El cubano D. José Manuel de Cagigal sucedió a Navarro desde 1781 a 1783. Después gobernaron la isla D. Luis Unzaga, el conde de Gálvez y otros. Los inmediatos sucesores de Gálvez tuvieron el carácter de interinos.
El teniente general D. Luis de las Casas se hizo cargo del Gobierno y Capitanía general de Cuba el 9 de julio de 1790, presentando su dimisión y entregando el mando el 6 de diciembre de 1796. Le ayudaron en su obra regeneradora D. Juan Bautista Vaillant, gobernador de Santiago de Cuba; D. José Pablo Valiente, intendente de Hacienda, y los ilustres cubanos Dr. Ramay, D. Francisco de Arango y otros. Progresó la instrucción pública, las artes y la industria, se mejoraron muchas poblaciones y se crearon establecimientos benéficos. Con motivo del desbordamiento de los ríos, ocurrieron grandes inundaciones en la parte occidental de la isla, en particular en las cercanías de la Habana y Pinar del Río. Casas socorrió generosamente a los campesinos más perjudicados e hizo reconstruir los puentes arrasados por las aguas. Vió la luz, merced al apoyo de Casas, la primera publicación literaria y económica, que se intituló el Papel Periódico, y en el cual colaboraron el mismo capitán general, el presbítero Caballero, el Dr. Romay y el poeta Sequeira. Fundáronse en Santiago de Cuba y en la Habana Reales Sociedades Económicas de Amigos del País, Casa de Beneficencia y Real Consulado. Como consecuencia de la insurrección de Haití (1791) y de la cesión que España había hecho del resto de la isla a Francia, en virtud del tratado de Basilea (1795), vinieron á Cuba muchos inmigrantes franceses y españoles, los cuales, con sus conocimientos y laboriosidad, enriquecieron su nueva patria. Como era natural, los restos de Cristóbal Colón, que descansaban en la iglesia catedral de Santo Domingo, se trajeron a Cuba en el navío San Lorenzo y se depositaron en la catedral de la Habana (15 enero 1796), para ser trasladados en 1898 a nuestra ciudad de Sevilla, en cuya catedral descansan.
Encargóse del gobierno D. Juan Bassecourt, conde de Santa Clara (1796-1799), cuando Carlos IV celebraba alianza ofensiva y defensiva con el Directorio francés. Tuvo España que pelear con Inglaterra, y si en Cuba pudo resistir los ataques de sus enemigos, el resultado de la enconada lucha fué la pérdida de la isla de Trinidad, de una parte de la escuadra y la casi ruina de su comercio.
Sucedió al conde de Santa Clara, D. Salvador de Muro y Salazar, marqués de Someruelos (1799-1812). D. Sebastián de Kindelán ocupó el gobierno de Santiago de Cuba y D. Luis Viguri la Intendencia de Hacienda. Habiendo terminado la dominación de España en Santo Domingo, se dispuso que la Audiencia se trasladase a Puerto Príncipe, comenzando a funcionar el 30 de junio de 1800. Justo será consignar que en los primeros días del siglo xix llegó a Cuba el nunca bastante alabado barón de Humboldt, quien publicó el Ensayo político sobre la isla de Cuba (1826), hermosa síntesis de la geología, clima, población, industria y rentas públicas de la gran Antilla. Dicha fué también para Cuba la venida (24 febrero 1802) del obispo de la Habana, el ilustre Díaz de Espada, sucesor de Tres Palacios. Díaz de Espada embelleció la catedral; prestó eficaz auxilio a la Casa de Beneficencia, a los Hospitales y al Manicomio; contribuyó con una suma bastante considerable a la fundación del primitivo cementerio de la Habana, aboliendo la costumbre de enterrar en las iglesias. Hombre el obispo de tanta cultura como de espíritu liberal, fundó muchas escuelas en las ciudades y en los pueblos. Fué Director de la Sociedad de Amigos del País, reformó el Seminario de San Carlos y el Asilo de San Francisco de Sales. Si, como antes hemos indicado, la Audiencia de Santo Domingo se trasladó a Cuba, del mismo modo el arzobispado de aquella Antilla, con todos sus títulos, facultades y prerrogativas, pasó, por Breve pontificio de 16 de julio de 1804, a Santiago de Cuba, quedando como sufragáneos suyos los obispados de la Habana y Puerto Rico. También por entonces el insigne médico Dr. Romay dió a conocer y aplicó la vacuna como preservativo de la viruela, debiéndose de notar que cuando Carlos IV comisionó al Dr. Balmis para difundir el citado preservativo, ya había sido aplicado ventajosamente.
