Reunidos en el día señalado los conjurados en casa de Almagro, supieron que el Marqués no había salido a misa por estar enfermo. Creyendo que la conjuración estaba descubierta, resueltos a jugar el todo por el todo, Rada, seguido de los demás, salió a la calle gritando: ¡Viva el Rey! ¡Muera el tirano!, y, dirigiéndose al palacio del Marqués, en ocasión que estaba comiendo, pasó la primera puerta que estaba abierta y entró en el primer patio, llegando a la segunda puerta. En tanto que Pizarro y su hermano Alcántara se ponían las armaduras, aquél mandó a su oficial Francisco de Chaves que cerrase la segunda puerta, encargo que no cumplió, intentando entrar en tratos con los revolucionarios. Cortaron el debate los de Chile matando a Chaves y arrojando el cuerpo por la escalera. Locos de furia penetraron en lo interior gritando: ¿Dónde está el Marqués? ¡Muera el tirano! Si intentó Martínez de Alcántara, con otros pocos, cerrarles el paso, tuvieron que ceder al mayor número. Cuando Alcántara cayó mal herido al suelo, Pizarro, con la capa al brazo y con la espada en la mano, se precipitó como furioso león sobre sus enemigos, repartiendo mandobles a derecha y a izquierda y por de frente, no sin exclamar: ¡Cómo!, traidores, ¿habéis venido á matarme á mi propia casa? Los conjurados, a grandes empujones, echaron sobre el Marqués a uno de sus compañeros, llamado Narváez, diciendo: ¿Qué tardanza es ésta? Acabemos con el tirano. Mientras Pizarro y los suyos herían a Narváez, los conjurados cayeron sobre el valeroso Marqués, quien cayó al suelo, pronunciando el nombre de Jesucristo, «y caído, Juan Rodríguez Borregán, con un alcarraz lleno de agua, le dió tan gran golpe en el rostro, que se le quebrantó con él, con que espiró en edad de sesenta y tres años»[179]. También murieron Francisco Martínez de Alcántara y los dos pajes, Escandón y Vargas. «Fuera señalado capitán—añade Herrera—si á la postre no se perdiera con el ambicion, y escureciera sus hechos con la muerte de su amigo y compañero Don Diego de Almagro, en que mostró mucha ingratitud...»[180].
Inmediatamente los conjurados salieron corriendo a la calle, con las armas en la mano y dando gritos de: Ya es muerto el tirano. Las leyes están restablecidas. ¡Viva el Rey nuestro Señor y su gobernador Almagro! Unos 300 se unieron a la bandera de Rada. El secretario Picado se refugió en casa del tesorero Riquelme, y allí fueron algunos de Chile. Escribe Herrera que Riquelme decía: «No sé adonde está el señor Picado, y con los ojos le mostraba y le hallaron debajo de la cama»[181]. A saco fueron entradas las casas de Pizarro y de Picado. Reconoció el ayuntamiento la autoridad de Almagro, el cual recorrió las calles a caballo, siendo proclamado gobernador y capitán general del Perú. Los restos de Pizarro se colocaron en un rincón de la Catedral; posteriormente fueron trasladados bajo un monumento que se levantó en sitio preferente de dicha iglesia, y el 1607 se llevaron a la nueva Catedral para que reposasen al lado de los de Mendoza, el muy digno virrey del Perú. Pizarro permaneció soltero. De una hija de Atahuallpa y nieta del gran Huayna Capac tuvo una hija y un hijo. Después de la muerte del Marqués, su amiga casó con un caballero español, y el matrimonio se trasladó a España. El hijo no llegó a la edad viril, y la hija casó con su tío Hernando, preso a la sazón en Medina. Reinando Felipe IV se restableció el título en favor de D. Juan Hernando Pizarro, pues en atención a los servicios de su antecesor fué creado marqués de la Conquista, recibiendo también considerable pensión del gobierno. El conquistador del Perú no aprendió a leer ni a escribir. No era aficionado al lujo, sobrio en la comida y bebida, laborioso, poco amigo de atesorar riquezas; sólo le dominaba el vicio del juego. Hombre de valor a toda prueba, exponía frecuentemente su vida. El peligro a que se expuso Pizarro al hacer prisionero a Atahuallpa fué mayor que el de Hernán Cortés cuando se apoderó de la persona de Moctezuma. Mostró su perfidia con el tratamiento que dió a Atahuallpa y luego a Manco, como también con la conducta que siguió con Almagro. Ni el conquistador de México ni el del Perú fueron hombres políticos; menos el último que el primero. Más religioso Cortés que Pizarro, aquél dió a su expedición el carácter de cruzada.
