Manuel de Guirior (1773) intentó corregir algunos abusos del clero; dictó medidas para aumentar el comercio; dispuso un plan y método de estudios universitarios, continuando el pensamiento de su antecesor; fundó en Bogotá una Biblioteca pública con los libros de la extinguida Compañía de Jesús y también creó una Casa de Expósitos.

Manuel Antonio Flores (1776), hombre de clara inteligencia y de carácter débil, vió que las provincias de Maracaibo, Caracas, Cumaná y Guayana fueron separadas del Nuevo Reino de Granada para formar la capitanía general de Venezuela (1777); también en su tiempo estalló (1781) la insurrección de los comuneros. A causa de nuevos impuestos, aumentaron los rebeldes, transigiendo con ellos la Audiencia; pero habiendo acudido fuerzas leales, se dominó y castigó con alguna severidad a los comuneros.

Nada hizo de particular Don Juan de Torrezal Díaz Pimienta (1782); y Don Antonio Caballero y Góngora, arzobispo de Santa Fe de Bogotá, desempeñó el virreinato seis años y medio. Ocupáronle mucho tiempo las reformas que introdujo en el estado eclesiástico y más todavía las reducciones de varias clases de indios. Afirma que los indios mosquitos son enemigos implacables del nombre español, y que por ello debía verificarse la remisión de misioneros para que reconociesen los citados indígenas nuestra soberanía. Fijóse también el virrey en los Tribunales de justicia. Capítulo importante es el intitulado de la población y policía. Manifiesta el virrey lo difícil que era hacer un padrón general, dado el número considerable de rancherías ocultas; mas en el año pasado—dice—de 1770 tenía el distrito de la Audiencia de Santa Fe 507.209 habitantes. Posteriormente—añade—se empeñó nuestro antecesor Don Manuel Flores reunir todos los padrones particulares para la formación de uno general, no logrando su objeto. Entonces «dispuse que de todos los padrones particulares que había en la Secretaría, se formara uno general..., resultando que en el año 78 había en todo el Reino 1.279.440 habitantes, de los cuales 747.641 pertenecían al distrito de la Audiencia de Santa Fe, cuyo número, comparado con el del año 70, ofrece el aumento de 240.432 habitantes; y aunque después sobrevino la epidemia de viruelas, es notable el aumento en los diez años que han corrido desde entonces, si puede servir de regla el padrón de la provincia de Antioquía, formado con exactitud el año próximo pasado por el Oidor Visitador Don Juan Antonio Mon, en que manifiesta existir en dicha provincia 56.052 habitantes, en lugar de 46.466 que había en el año de 78, con que resultan de aumento 9.586, que viene a ser muy cerca de una quinta parte, y no habiendo razón particular para contar con menor aumento en las otras provincias, debemos suponerlas con el mismo. Sin embargo, sujetándonos a una sexta parte solamente, puede decirse que en el decenio de 78 a 88 se ha aumentado la población con 213.240, que agregados a 1.279.440, nos da de actual población 1.492.680»[531]. Refiere en seguida los medios para combatir la epidemia de las viruelas y la de la lepra lazarina (elephanthiam). Por lo que a instrucción pública atañe, después de consignar que en Santa Fe se había fundado un colegio para niñas, existiendo ya dos para niños intitulados de Nuestra Señora del Rosario y de San Bartolomé. A este último se hallaba incorporado el Seminario. Por falta de fondos no se creó la Universidad, contentándose el virrey-arzobispo con la fundación de una cátedra de Matemáticas en el Colegio del Rosario. Suyas son las siguientes palabras: «Todo el objeto del plan (de estudios) se dirige a substituir las útiles ciencias exactas en lugar de las meramente especulativas, en que hasta ahora lastimosamente se ha perdido el tiempo; porque un Reino lleno de preciosísimas producciones que utilizar, de montes que allanar, de caminos que abrir, de pantanos y minas que desecar, de aguas que dirigir, de metales que depurar, ciertamente necesita más de sujetos que sepan conocer y observar la naturaleza y manejar el cálculo, el compás y la regla, que de quienes entiendan y discutan el ente de razón, la primera materia y la forma substancial. Bajo este pie propuse a la Corte la erección de Universidad pública en Santa Fe...»[532].

