Celosas las demás corporaciones de la preponderancia de los jesuitas, combatieron tenazmente esta idea; pero el Gobernador general, comprendiendo su utilidad, comisionó al Capitán Juan de Chaves, quien pasó á Mindanao con 300 españoles y 1.000 visayas. En 23 de Junio de 1635 se construyó la fortaleza de Zamboanga, dirigida por el padre jesuita Melchor Vera, quien ya traía los planos extendidos de antemano.
D. Sebastián Hurtado de Corcuera sucedió en el Gobierno de las islas á D. Juan Cerezo, que ejercía el cargo interinamente. La llegada de este caudillo coincidió con las excursiones piráticas más devastadoras hasta entonces realizadas por los moros en las provincias cristianas. El esforzado genio del nuevo caudillo y su carácter emprendedor, á que ayudaba un valor temerario, le sugirieron la idea de conquistar á Mindanao y Joló, á fin de terminar de una vez con el feroz enemigo que asolaba las ricas provincias de Visayas y S. de Luzón. A este efecto organizó una expedición que se componía de cuatro compañías de soldados españoles, tres de marinería y cerca de 2.000 indios de Pampanga y Visayas.
Esta fuerza salió de Manila el 2 de Febrero de 1637; el 22 llegó á Zamboanga, donde fué reforzada con tres compañías de españoles y algunos naturales que en aquella fecha empezaron ya á distinguirse por su lealtad y patriotismo: ultimados los preparativos é impaciente Corcuera, se adelantó con cuatro caracoas al río Grande; tomando, tras rudo combate, el pueblo de Lamitan, donde residía el temido Sultán de Mindanao Cachit Corralat.
Este huyó después de la derrota de su ejército, cuyo número no bajaba de 2.000 hombres, cayendo en poder de los españoles ocho cañones de bronce, 27 de pequeño calibre, 100 arcabuces é infinidad de armas blancas. No contento con ésto, Corcuera mandó ahorcar 72 moros, quemar infinidad de pueblos y destruir cuantas embarcaciones apresaron.
Pero no fué éste el hecho más sangriento y glorioso realizado por el Ejército en Mindanao. Refugiado Corralat en un fuerte inexpugnable, en el que se hallaba en crecido número su gente más aguerrida y fiera, es atacado de nuevo por Corcuera, dispuesto a ultimar la empresa que había meditado, sin arredrarse por la posición inexpugnable del enemigo; 26 muertos y 80 heridos le costó al Ejército el primer ataque sin conseguir ventaja alguna.
Este contratiempo no amengua el valor del soldado, y al siguiente día, tras terrible asalto, es tomada la fortaleza realizándose para ello prodigios de valor temerario; en esta jornada modelaron nuestros soldados con ríos de sangre generosa la más gloriosa página que registra la historia militar de la dominación española en Mindanao.
Después de penosa marcha por áspera pendiente, donde se hacía necesario trepar con el arcabuz colgado y entre los dientes la espada, ancho y profundo foso corta el paso á las trincheras enemigas; la daga y los crispados dedos substituyen á la escala al trepar por los escalpes; numerosos soldados pagan con la vida su arrojo; el Capitán Ugalde recibe dos balazos; el Mayor Corcuera, acribillado de heridas, hinca la rodilla en tierra y así continúa la defensa de su puesto; el temerario abanderado Amerquita logra plantar su enseña sobre el parapeto enemigo, pero cae cubierto de heridas en la cabeza y garganta; Castelo ataca briosamente por el lado opuesto á los mahometanos, que amedrantados ya, son derrotados y huyen precipitándose por un derrumbadero, donde muchos pierden la vida; y cuando un numeroso cuerpo de moros, conducidos por el mismo Corralat, atacan con furia salvaje, por la espalda, á fin de proteger a los del fuerte, el Capitán Becerra que cubierto de heridas se hallaba postrado, se presenta en la lucha sobre los hombros de dos soldados, arenga á su tropa y acorrala al enemigo con tal coraje, que Corralat quedó herido, salvando la vida en fuga precipitada.
Esta victoria, aunque costó sensibles pérdidas, elevó en alto grado nuestro prestigio, aparte del rescate de infinidad de cautivos y el cuantioso botín que se recogiera.
La fama del triunfo repercutió á las islas más lejanas, y desde Joló doscientas familias solicitaron y obtuvieron establecerse en Zamboanga, donde fundaron el pueblo de Magay.
No fué suficiente castigo el que queda relatado para que depusieran su actitud belicosa los Mindanaos, ni tampoco para hacerles desistir de sus expediciones pirateras; lo que sabido por «Almonte» á la vuelta de las Molucas se entró por la Sabanilla (bahía Illana) en 1639 con tropas escogidas sacadas de Molucas y escogido contingente de españoles é indios, mas los auxilios que les prestaban los de Sibuguey.