En 19 de Enero del 1659 Esteibar, que recorría las aguas de la Sabanilla con dos caracoas, ataca y rinde un gran navío holandés que protegía á una escuadrilla de mahometanos. A continuación, y aprovechando el entusiasmo que este hecho produjo en su gente, cargó sobre Buhayen, obteniendo completa victoria, sin conseguir que el temido Corralat admitiese combate.
La medida más impolítica que registra la historia de Mindanao se realizó en 1663, al efectuar el abandono de la fortaleza de Zamboanga bajo la presión de miedo que en el ánimo del Gobernador general produjo la amenaza del pirata chino Kue-Snig.
Engreído éste, por haber arrebatado á los holandeses la Formosa, exigió parias á los españoles del reino de Filipinas bajo pena de exterminio.
Manrique de Lara, arredrado ante el peligro, ordenó la retirada de las fuerzas que guarnecían las provincias más remotas de la capital, medida funestísima que dió origen a nuevas y más devastadoras incursiones de los piratas en las provincias cristianas, que con ésto sufrieron gravísimos daños.
Desde el abandono de Zamboanga disminuyó grandemente la importancia de los pueblos cristianos, que á costa de tantos sacrificios habían conseguido formar los jesuitas, y ante la inminencia de perder el fruto de tan rudos trabajos y de tanta sangre que había ésto costado, la Compañía recurrió á la Corona, obteniendo Real Cédula, que ordenaba la ocupación del antiguo fuerte, á fin de poder atender á la reprensión de la piratería.
Fueron necesarias dos nuevas Cédulas Reales y que el Gobernador general desatendiese el parecer de la Junta de autoridades para que los jesuitas viesen conseguidos sus deseos en 1718, medida que en aquella ocasión era la que demandaba la seguridad del país y exigía el decoro nacional.
Zamboanga se mantuvo aunque con mucha dificultad; concluído de reedificar el fuerte, 5.000 moros le pusieron estrecho sitio, faltando poco para que cayera en su poder, librándolo de tamaño desastre su gobernador Amorrea, que fuerte de ánimo supo vencer los muchos contratiempos que acarreaban la falta de víveres y bastimentos.
En 1726 se concluyó un tratado de paz entre nuestro Gobierno y los sultanes de Joló y Mindanao, el cual fué ratificado por el Rey al cabo de algunos años.
En 1744 las reiteradas protestas de amistad de aquéllos y á instancias de los jesuitas, el Rey Felipe V les dirigió afectuosas cartas reconociéndoles su soberanía, puesto que al de Mindanao llamaba Rey de Tamontaca por nombrarse así el pueblo que aquél habitaba, exhortando á ambos á que admitieran misioneros en sus estados y abrazasen la religión católica, permitiendo asimismo que se construyeran iglesias; proposiciones que sirvieron de pretexto al de Tamontaca para pedirnos bastimentos de guerra, pero esquivando la admisión de misioneros para así evitarse el odio de sus súbditos; y en verdad que reveló en aquel caso el mahometano, mejor sentido que los padres, porque si no habían de hacer prosélitos, como de ello estaban persuadidos, no tenía objeto alguno su estancia en la corte de Tamontaca, á menos que allí pensaran dedicarse á más lucrativas ocupaciones.
En esta época el poderío de los mahometanos llegaba á su mayor apogeo en Mindanao: nos habían arrojado de la Sabanilla, del río Grande y de Tamontaca; el abandono de Lanao les había hecho dueños de aquellos ricos territorios, de los que extraían grandes riquezas en productos de su fértil suelo, y entre las razas montesas, á quienes hicieron creer que nos habían exterminado, hacían prosélitos y reclutaban gente de guerra.