Por ahora los Querandís, habitadores del país, se alteraron con la vecindad del español, y convocadas sus milicias y las de los aliados, secretamente se avecinaban á las ciudad para sorprender á los porteños. Entre los indios se hallaba Cristobal Altamirano, aquel noble extremeño, de que digimos que quedó prisionero de los Charruas, y al presente lo era de los Querandís, del cual se valió Dios para descubrir los intentos del enemigo. Porque compadecido de los españoles, escribió con carbon un billete, y asegurado dentro de un calabazo, fió el depósito á la corriente del riachuelo que corre al sur de la ciudad. El lo encomendó á las aguas; Dios lo guió, y recibido de Garay se enteró del contenido y previno para esperar al enemigo. El cual estaba tan inmediato, que al siguiente dia arrimó sus tropas y presentó la batalla. Peleóse de entrambas partes con obstinacion: los infieles arrojaban mechones de paja atados á las flechas, y pusieron en confusion á los españoles, que tenían que atender á las flechas que herian y á los mechones que abrasaban. Entretanto las tiendas y pabellones de algodon y cañamazo ardian á su vista, y no se podia remediar el daño. El aprieto fué á la verdad grande, y venciéra el enemigo, si el valiente Juan Fernandez Enciso no entrára espada en mano entre los infieles, y con ella cortára la cabeza al comandante Querandí.
Muerto el general, que es alma del ejército, los enemigos huyeron precipitadamente, y se les siguió el alcance muchas leguas, con tanto destrozo y mortandad de infieles, que vuelto á Garay un soldado:—“Señor General, le dijo, si la matanza es tan grande ¿quien quedará para nuestro servicio?—Ea, dejadme, respondió Garay, que esta es la primera batalla, y si en ella los humillamos, tendremos quien con rendimiento acuda á nuestro servicio.” Fué el fin de esta victoria y destrozo del enemigo en el sitio que desde entonces hasta hoy se llama el Pago de la Matanza. Ahuyentados los indios, y obligados á pedir la paz, se aplicó el General Garay á edificar la ciudad, fomentando con su presencia y direccion las obras.
Por este tiempo, aunque no se sabe con certidumbre el año, se rebeló contra su fundador la ciudad de Santa Fé. Eran cabezas del motin Lázaro Venialbo, Pedro Gallego, Diego Ruiz, Romero, Leiva, Villalta y Mosquera, grandes fabricadores de enredos. Como penetraron la dificultad de prevalecer contra Garay, procuraron ganar para sí á su mayor enemigo, Gonzalo Abreu, Gobernador de Tucuman, sugeto bullicioso con demasia, que tenia sentimientos antiguos contra Garay; y le ofrecieron la ciudad, si con gente fomentaba sus intentos: y aunque no consta la intencion de Abreu, se carteaba con los rebeldes, y se dice que escondia su correspondencia.
Los amotinados agitaron el negocio, y lo pusieron en sazon de lograr sus disposiciones. A hora señalada de la noche prendieron al teniente alcalde Olivera, y al capitan Alonso de Vera, llamado, por su mal gesto, cara de perro. El gobierno de las armas dieron á Lázaro Venialbo, y el cargo de teniente á Cristoval de Arevalo, el cual seguia con violencia el partido de los amotinados, y logró brevemente oportunidad de encontrarse con el nuevo Gobernanador de armas, y de restituir el baston al legitimo poseedor. El tentó el vado, y asegurados algunos confidentes, hombres de resolucion, aprisionó las cabezas del motin, y repuso en sus puestos al teniente y al alcalde. Sosegado el tumulto, las cosas corrieron pacificamente por su antiguo camino.
Tres años se detuvo Garay en el Puerto, metiendo calor á los arquitectos en los edificios, y atemorizando con su valor y fama á los infieles. Al cuarto año dejó el gobierno de la ciudad á Rodrigo Ortiz de Zarate, y salió camino de la Asumpcion para visitar la provincia. Acompañaban su general algunos vecinos de la Asumpcion, con sus consortes que se restituian á sus casas. Una noche saltó en tierra con su comitiva y recostados á dormir los españoles, el cacique Manuá, traidor disimulado, se acercó con ciento y cincuenta jóvenes y dió muerte á Garay y á cuantos le acompañaban. Perdió la provincia en Garay una gran cabeza para el gobierno: los pobres lamentaron la muerte de su padre, en cuyo beneficio expendia gruesas cantidades: los soldados la de un excelente capitan, tan desinteresado en aprovecharse de los despojos cuanto liberal en repartir lo que tenia, hasta vender los vestidos de su muger para socorrer necesitados. Fué hombre de gran corazon, sufridor de increibles trabajos, de excelente disposicion en las batallas de infieles, proporcionando con tanto acierto los medios á los fines, que todas las batallas concluyó con felicidad y admiracion.
