El gobernador Céspedes, al tener noticia de que los holandeses, enemigos de España, se habían apoderado de la ciudad y puerto de la bahía en la costa del Brasil, ordenó que se fortificase la ciudad y puerto de Buenos Aires[588]. Con razón, en carta que por entonces escribió al Rey, le hubo de decir que no le cogerían de improviso los 40 navíos holandeses que se disponían a subir tierra adentro por algunos ríos[589].
Fijóse Céspedes en atraerse con medios pacíficos a los uruguayos. Estableció comercio con ellos, mandó misiones franciscanas y jesuíticas y consiguió que los charrúas cediesen en su hostilidad a los españoles. Más feliz fué todavía con los chanás, pues abandonaron sus guaridas del río Negro, bajando a tierra firme, donde comenzaron la edificación del pueblo de Santo Domingo de Soriano (1624). Del Uruguay se sacó carbón y leña, y ganados (vacas y caballos). A la cría de ganados se dedicaron aquellas tierras, como si no fuesen también a propósito para la agricultura. Según Bauzá, los campos uruguayos «no merecieron del conquistador y del vecindario de Buenos Aires otro destino que el de ser dedicados a la cría de animales»[590]. Tuvo el sentimiento de que bajo su gobernación, los indios del Chaco, arrostrando el poder español, destruyeron completamente la Reducción de la Concepción del Bermejo.
Comenzó el gobierno de D. Pedro Esteban Dávila. Aunque fué nombrado el 11 de octubre de 1629, tardó más de dos años en tomar posesión[591]. Su primera idea, que fué salir al frente de algunas fuerzas para castigar a los indios del Chaco, más imprudentes cada día y más amenazadores, encontró oposición de parte del cabildo, el cual hizo presente al gobernador los perjuicios que podían seguirse «quedando esta ciudad y provincias sin cabeza ni quien gobierne las armas...»[592]. No sólo preocuparon al gobernador las rebeliones de los indios, sino los enemigos de España, ya apoderados de Pernambuco en la costa de Brasil[593]. Que D. Pedro Esteban Dávila no desistió de su viaje, era buena prueba la petición que el cabildo le hizo, de que suspendiese la marcha a las Reducciones del Uruguay, en razón del levantamiento de indios y de la amenaza de los holandeses que se hallaban en las costas brasileñas[594]. Volvió el cabildo a rogarle que no abandonase la ciudad[595]. Un año después, cuando el gobernador estaba decidido a salir de Buenos Aires «a la pacificación y allanamiento de los indios alçados y reedificación de la ciudad del río Bermejo...», insistió el cabildo para que suspendiese el viaje por la causa y razones ya dichas[596]. Marchó, sin embargo, volviendo pronto después de castigar a los indios.
Importa recordar que en el cabildo del 29 de noviembre de 1637 se presentó D. Mendo de la Cueva y Benavides con el nombramiento de gobernador, capitán general y justicia mayor de las provincias del Río de la Plata, nombramiento que tenía la fecha del 24 de diciembre de 1636. Apenas el gobernador La Cueva había tomado posesión del cargo, cuando ocurrió un suceso que tuvo grande resonancia en Buenos Aires y en general en toda América. Es el caso que Fray Cristóbal de Aresti, obispo de Buenos Aires, se atrevió, por motivos fútiles y sin importancia, excomulgar al gobernador (24 diciembre 1637). Si poco antes (15 abril 1636) el Rey encargó a D. Luis Jerónimo Fernández de Cabrera, conde de Chinchón y virrey del Perú, tomase residencia a D. Pedro Esteban Dávila, gobernador que había sido de Buenos Aires[597], lo que preocupaba a todos era el asunto de la excomunión que en un momento de mal humor lanzara el obispo Aresti sobre el gobernador. El cabildo, en nombre de la ciudad, pidió al prelado que levantara la excomunión[598], insistiendo en su petición pocos días después[599]. No cedió el prelado, sino antes, por el contrario, se dispuso a marchar a la ciudad de la Plata, no queriendo oir las súplicas de los individuos del cabildo[600]. Así lo hizo. El cabildo se dirigió entonces al provisor del obispado con el mismo ruego[601]. A tal punto llegaron las cosas que vino a poner paz D. Juan de Palacios, visitador de la Real Audiencia de la Plata[602].
