Desde que se estableció la Audiencia hasta la creación del virreinato, los presidentes de aquélla tuvieron el supremo poder[510]. El primer presidente—como se dijo en el [capítulo XI] de este tomo—fué el doctor Gutiérrez de Mercado, quien, según cuentan, murió de resultas de un veneno que le dieron en Mompós. Francisco Briceño, después de fundar las ciudades de La Plata y Almaguer, ocupó su importante puesto en la Audiencia, siendo residenciado el 1558 y enviado a España.
Encargado por la Audiencia el capitán Orzúa de sujetar a los muzos, consiguió su objeto; en seguida marchó al Norte contra los chitareros y en el valle del Espíritu Santo fundó la ciudad de Pamplona (1554), donde encontró muchas pepitas de oro, y, cuando se disponía a emprender una expedición en busca de nuevas riquezas, la Audiencia le desautorizó y tuvo que retirarse a Santa Marta[511].
Antes de continuar la relación de los hechos más importantes de los presidentes, haremos notar que Su Santidad Pío IV erigió el obispado del Nuevo Reino de Granada en arzobispado, siendo presentado para tan elevado cargo D. Fr. Juan de los Barrios, como por Real Cédula de 30 de enero de 1568 el Rey lo notificó a los obispos de Lima y de Santo Domingo[512].
Andrés Díaz Venero de Leiva (1564-1574) inauguró su presidencia mejorando la suerte de los indios[513]. Fundó escuelas para los indígenas, a quienes obligó a que viviesen en poblaciones fijas, hizo construir templos y cárceles y fomentó la industria. Inauguró los estudios filosóficos en el claustro de Santo Domingo, dió impulso a las misiones e hizo el padrón del territorio (1570). Recordaremos—y es su mayor timbre de gloria—que él fué el primero que mandó patatas a España. En 1578 tomó posesión de la presidencia de la Audiencia Real de Santa Fe D. Lope Díaz de Armendariz, que fué destituído en 1580 por el visitador Juan Bautista Monzón, muriendo en la cárcel (1584). Quedó de gobernador el oidor decano D. Guillén Chaparro, en cuya época el pirata inglés Drake entró a saco en las ciudades de Río Hacha, Santa Marta y Cartagena.
Llegó (1589) el nuevo presidente Antonio González con orden de promulgar otra vez las reales cédulas en favor de los indios y mandó hacer algunas obras importantes. Durante la administración de González no cesaron en sus depredaciones los piratas ingleses. También reedificó a Ibagué, destruída por los pijaos, que anteriormente habían arruinado La Plata. Según cédula Real del 15 de Enero de 1591, dada en Madrid, Felipe II, habiéndose quejado los vecinos y moradores de Santa Marta de la conducta del obispo de la provincia, encargó al presidente y oidores de la Audiencia de Santa Fe que pidieran y estudiaran el proceso que se formó a causa de las quejas de los dichos vecinos contra el obispo[514].
Después de D. Antonio González ocupó (1597) D. Francisco de Sande, a quien el pueblo designaba por sus crueldades con el nombre de Doctor Sangre; fortificó a Portobelo y peleó con la valerosa tribu de los pijaos[515]. Encargóse del gobierno, en 1605, D. Juan de Borja, nieto del duque de Gandía, quien venció completamente a los pijaos y cuyo jefe Calarcá murió en el combate. Borja mereció el dictado de Padre de la Patria por haber mejorado la suerte de los indios, por haber fundado las misiones de los Llanos y por haber asegurado la navegación del Magdalena y la comunicación con el Sur por el camino de Guanacas. Gobernador tan excelente falleció repentinamente en 1628. Dos años permaneció sin gobernador la colonia, ocupando luego cargo tan importante D. Sancho de Girón, marqués de Sofraga (1630-1637), quien fué aborrecido lo mismo por el clero que por el pueblo, siendo depuesto y multado en 80.000 pesos.
