La Corona se encargó entonces de la colonización y el rey Juan III nombró en 1538 gobernador general a Thomé de Souza, que se instaló en Bahía[642]. «Prohibió que sin licencia especial comunicaran entre sí los colonos de las diversas capitanías; que nadie desembarcara y comerciara donde no hubiera aduana; reglamentó el cultivo y fabricación del azúcar; expidió licencias para la construcción de buques, y dió vigoroso impulso a la colonización de Bahía[643]. Tan duros son siempre los cimientos de una nación, tan inconmovibles y persistentes, que todavía se traslucen en la reciente República brasileña estos rasgos primitivos de su fábrica. Aún hoy, las tendencias federales reflejan aquella primera separación en capitanías casi aisladas unas de otras»[644].
Consideremos la primera invasión de que fué objeto el Brasil por los europeos. La riqueza del Brasil, su privilegiada situación y lo dilatado de sus costas, influyeron para que los franceses mantuvieran cordiales relaciones y comerciasen con los indios. El indígena odiaba al portugués y amaba al francés, porque el primero le reducía a la servidumbre haciéndole trabajar en las plantaciones, y el segundo comerciaba con él, comprándole palo brasil y vendiéndole objetos necesarios o curiosos. Durante el reinado de Enrique II de Francia (1547-1559) el almirante Coligny intentó fundar en el Brasil una colonia que sirviera de refugio a los hugonotes franceses, encargando de la empresa a Durand de Villegagnon, caballero de Malta y hombre de experiencia. Establecióse en una de las islas de la bahía de Río Janeiro, desde cuyo punto escribió a Coligny, pidiéndole refuerzos de hombres y municiones. Fortificóse en la isla y se atrajo a los indígenas con cariño, mientras que trataba a los suyos con extremada severidad. «Los indígenas le aman—escribía Men de Sá al gobierno de Lisboa—y los franceses le temen.» Ya porque Villegagnon abjuró el calvinismo y se hizo católico, ya porque los refuerzos que llegaron (marzo de 1557) le parecieron insuficientes, o ya también por otras causas, el representante de Coligny se embarcó para Francia. Era un peligro—como se creía en Portugal—el establecimiento de los franceses en la colonia del Brasil.
El segundo gobernador del Brasil fué Duarte de Costa (1553-1557), en cuya época estallaron conflictos entre el poder civil y el eclesiástico. Los franceses—aunque Nicolás Durán de Villegagnon abandonó el Brasil—continuaron en la bahía de Río Janeiro. Por entonces una misión asentó sus reales en las cercanías del Tieté, origen luego de la actual ciudad de San Pablo. Men de Sá (1558-1572) hizo que terminasen las desavenencias entre el poder civil y el religioso, y se dedicó a pelear contra los franceses, a quienes venció completamente (1567), no sin mostrar un rigor rayano a la crueldad. Todos los castigos eran justos—según Men de Sá—para acabar con aquellos herejes invasores. Por su parte los franceses hubieron de resistirse con bravura. Un centenar de ellos, con grandes trabajos y no pocos peligros, consiguió mediante sus canoas ganar la costa, volviendo poco tiempo después con sus amigos los tupinambás, los tamoyos y otros; reedificaron la fortaleza y con nuevos auxilios que recibieron de Francia levantaron otras en la costa. Men de Sá escribió a Lisboa diciendo: «Si Villegagnon vuelve con los refuerzos anunciados, serán los franceses más temibles que nunca. Que se me envíen nuevas tropas para la total expulsión de los enemigos.» Por un período crítico iba a pasar la colonia portuguesa. Los aimorés, tribu de tapuyas, invadieron las capitanías de los Ilheos y Porto Seguro, llevándolo todo a sangre y destruyéndolo completamente. También los tamoyos, no menos feroces, alentados por los franceses, se hicieron dueños del terreno entre Río de Janeiro y San Vicente. Mandó Men de Sá a su hijo con algunas tropas, las cuales fueron derrotadas por los tamoyos y el joven jefe de ellas muerto. Al lado de los portugueses se pusieron los Padres Nóbrega y Anchieta, y por la mediación de dichos misioneros se hizo la paz. A poco llegó con algunas tropas Eustaquio de Sá, sobrino del gobernador, quien se dió buena maña para arrasar todas las fortalezas de los franceses. Men de Sá, protector decidido de los misioneros, les ayudó con todas sus fuerzas para que se atrajesen a los indígenas al seno del cristianismo.