Muerto Garay, que en todos infundia espirítus marciales, los insolentes con la muerte del general hicieron leva de gentes, confederándose Guaranís, Quiloasas, Mbeguás y Querandis, para asolar las ciudades de Santa Fé y Buenos Aires. Juntáronse en tierras del cacique Manuá, para conferir los puntos mas principales de la guerra, celebrando primero á su usanza con banquetes y borracheras la muerte de Garay. Hallábanse en el congreso los principales de las naciones: dos puntos confirieron; el primero sobre la eleccion de capitan general; y la suerte de comun acuerdo cayó sobre Guayuzaló, cacique guaraní, que habia militado con crédito en las guerras contra naciones enemigas; el segundo, cual de las dos ciudades, Santa Fé, ó Buenos Aires, habia de ser acometída la primera; y resolvieron con discrepancia de votos que Buenos Aires, dejando aplazado el dia para concurrir en las fronteras del puerto.
Sabido por los españoles lo que intentaban los infieles, pusieron la ciudad en estado de defensa. El enemigo arrimó su campamento, y al dia determinado presentaron la batalla. El Teniente Zarate mandó disparar la arcabuceria que causó gran estrago, y mayor desórden en los infieles, que empezaron á huir confusamente: pero recogidos por su general y puestos en filas, resistieron algun tiempo, hasta que cargando sobre ellos los españoles, con grande impetu y vivo fuego, destrozaron sus tropas con muerte del General Guayuzaló, quedando el enemigo tan escarmentado que en mucho tiempo no osó bloquear la ciudad ni infestar la vecindad.
Fué universal la alegria en la provincia y se celebró la victoria con accion de gracias. Para que el júbilo fuera mas completo llegó este año el Ilmo. Fray Alonso Guerra, hijo esclarecido de la sagrada familia de Predicadores. Algo mas de diez años habian corrido desde la muerte del Ilmo. Fray Pedro de la Torre, y aunque poco despues fué provisto Fray Juan del Campo franciscano, el Cielo cortó para sí esta bella flor de observancia antes que pasára á tomar posesion del obispado. En su lugar fué substituido Fray Juan Alonso Guerra, pobre y despreciado á los ojos del mundo, pero rico de virtudes y digno de lucir sobre el candelera de la Iglesia de Dios. En 27 de Setiembre de 1577 fué electo para el Rio de la Plata; pero su extrema pobreza entre la opulencia peruana retardó su consagracion algunos años. Entretanto llegó el tiempo del tercer Concilio Limense, y como era sugeto en virtud y letras completo, se hizo necesaria su asistencia en él.
Consagrado despues, y venido á su episcopal silla, halló la diocesis falta de aquel vigor que comunica el espirítu de religion. Como buen pastor aplicó toda la diligencia á restablecerla en el santo fervor que profesa la ley cristiana. Pocas veces á celo tan solícito se siguieron efectos mas perniciosos. Segunda vez intentó el Paraguay una accion escandalosa, y como habia abierto una mala puerta á todo sacrílego atrevimiento con la prision del primer Prelado, ahora se entró por ella con la prision del segundo.
El alcalde ordinario de la ciudad, y algunos principales, á quienes debieran desagradar sus vicios, y no la integridad del santo Prelado, fueron los artifices de este escándalo, y egecutores de la prision, á la cual no faltó circunstancia para sacrílega. El se encaminó al palacio episcopal, acompañado de hombres facinerosos, llenando el aire de muera, muera el Obispo. El capellan del Prelado se asomó á la ventana, y noticiado del suceso:—“Señor, le dice, conjuracion es de los vecinos, contra Vuestra Señoria es el motin: la muerte maquinan, pues vienen gritando, muera, muera el Obispo.”