Exigía la importancia del asunto, que tanto el Rey como el virrey escribiesen al gobernador, el primero en carta fechada en Madrid a 14 de agosto de 1634, y el segundo en carta escrita en Lima el 1.º de septiembre de 1638. Dícese en ellas «que Su Majestad trata con Su Santidad de que se canonice el señor rrey D. Fernando, y que ay ya echas ynformasiones, y para conseguirle a sus espensas es menester muchos ducados, y su patrimonio está mui gastado y assi encarga a los cabildos seculares eclesiásticos y seglares hagan que sus súbditos acudan con lo que más pudieren para esta santa obra»[603]. Dispúsose el gobernador a emprender la marcha a Calchaqui para reducir a los indios rebeldes, y como siempre, el cabildo manifestó que no convenía saliese de la ciudad, atendiendo a que los holandeses andaban con deseos de venir a Buenos Aires[604].
Reunióse el cabildo (8 noviembre 1640) para dar lectura al nombramiento de gobernador y capitán general de las provincias del Río de la Plata, hecho a favor de D. Francisco de Abendaño y Baldivia[605]. Juró y tomó posesión del cargo; pero en el cabildo del 13 de diciembre del citado año se presentó Cédula y provisión del Rey, fecha en Madrid el 13 de enero de 1640, haciendo merced a D. Ventura de Múxica del cargo y oficios de gobernador, capitán general y justicia mayor de las provincias del Río de la Plata[606]. Tiene cierta curiosidad la ordenanza por la cual se mandó a don Mendo de la Cueva se abstuviese de hablar mal de los vecinos con pena de 1.000 pesos para la Real cámara por mitad y gastos de las casas del cabildo[607]. A los seis meses siguientes, habiendo fallecido don Ventura de Múxica, el presidente de la Audiencia de las Charcas, nombró a don F. Andrés de Sandobal[608]. Al poco tiempo el marqués de Mancera, virrey del Perú, hizo el nombramiento de nuevo gobernador y capitán general en favor de don Jerónimo Luis de Cabrera[609]. Tratóse en el cabildo de 23 de julio de 1642, del remedio para combatir la peste de enfermedades contagiosas que causaban tantas muertes, acordándose hacer rogativas con su procesión nueve días seguidos[610]. Desde el año 1642 al 1645, pocos hechos importantes se sucedieron en Buenos Aires. Digno de alabanza fué el gobierno de Cabrera, mereciendo también iguales aplausos el almirante don Luis de Aresti, teniente general de gobernador y justicia mayor. Por entonces, la separación de Portugal de la Corona de España, trajo como consecuencia alguna intranquilidad en Buenos Aires.
Refieren los escritores coetáneos que Don Jacinto de Laris (1646-1652), visitó las Reducciones que los jesuítas habían fundado al Sur del Panamá y se acarreó muchos adversarios, porque intentó privar a los eclesiásticos del derecho de adquirir bienes raíces.
Añaden también que don Pedro Ruiz de Baigorri (1653-1660), tuvo que permitir el comercio con los holandeses, pues no podía recibir apoyo de España, que a la sazón estaba en guerra con la Gran Bretaña. Acerca de otro orden de cosas consta que Buenos Aires, a mediados del siglo XVII, tenía unas 400 casas y se hallaba defendida por un fortín con 150 soldados y 10 cañones de hierro.
De Don Alonso Mercado y Villacorta (1660-1663), sólo refieren las crónicas que hizo trasladar la ciudad de Santa Fe al sitio en que la fundó Garay.
Más importancia tiene don José Martínez Salazar. Bajo su gobierno se estableció la Audiencia en Buenos Aires, hizo un censo de la población, fundó la Reducción de los Quilmes, reforzó las milicias coloniales con indios de las misiones y defendió a Santa Fe de los indios del Chaco.