A la muerte de Men de Sá, la metrópoli dividió el Brasil en dos gobiernos: el de Bahía y el de Río Janeiro. El primero, o el del Norte, fué confiado a Luis de Brito y Almeida; el segundo, o el del Sur, se encargó a Antonio Salema. En el año 1577 se confió el mando general á Luis de Brito, quien renunció luego en Lorenzo da Veiga. Grandes disgustos ocasionó al gobernador da Veiga el contrabando de palo tintoreo que los franceses hacían en el Norte. A su muerte fué confiado interinamente el gobierno al obispo de Bahía, al oidor general Cosme Rangel y al consejo municipal.
En 1583 llegó el gobernador general, llamado Manuel Telles Barreto, el cual incorporó a la colonia algunos territorios (1586) y consiguió que los benedictinos, carmelitas y capuchinos fundasen conventos en diferentes lugares. Otra junta que se encargó del poder a la muerte de Telles, realizó hechos importantes, pues pacificó la región de Sergipe é hizo de ella nueva capitanía, fundó a Cochoeina y construyó algunos fuertes.
El gobernador Francisco de Souza tuvo la fortuna de conquistar Río Grande del Norte y fundó a Natal, si bien no pudo impedir que el pirata inglés Cavendish saqueara a Santos y otros puertos, como tampoco que los corsarios Venner y Lancáster penetrasen en Pernambuco y robasen considerable botín.
Nada de particular hicieron los gobernadores Diego Botelho (1602-1607) y Diego Meneses Sigueira (1607-1608).
Vencidos los franceses en el mediodía, se dedicaron a piratear en el Norte. Por todas partes se encontraban los portugueses con sus mortales enemigos. Un tal Devaux fundó una colonia en la isla de Maranhâo, situada al Sur del Amazonas, declarándose de ella protectora María de Médicis, encargada de la regencia durante la menor edad de Luis XIII (1610-1643)[645]. Los tupinambás se pusieron al lado de los franceses, repitiéndose el suceso de Río de Janeiro. Por fin los portugueses consiguieron la expulsión de sus enemigos (1614), y el gobernador portugués, que logró triunfos tan señalados, se llamaba Gaspar de Souza.
Entretanto, el otro gobernador—pues ya se ha dicho que el Brasil estaba dividido en dos gobiernos—, llamado Francisco Caldera Castello-Branco, fundó el fuerte de Preseque, origen de la villa de Belem (Pará).
Consideremos la estancia de las Comunidades religiosas en el Brasil, y en particular la Compañía de Jesús. Con Thomé de Souza llegaron los hijos de San Ignacio de Loyola al Brasil. Ellos, algo apartados del pensamiento y conducta del fundador, tomaron a su cargo la educación de Portugal y luego la de los indígenas del Brasil. Ancho campo se les presentaba a los jesuítas, pues la colonia había prosperado mucho en poco tiempo. Por el año 1550 la caña de azúcar cubría el suelo de las provincias de la costa, se levantaron fábricas y se dió mucha importancia al comercio con la metrópoli. Los colonos, necesitando hombres para cultivar sus ingenios, iban en busca de los indios a las selvas del interior, donde los cazaban; pero ellos, acostumbrados a la vida salvaje, no se avenían al trabajo agrícola. Si el portugués reducía a dura esclavitud al indio, éste, en cambio, cuando se le presentaba ocasión, cogía al portugués, lo mataba y se lo comía. Los tupis o guaranís, raza belicosa y fuerte, que había vencido y arrojado de la comarca a los tapuyas, se preparó, a la llegada de Souza, a luchar contra los colonos. En efecto, Souza llegó al Brasil y el levantamiento de los indios fué general. Los Padres jesuítas Nóbrega y Azpilcueta, el primero de nación portuguesa y el segundo español, dieron comienzo en las cercanías de Bahía a aldear indígenas, esto es, a reducir a los indios para que viviesen en poblaciones. Los hijos de San Ignacio siguieron en el Brasil la misma conducta que en el Perú, en la Argentina, en el Paraguay y en el Uruguay. Los citados Padres fundaron en Bahía dos Seminarios, el Padre Leonardo Nunes marchó a Espíritu Santo, el Padre Alonso Braz fué a San Vicente y otros misioneros se encaminaron a diferentes puntos, predicando siempre el Evangelio y atrayendo a los salvajes a la vida de la civilización. A veces eran caritativos y a veces enérgicos. «No sólo con blandura—decía uno de los Padres—sino también por la fuerza se somete al indio.» El Padre Nóbrega convenció a los tupinambás de que sólo debían tener una mujer; mas nada pudo contra la antropofagia. El Padre Anchieta fué el más querido de todos los misioneros. La conducta observada por los Padres hizo sospechar, lo mismo a los escritores brasileños que a los portugueses, que la Compañía intentaba formar una sociedad conforme a las doctrinas y planes jesuíticos. Tal vez no anduviesen muy descaminados, según lo que casi por entonces hacían los jesuítas en el Paraguay; pero el plan, si lo hubo, fracasó.