Además de los emigrados de Santo Domingo y de Haití, que acudían a Cuba donde se les brindaba con feraces tierras (1802), llegaron, después del fracaso de la expedición mandada por Bonaparte para recuperar aquellas colonias, unos 30.000 franceses, quienes se establecieron en Santiago de Cuba, Baracoa, Guantánamo y en otros puntos, consiguiendo hacer de terrenos incultos haciendas productivas. El tabaco, el algodón y todos los productos aumentaron considerablemente; pero ninguno como el café, hasta el punto que, si en 1804 se elevó la exportación a 12.500 quintales, en 1833 llegó a 642.000.
Los graves acontecimientos ocurridos en España con motivo de la invasión de los franceses y después por la guerra de la Independencia, repercutieron, como era natural, en las Indias. Es de lamentar que el fanatismo patriótico de muchos llegase al extremo de asaltar las casas de pacíficos y laboriosos franceses, siendo unos asesinados y otros expulsados del territorio. Aunque se intentó la formación de una Junta como las de Sevilla y otras provincias de España y América, la idea fué combatida en periódicos y folletos. Por su parte la Junta Central de España encargó (18 febrero 1809) al gobernador de Cuba, procurase cultivar las relaciones—pues era conveniente—con el negro Enrique Cristóbal, presidente y generalísimo de Haití[378].
A la sazón llegó a la Habana el joven mejicano Manuel Rodríguez Alemán con pliegos para las autoridades y otras personas invitándolas a declararse por José Bonaparte; aquél pagó cara su imprudencia, pues fué preso como espía y ahorcado el 30 de julio de 1810. Pasados dos años se descubrió la conspiración que tramaba José Antonio Aponte, deseoso de la emancipación de su raza; Aponte mereció la pena de horca con 8 de sus cómplices.
En sus últimos años de gobierno reconoció el marqués de Someruelos la Junta Suprema Central y gubernativa de España y de las Indias establecida en Aranjuez y dirigió las elecciones de los primeros diputados a Cortes por Cuba (1810), los cuales fueron Jáuregui y O'Gabán, sucediendo al último Arango y Pareño.
Tuvo la satisfacción D. Juan Ruiz de Apodaca de que en su tiempo se jurase en la Habana (21 julio 1812) la Constitución de Cádiz. En dicho Código político se concedían iguales derechos a españoles y americanos. Posteriormente, habiendo vuelto a España Fernando VII y con él el gobierno absoluto, Cuba pasó pacíficamente de uno á otro régimen. Los cubanos tuvieron que agradecer al Deseado que, por decreto de 10 de febrero de 1818, se concediese a los puertos de la isla el libre comercio con todos los mercados extranjeros.
El excelente político y general D. José Cienfuegos llegó a Cuba (1816) acompañado del superintendente de Hacienda D. Alejandro Ramírez, ya conocido ventajosamente en Guatemala y Puerto Rico. Ramírez odiaba la esclavitud, combatió el contrabando, llegó a duplicar (1820) las rentas públicas, y apoyó los planes del antes citado Arango, no sólo en la concesión del libre comercio, sino en el desestanco del tabaco y otras reformas. Tomó parte activa en la fundación de Cienfuegos[379] y también influyó en el progreso de las colonias de Nuevitas, Guantánamo y El Marcial. Como Director de la Sociedad Patriótica, estableció la sección de educación primaria, la Academia de Dibujo y Pintura, que se denominó de San Alejandro, en honor del fundador; el Jardín Botánico, las cátedras de Anatomía y Botánica, y proyectó la de Química.