Durante el reinado de Juan III (1521-1557) fué nombrado capitán mayor del Brasil el famoso Cristóbal Jaques, quien arribó á la bahía de Todos los Santos, así llamada por el día en que fué descubierta. En la bahía encontró fondeados unos buques franceses, y sin averiguar el porqué estaban allí, cayó sobre ellos y los echó a pique, sin que lograra salvarse ninguno de los tripulantes. Así lo relatan algunos cronistas. No sirvió de escarmiento un hecho tan cruel. Los corsarios no abandonaban aquellas costas, donde encontraban siempre indígenas para engañar o europeos para robar. Por esto Juan III dividió el Brasil en capitanías, con el objeto de que no quedase sin defensa parte alguna de la costa. El primero que fué favorecido con una capitanía fué el historiador Juan de Barros, a quien se dió la de Maranhâo. Hubo, además, otras ocho capitanías, y los nombres de ellas y los de sus capitanes ponemos a continuación.

La de Pernambuco se dió a Coelho d'Alburquerque.

La de los Ilheos, a Jorge de Figueiredo Correa.

La de Porto Seguro, a Pedro de Campos Tourinho.

La de Espíritu Santo, a Vasco Fernández Coutinho.

La de Santo Thomé—en la que se incluía a Río de Janeiro—, a Pedro de Goes da Silva.

La de San Vicente, a Martín Alfonso de Souza.

La de Santo Amaro, a Pero López de Souza, hermano del anterior.

La de San Salvador de Bahía se reservó la Corona, y posteriormente la cedió a Francisco Pereira Coutinho.

Los citados capitanes mayores o capitanes generales tenían poderes soberanos, menos el de acuñar moneda. El derecho de acuñar moneda pertenecía a la Corona, la cual también percibía la vintena, o sea el 5 por 100 sobre el palo brasil, y el quinto sobre los metales y piedras preciosas. Cada capitán mayor tomaba posesión, o consideraba haberla tomado, de cierto número de leguas de costa, avanzando luego tierra adentro lo que podía. Aunque los impuestos que se establecieron fueron muy moderados y las industrias todas gozaron de absoluta libertad, la colonización, que pudiéramos llamar feudal—pues señores feudales eran los capitanes mayores—, vino en decadencia, ya por la oposición de los indígenas, ya por los ataques de los piratas europeos, contribuyendo a ello también el clima caluroso, lo extenso del territorio y la mucha frondosidad de la vegetación.