D. Martín de Saavedra y Guzmán, barón de Prado (1637-1645), desempeñó el gobierno con honradez y tuvo algunas diferencias con el arzobispo Fray Cristóbal de Torres; y D. Juan Fernández de Córdoba, marqués de Miranda de Asta (1645-1654) hizo fundar la ciudad de Cravo en Casanare, siendo reemplazado con sentimiento general por don Dionisio Pérez de Manrique. Pudo Manrique rechazar las acometidas de los piratas Cordello y Gauzón, sucediéndole en el año 1666 D. Diego del Corro y Carrascal, y últimamente, D. Melchor Liñán, obispo de Popayán. Los últimos gobernadores tuvieron que luchar con el famoso pirata Morgán, terror de las costas colombianas.
Promovido Liñán al obispado de Charcas en el año 1674, el gobierno de la colonia cayó en manos de los oidores, hasta que en 1678 llegó el nuevo presidente, gobernador y capitán general D. Francisco del Castillo y Concha, en cuya época se originaron grandes luchas entre la autoridad civil y los conventos, pues—como decía Castillo—en Nueva Granada había mucha iglesia y poco rey. El arzobispo don Antonio Sanz Lozano, por demás exigente, excomulgó á Castillo. Don Gil de Cabrera y Dávalos (1687-1703) tuvo la desgracia de que en su tiempo los piratas Pointis y Ducaze se apoderasen de Cartagena (1697) y de que a causa de conmociones volcánicas se sintieran grandes ruidos subterráneos. D. Diego Córdoba Laso de la Vega (1703-1711) fué buen presidente. Desde 1711 á 1713 gobernaron los oidores, viniendo a ocupar el cargo de presidente en el citado año de 1713 D. Francisco Meneses de Bravo, a quien redujeron a prisión los oidores y le mandaron a España. Volvió absuelto de los cargos que le imputaron, siendo envenenado, tal vez por los mismos oidores.
A D. Nicolás Infante de Venegas (1715-1717) sucedió D. Francisco Rincón, arzobispo de Santa Fe y presidente interino. En tiempo de don Antonio Pedrosa y Guerrero (1718-1724) se acordó elevar a virreinato la presidencia de Nueva Granada. El 29 de Abril de 1517 se decretó poner virrey en la entonces Audiencia de Santa Fe de Bogotá. Algunos historiadores consideran a Pedrosa como el primer virrey de Nueva Granada o de Santa Fe. Sucedióle don Jorge de Villalonga, conde de la Cueva (31 noviembre 1719), quien, no teniendo recursos para sostener tan alta dignidad, abandonó el país, volviendo todo a permanecer como antes de 1517.
D. Antonio Manso Maldonado, gobernador del Nuevo Reino de Granada y presidente de la Audiencia de Santa Fe, tomó posesión el 17 de mayo de 1724. En la Relación que hizo de su mando, firmada en Santa Fe el 20 de julio de 1727, comienza reseñando la riqueza de las muchas minas del país y explica luego «cómo se compadece tanta riqueza y abundancia en la tierra donde casi todos sus habitadores y vecinos son mendigos»[516]. Varias son las causas de esto. Cada vez, dice, es menor el número de los indios, los cuales huyen del rudo y peligroso trabajo de las minas. Para obviar este inconveniente proponía el gobernador Manso que se sustituyesen los indios por negros, pues los últimos siendo «gente más trabajadora y fuerte, y como verdaderos esclavos, no tienen el riesgo de irse, darían más utilidad en un año 100 de ellos que 500 naturales del país»[517]. Con el acabamiento de los indios, la agricultura, añade, también sufre grandes perjuicios, porque ellos siembran, siegan y guardan los ganados. Es otra de las causas de pobreza lo escasa que anda la moneda usual, lo cual podría corregirse fácilmente mandando al tesorero de la Casa de Moneda que fabricase mayor cantidad. Por último, sería convenientísimo que el presidente de la Audiencia «tuviese alguna más mano para contener a los oidores, o que los que hubiesen de venir a estas partes, donde la distancia les hace más animosos, fuesen hombres provectos y que hubiesen pasado el trienio en otra Audiencia, ó se eligiesen de los abogados más expertos que hubiese en la monarquía, porque si vienen acabados de dejar el colegio, ni las letras son las que bastan para la práctica, ni la edad les concilia la madurez»[518].