A éste sucedió la Jara en el mando de la expedición, que por abusos que cometiera fué relevado por Ronquillo, que ejerció en Manila las funciones de Maestre de campo. Su segundo, García Guerrero, derrotó al Sultán de Mindanao Buhisan y á los 600 auxiliares que le habían sido facilitados en Tarnate, los cuales murieron casi todos en aquel sangriento combate.
Estas ventajas fueron mal aprovechadas por Ronquillo que atraído por la vida regalada que se hacía en Manila, propuso y fué aprobado el abandono del fuerte de Tampacan, quedando sólo en Mindanao un pequeño destacamento en el puerto de la Caldera al O. de Zamboanga (1589).
El desprestigio en que por esta retirada cayeron las armas españolas alentó á los de Mindanao, que armando una numerosa escuadrilla con 3.000 tripulantes recorrieron las costas de pintados, asolando los pueblos playeros, cuyos moradores huyeron á los montes, de donde se hizo difícil convencerlos bajasen á sus antiguas viviendas, por haber propalado una vieja agorera que los españoles estaban de acuerdo con los moros para exterminarlos.
En 1602 Bravo de Acuña organizó nuevas expediciones contra los Sultanes de Mindanao, pero el resultado no correspondió á las esperanzas por la tenaz resistencia de los fuertes que éstos tenían, los cuales no fué posible rendir.
Silonga, Régulo de Buhayen, solicitó paces de Acuña, mandando de embajadores á los principales prisioneros castellanos que en su excursión hiciera.
En 1609 D. Juan de Silva visitó la costa N. de Mindanao á fin de reprimir las excursiones de los caragas á pintados, fundando el fuerte de Tandag, donde dejó artillería y numerosa guarnición.
Ejerciendo el cargo de Gobernador general D. Fernando de Silva, el astuto y valiente Sultán de Mindanao, Corralat, ofreció por medio de una embajada la libre entrada de los misioneros en sus Estados y lugar donde más conviniese para construír fortaleza y pueblo de cristianos. Desechadas estas proposiciones, pronto se dejó sentir en el resto de la isla la influencia del hombre temido que arrancó de Mindanao el poder é influencia de nuestras armas.
Los caragas que ocupaban las inmediaciones de Tandag se sublevaron en 1629, y en 1631 dieron muerte á Bautista, castellano de aquella fortaleza, que fué asesinado, y á continuación alanceados los pocos españoles que le acompañaban. La insurrección se hizo general, y en Tandag, Surigao y Baucag fueron asesinados los religiosos. El jefe del alzamiento «Mangobo» fué después indultado á instancia de otros religiosos que fueron respetados por él.
En esta época se pone de manifiesto de modo escandaloso las rivalidades de las distintas órdenes monásticas.
Las no interrumpidas excursiones de Mindanaos y Joloanos á las Visayas, levantó clamoreo general en aquellas islas, haciendo presente la necesidad de construir un fuerte que contuviese á los mahometanos, para lo cual contribuirían cada tributo con una ganta de arroz; contribución que después tomó el nombre de donativo de Zamboanga.