida por un trozo de indios, con tanta tenacidad que cuatro dias contínuos caminó con inmediacion en su alcance; y mientras ellos lo pasaban con tanto susto, en Santiago corrian nuevas de la desgracia, llorando los muertos á manos de los infieles.
Salió el capitan Bartolomé Valero con una compañía de soldados, y hallada la familia errante la condujo á Santiago, donde se mitigó el pesar con el hallazgo de las señoras é hijos, ramas gloriosas en que hasta hoy se conserva su noble descendencia.
El Ilmo. Fray Pedro de la Torre, y el teniente Felipe Cáceres, vinieron del Perú con recíprocos sentimientos, que casi consumieron la provincia, dividida en dos facciones de eclesiásticos y seculares, siguiendo con oposicion encontrada los seculares al Obispo, y los eclesiásticos al Teniente. Entre estos se señaló un Daroca, autor de enredos, que abrió camino á exorbitantes insolencias contra el Obispo, publicando novelas agenas de su proceder é indignas del episcopal carácter, especialmente un crímen, por el cual decia haber incurrido en suspension é inhabilidad para las funciones episcopales. Todo halló aprobacion en el Teniente Cáceres, el cual empezó á explicar su enojo, prendiendo á Alonso de Segovia, Provisor del Obispado, que cargado de grillos, aseguró en un calabozo. Mandó publicar á son de cajas que al Obispo, como alborotador de la ciudad, estrañaba del reino, privado de las temporalidades, ordenando que ninguno, pena de traidor al Rey, le diera alimentos. Mandato perentorio, cuya observancia celó con tanta rigidez, que por que Pedro Esquivel manifestó algun sentimiento, y socorrió al Obispo, le mandó segar la cabeza en público cadalso.
Era el Prelado de espirítu manso, apacible y sufrido en los agravios, llevando los ultrages con egemplar tolerancia. Su vida era pura, inocente y digna del carácter que tenia impreso en el alma: pero la malicia en los émulos interpretaba siniestramente sus operaciones mas santas. Un dia entre otros el celoso prelado rogaba en la catedral á Dios por su grey alborotada. Súpolo Cáceres, y luego mandó que ninguno fuera á la iglesia, porque el Obispo se habia retirado á ella con dañada intencion, y ordenó á su aguacil Ayala que sacára violentamente á cuantos no obedeciesen de grado. Ayala por lisonjear al Teniente no reparó en violar los respetables claustros de la sacrosanta inmunidad. El Prelado viendo profanado el templo santo del Señor, cedió al tiempo, y recogido en su palacio de órden de Cáceres, tapiadas las puertas y ventanas, fué asegurado con guardas de toda satisfaccion y confianza.
Tratado así el Obispo, hizo Cáceres una jornada, rio abajo, pretextando queria llegar á la boca del Paraná, para ver si se descubrian indicios de gente de España y socorrer, si la necesidad lo pidiese, al Adelantado Juan Ortiz de Zarate, en cuyo nombre gobernaba la provincia. El pretexto era honesto, pero algunos creyeron que intentó alzarse con el gobierno, cerrando á Zarate el paso por medio de los indios. Yo no quiero sondar intenciones; pero advierto que los indios quedaron tan alborotados, que casi acabaron con la armada de Zarate. Con la ausencia de Cáceres las cosas mudaron de semblante. Las mugeres, sexo compasivo y devoto, apiadadas de las vejaciones que santamente toleraba el Obispo, inspiraron á sus consortes afectos de conmiseracion con su prelado, y aliento para prender al Teniente por contumaz á los preceptos de la iglesia, transgresor de la inmunidad eclesiástica, y alborotador de la república.