Fray Bartolomé de Las Casas se dirigió a España para obtener de la Corona ciertas disposiciones que aligerasen el pesado yugo a que estaban sometidos los indios. Dominado por la misma idea, obtuvo—según Herrera—la orden en cuya virtud se dispuso la fundación de la Universidad de México[801].

Entretanto, el P. Motolinía se hallaba en Tlascala (1539), en Telmacán (1540), en Antequera (hoy Oajaca) (1541) y luego en Guatemala, siempre ocupado en su santo ministerio y ya con el cargo de custodio.

No debía estar quejoso el Padre Las Casas del recibimiento que le hizo el monarca español. Ya tenía preparado su viaje de vuelta a Guatemala, cuando el presidente del Consejo de Indias le mandó suspenderlo «por ser necesarias sus luces y su asistencia en el despacho de ciertos negocios graves que pendían entonces en el Consejo.» El más grave debía ser la formación de las Ordenanzas antes citadas con el nombre de las Nuevas Leyes.

Poco después el Padre Las Casas marchó a su obispado y también por entonces (fines de octubre de 1545) el Padre Motolinía abandonaba Guatemala para dirigirse a México. En tanto que este último Padre se atraía las simpatías de todos, aquél recibía por doquier insultos, hasta el extremo que nunca le nombraban por su nombre, sino decían «ese diablo que os ha venido por obispo»[802]. El mismo Juan de Perera, maestrescuela de la catedral de Chiapa, le llamaba traidor, enemigo de la patria y mal hombre. Fray Bartolomé se encaminó a Ciudad Real a pie, enfermo y a los 71 años cumplidos, acompañado de su inseparable y bondadoso Fray Vicente. Le recibieron mal y varias veces estuvo en peligro su vida. Entonces se decidió a renunciar el obispado. Salió de Ciudad Real en los comienzos de la Cuaresma de 1546, habiendo permanecido un año en aquella población. Pasó a México, despidiéndose antes de su grey, a la cual no volvió a ver, y acompañado de tres religiosos de su orden y del maestrescuela Juan de Perera, que tiempo atrás le había llenado de ultrajes. Tampoco en aquella ciudad obtuvo de los oidores de la Audiencia el respeto y consideraciones que él merecía.

Reunidos los prelados, doctores y otras distinguidas personas para la celebración de una Junta eclesiástica, manifestóse en los debates que la doctrina del Padre Las Casas obtenía solemne sanción. Sin embargo, por lo que a la esclavitud respecta, no conformes el prelado y el virrey D. Antonio de Mendoza, tuvieron algunos disgustos. Fray Bartolomé, antes de renunciar el gobierno de su iglesia, nombró vicario general al citado canónigo Juan de Perera (5 noviembre 1546) y con fecha del día siguiente se publicó, tiempo adelante, el Confesonario, Formulario de confesores o Instrucciones para los confesores. Aunque se dispuso que se mantuviere secreto el contenido del Confesonario, «los más de los seglares—dice Remesal—tenían sus traslados, y como eran tan rigurosas sus reglas parecióles que si por ellas eran juzgados a ninguno se le podía dar la absolución.» No puede negarse que las reglas eran muy severas, en particular la 1.ª y la 5.ª, llegando a ser causa de alboroto y de protesta general.

Como paladín de los más descontentos se manifestó el Padre Motolinía, quien escribió una carta a Carlos V diciéndole, entre otras cosas: «Por amor de Dios, ruego a V. M. que mande ver y mirar a los letrados, así de vuestros Consejos como a los de las Universidades, si los conquistadores, encomenderos y mercaderes desta Nueva España están en estado de recibir el sacramento de la penitencia y los otros sacramentos, sin hacer instrumento público por escritura y dar sanción juratoria, porque afirma el de Las Casas que sin estas y otras diligencias no pueden ser absueltos, y a los confesores pone tantos escrúpulos, que no falta sino ponellos en el infierno, y así es menester esto se consulte con el Sumo Pontífice.» Fijábase también en la administración del bautismo para deducir que no era posible seguir al pie de la letra los preceptos del Padre Las Casas. En la carta del Padre Motolinía se veía al misioro que temía aventurar la salvación del alma, único fin de todos sus sacrificios y desvelos; pero no sería aventurado afirmar que también se notaba la enemiga del franciscano al dominico. «Si los tributos de los indios son y han sido, decía, mal llevados, injusta y tiránicamente (como afirma el de Las Casas), buena estaba la conciencia de V. M., pues tiene y lleva V. M. la mitad o más de todas las provincias..., de manera, que la principal injuria o injurias hace a V. M. y condena a los letrados de vuestros Consejos, llamándolos muchas veces injustos y tiranos: y también injuria y condena a todos los letrados que hay y ha habido en toda esta Nueva España, así eclesiásticos como seculares, y a los presidentes y Audiencias de V. M., etc.» Todo lo que el P. Motolinía hacía valer en 2 de enero de 1555, era exacta repetición de lo que se dijo en principios de 1547. Al lado del P. Motolinía se pusieron dos hombres eminentes: el Dr. Juan Ginés de Sepúlveda, cronista y capellán del Emperador, y el Dr. Bartolomé Frías Albornoz, discípulo de D. Diego Covarrubias, y profesor de Derecho civil de la Universidad de México.