Dispuso el virrey-arzobispo que una expedición compuesta de un director—cuyo nombramiento recayó en el presbítero D. Celestino Mutis—, un segundo y un delineador, recorriese gran parte del reino estudiando las producciones de la naturaleza. El Rey honró a Mutis con el título de Botánico y Astrónomo de Su Majestad, y al viaje con el de Expedición Botánica de la América Meridional. De gran utilidad fueron los trabajos realizados en las Ciencias naturales por Mutis y por D. Pedro de Vargas, ayudados por D. Casimiro Gómez Ortega, catedrático de Botánica en Madrid. No descuidó el virrey Caballero los asuntos de Hacienda, Guerra y Marina, mostrando en todos tanta competencia como buena fe.

Después de D. Francisco Gil de Lemos (1789), que desempeñó el cargo sólo siete meses por haber sido promovido al virreinato del Perú, en cuyo tiempo procuró disminuir las atenciones del gobierno y las de la Real Hacienda, ocupó el virreinato D. José de Ezpeleta (1789-1797), quien no descuidó en los ocho años que dirigió los negocios del virreinato, los cuales eran muchos y difíciles. En su tiempo se sintieron los primeros importantes síntomas de revolución. El 19 de septiembre de 1794 escribió al Rey acompañándole carta reservada que con igual fecha dirigió al duque de la Alcudia, y en ella refería lo ocurrido en aquella capital con motivo de haberse encontrado pasquines sediciosos fijados en los parajes públicos, como también el efecto causado por la noticia de la impresión y publicación de un papel intitulado Los derechos del hombre[533]. Diremos, para terminar, que durante este virreinato se fundó el primer periódico y el primer teatro en Bogotá.

Don Pedro Mendinueta y Muzquiz (1797-1803) gobernó siete años con el mismo acierto que su antecesor Ezpeleta. Fijóse en las reformas de policía y en obras de beneficencia, en la limpieza y composición de las calles, en todo lo que se relacionase con la salud pública. La instrucción pública fué atendida por el ilustre virrey Mendinueta. La industria minera, el comercio y la agricultura merecieron detenido estudio, siendo también objeto de atención profunda los Consulados, las Audiencias y los Tribunales y oficinas de la Real Hacienda. No olvidó el virrey ni el ejército, ni las milicias, ni la marina; su inteligencia y actividad se manifestó en todo. Hizo el censo del virreinato, llegando a dos millones el número de habitantes.

Don Antonio Amar (1803), fué el último de los verdaderos virreyes, pues D. Benito Pérez y D. Francisco Montalvo vinieron en los días de la independencia y apenas lograron prolongar la agonía del virreinato, y respecto a Don Juan de Sámano, si tuvo la satisfacción de sentarse en el sillón de sus predecesores, también vió extinguirse en sus manos las últimas pavesas del virreinato. En general—aunque otra cosa digan algunos escritores—los virreyes de Nueva Granada fueron hombres rectos y buenos. Si castigaron a veces con más rigor que prudencia, cúlpese, no a ellos, sino a las leyes españolas.

En la relación que D. Francisco Montalvo, virrey de Nueva Granada, dejó a D. Juan de Sámano, consigna que su antecesor D. Benito Pérez no le entregó el pliego de instrucción acostumbrado, añadiendo que el citado Pérez falleció lleno de disgustos en Panamá, cuando él llegaba a Santa Marta. «El istmo era—dice Montalvo—el único punto verdaderamente libre de enemigos. Santa Marta, el teatro de la guerra, estaba reducida a la ciudad y pueblo de San Juan de la Ciénaga y a la pequeña provincia del Hacha, ambas amenazadas de próxima invasión. Esto fué lo que recibí por todo el territorio del Nuevo Reino de Granada...»[534]. Añade que «el aspecto de las Américas era tristísimo y deplorable para las armas del Rey», y que se perdieron las provincias de Venezuela «por la poca energía de los jefes realistas que mandaban las divisiones en Cúcuta y Barinas», influyendo también «en mucha parte las desavenencias entre la Audiencia y el capitán general Monteverde»[535]. Embarcóse Montalvo en la Habana el 28 de abril de 1813, llegando a Santa Marta el 1.º de junio siguiente. El 13 de agosto fué rechazada la expedición francesa que mandaba Pedro Labatut cuando intentó sorprender el Morro, y en los días 14 y 15 del mismo mes halló vigorosa resistencia en la Ciénaga, retirándose escarmentado. A fines de diciembre recibió la Real orden del 23 de julio, nombrándole Capitán General en comisión de Venezuela, con retención del virreinato que tenía en propiedad, y poniendo a sus órdenes a D. Manuel Cajigal, mariscal de Campo, para que le destinase a una u otra parte, según lo tuviese por conveniente. Grave fué la situación del virrey en los comienzos del año 1814. «Nada más duro en los peligros—escribe el virrey—que carecer de los medios de defenderse y arrostrarlos. Yo prefiero en el día cualquiera otra suerte, la más amarga, a la de volverme a ver en la situación en que estuve en Santa Marta durante tres años, expuesto a perder hasta lo más sensible para un militar, la reputación»[536]. Sucedíanse los combates lo mismo en la tierra que en el mar, unos adversos y otros favorables, mas siempre luchando. Tanta gravedad adquirieron los sucesos de Venezuela, que el virrey Montalvo destinó a su segundo, a D. Manuel de Cajigal, para que se pusiese al frente de la Capitanía general de Venezuela, ya «que la idea de la Regencia era manifiestamente que no lo fuese más Monteverde»[537]. Añade que Boves logró completo triunfo en la batalla de La Puerta, y del mismo modo Aymerich consiguió laureles peleando y cogiendo prisionero a D. Antonio Nariño.