Sin arredrarse, Fray Bartolomé salió a la palestra, hizo examinar de nuevo su Confesonario, que fué aprobado por los maestros Cano, Miranda, Galindo, Sotomayor y Fray Francisco de San Pablo, logrando, vencer al Dr. Sepúlveda; mas en América no le favoreció la fortuna.

El P. Motolinía había sido nombrado provincial de los franciscanos (1548) y su influencia era cada día mayor. El Emperador mandó a la Audiencia de México que recogiese todas las copias que circulaban del Confesonario, hasta que el Consejo, encargado de la revisión, pronunciase la sentencia. Ordenóse además a Fray Bartolomé que diera, dentro de corto plazo, explicaciones ante dicho Consejo, sobre ciertos puntos del Confesonario. El P. Motolinía buscó todos los manuscritos o copias del citado libro, y las entregó al virrey D. Antonio de Mendoza, quien las quemó «porque en ellas se contenían—según aquel Padre—dichos y sentencias falsas e escandalosas...» Dió Las Casas explicaciones que se le pedían en Treinta proposiciones en forma de tésis, resumiendo en ellas toda su doctrina teológica, canónica y política. Explicó que el soberano imperio y universal principado y señorío de los reyes de Castilla en las Indias, no era incompatible al que tenían los señores naturales de ellas; dijo que los reyes de Castilla estaban obligados a propagar el cristianismo, pero amorosa, dulce y caritativamente; afirmó que lo hecho por los españoles en América era «injusto, inicuo, tiránico y digno de todo fuego infernal, y, por consiguiente, nulo, inválido y sin algún valor y momento de derecho. Y como fuera todo nulo e inválido de derecho, por tanto, no pudieron llevarles (a los indios) un sólo maravedí de tributos justamente, y, por consiguiente, eran obligados a restitución de todo ello.» Denominó a las encomiendas y repartimientos, como en otro lugar ya se dijo, «pestilencia inventada por el diablo para destruir todo aquel Orbe (América), consumir y matar aquellas gentes dél»[803].

También el Dr. Sepúlveda no cedía en sus ataques a fray Bartolomé. Éste, en la forma acostumbrada, retó a aquél a un combate literario, ante una «congregación de letrados, teólogos y juristas», presidida por el Consejo Real de Indias, donde se disputaría «si contra la gente de aquellos reinos (América) se podía lícitamente y salva justicia, sin haber cometido nuevas culpas, más de las en infidelidad cometidas, mover guerras que llaman conquistas.» Compareció el Dr. Sepúlveda e improvisó elocuente discurso, al cual contestó fray Bartolomé con un largo escrito que duró cinco sesiones. Admirablemente se defendió Las Casas de los ataques de Sepúlveda y de rechazo atacó al Padre Motolinía, defensor de la misma doctrina que había expuesto el cronista y capellán del Emperador. No reprobó el Consejo las explicaciones dadas por el obispo, quien se retiró después con su compañero fray Rodrigo de Ladrada al convento de San Gregorio, de Valladolid.

Al mismo tiempo en América ardía el fuego de la discordia, llegando a toda clase de extremos ambos partidos, el del Padre Motolinía y el del antiguo obispo de Chiapa. El Dr. Sepúlveda y fray Bartolomé de Las Casas, a disgusto de la Corona y del Consejo Real de Indias, publicaron, el primero su Apología (1550) y el segundo sus Opúsculos (1552), señalándose entre ellos el Confesonario. La impresión que la última publicación hizo en el ánimo del Padre Motolinía se manifiesta por la carta ya citada y dirigida al Emperador con fecha 2 de enero de 1555.