Quiso Montalvo atraerse con dulces palabras a los revolucionarios de Cartagena, a quienes mandó una carta. El gobierno de dicha ciudad «me dijo en contestación que por la gravedad de su contenido la remitía al Congreso, que era quien podía resolver acerca de ello»[538]. Después contestó el Congreso lo que era de esperar, esto es, que deseaban cada día con más entusiasmo la independencia. Relata luego el virrey los hechos de Bolívar, fijándose especialmente en su conquista de Santa Fe (12 diciembre 1814). Pronto iba a recibir Montalvo importantes auxilios, porque el Rey, con fecha 25 de noviembre de 1814, le había comunicado que mandaba una expedición compuesta de 10.000 hombres al mando del mariscal de campo Don Pablo Morillo. «El primer objeto de esta expedición—decía la Real orden reservada—es mantener la tranquilidad en la capitanía general de Venezuela, tomar a Cartagena de Indias y auxiliar poderosamente a la pacificación del Nuevo Reino de Granada»[539]. Montalvo pudo ayudar a Morillo en la conquista de la ciudad de Cartagena (6 diciembre 1815). Trabajó sin descanso en la pacificación interior del virreinato, y con fecha 21 de junio de 1817 previno a los gobernadores que «procurasen con todo cuidado contener las animosidades, manifestando a sus súbditos, en ocasiones oportunas, que todos son españoles, vasallos de un mismo monarca, a cuyos ojos son iguales los que se portan con la fidelidad debida a su Rey, sean españoles europeos o españoles americanos»[540]. Terminó Montalvo su Relación de mando el 30 de enero de 1810, y con esta fecha la hubo de mandar al nuevo virrey D. Juan de Sámano.

Acerca del origen del nombre Panamá, según la opinión de muchos autores, significa en lengua nueva, la más extendida entre los indígenas en aquellos tiempos, sitio abundante en peces; lo cual se conforma con lo que escribía (1516) Pedro Arias de Avila al rey Fernando y a su hija la princesa Doña Juana. Decía así: «Vuestras Altezas sabrán que Panamá es una pesquería en la costa del mar del Sur y por pescadores dicen los indios panamá.» Pedro de Arias Dávila, gobernador de Castilla del Oro, y el licenciado Gaspar de Espinosa, fundaron a Panamá (15 agosto 1519). Poco después Pedrarias ordenó al capitán Diego de Albites que poblara a Nombre de Dios. Mereció Panamá (15 septiembre 1521) el título de ciudad y el honor de un blasón heráldico que consistía en un escudo en campo de oro, partido verticalmente, con un yugo y un haz de flechas en la mitad derecha, y en dos carabelas navegando y una estrella en la parte superior en la mitad izquierda. Por orla castillos y leones. Por lo que toca a la sede de Larién, después de la muerte, a fines de 1519, del obispo Quevedo, el nuevamente elegido Fr. Vicente Pedraza trajo las instrucciones de trasladar el gobierno eclesiástico a Panamá. Tampoco debemos pasar en silencio que la Audiencia de Panamá, la tercera que se fundó en América, fué instituída por Real cédula de 26 de febrero de 1538 por el emperador Carlos V, abarcando su jurisdicción, no sólo el reino de Tierra Firme, compuesto de las dos provincias de Castilla del Oro y Veraguas, sino también desde el Estrecho de Magallanes hasta el golfo de Fonseca (provincias del Río de la Plata, Chile, Perú y Nicaragua). Creada en 1543 la Audiencia de los confines de Guatemala, se ordenó suprimir la de Panamá.