Para remedio de tantos males, en la primavera de 1541 desembarcó Vaca de Castro en el puerto de Buena Ventura, y por tierra—pues huía de los peligros de la mar—se encaminó a Popayán, donde recibió la noticia de la muerte de Pizarro, dirigiéndose inmediatamente a Quito. ([Apéndice E]). Recibióle el segundo de Gonzalo Pizarro, porque el jefe se hallaba en la expedición al río de las Amazonas. Belalcázar, el conquistador de Quito, se presentó y le ofreció su apoyo. Vaca de Castro envió emisarios a las principales ciudades, exigiendo la obediencia como legítimo representante de la Corona. Continuó su marcha hacia el Sur.
A vuelta de todo en el Norte mostróse risueña la fortuna, aunque por poco tiempo, con el joven Almagro. La prudente política de Rada—pues Rada era el alma de todo—contribuyó a que fuese mayor cada día el partido de Almagro. Sólo con Picado usaron de excesiva severidad los conjurados, hasta el extremo que le pusieron a tormento para que declarase el sitio donde Pizarro tenía depositados sus tesoros, y como nada pudiera decir, determinaron cortarle la cabeza en la plaza de Lima. Intervino en favor de Picado el obispo del Cuzco, fray Vicente de Valverde, según él mismo asegura en carta desde Tumbez. Llegó su turno al fanático prelado. Poco tiempo después, a últimos del año 1541, se le permitió embarcarse en Lima con el juez Velázquez y otros partidarios de Pizarro, cayendo inmediatamente todos en poder de los indios y asesinados en Puna sin que nadie derramase una lágrima por ellos. Si el Padre Olmedo usó algunas veces de su influencia en favor de los indios de México, el Padre Valverde no tuvo nunca una palabra de consuelo para los indígenas del Perú.
En aquellas circunstancias tan críticas fué para Almagro inmensa desgracia la muerte del anciano y leal Juan de Rada. No tenían la prudencia de Rada los capitanes Cristóbal de Sotelo ni García de Alvarado, los cuales, además, se odiaban mútuamente. Se dió el caso que Sotelo fué asesinado por García de Alvarado y García de Alvarado por el mismo Almagro. Con dos enemigos poderosos se dispuso a luchar Almagro: formaban el primero los restos del partido de Pizarro dirigidos por Holguín y Alonso de Alvarado; era el otro el del comisionado regio Vaca de Castro. Cuando se disponía a comenzar la campaña supo que Holguín y Alonso de Alvarado se habían puesto bajo las órdenes de Vaca de Castro. Confiaba, sin embargo, en la ayuda del inca Manco, quien, si detestaba hasta la memoria de Pizarro, no debía olvidar su antigua amistad con el Mariscal y recordaría también que sangre peruana corría por las venas de Almagro. Este joven capitán llenó su tesoro del metal que sacó de las minas de La Plata. Fabricó pólvora, sirviéndose del azufre que en abundancia se hallaba en las inmediaciones del Cuzco. Construyó cañones y otras armas de fuego, corazas y yelmos, bajo la dirección de Pedro de Candía, el griego, uno de los primeros que llegaron al país con Pizarro. Antes de lanzarse a la guerra envió al comisionado regio Vaca de Castro (verano de 1542), una embajada a Lima, manifestándole lo mucho que sentía el tomar las armas contra un representante de la Corona. Manifestábale, además, que su único deseo era asegurar la posesión de la Nueva Toledo, que le correspondía por herencia de su padre y despojado de ella por Pizarro, añadiendo que nada tenía que decir con respecto a Nueva Castilla como país asignado al Marqués. Proponía, por último, que Vaca de Castro y él permaneciesen dentro de los límites de su respectivo territorio hasta que la corte de España resolviese definitivamente la cuestión. No habiendo tenido respuesta y perdidas las esperanzas de amistoso arreglo, Almagro reunió sus tropas, y después de protestar que el paso que sus compañeros y él iban a dar no era acto de rebelión contra la Corona, sino que a ello se veían obligados por la conducta del comisionado regio, volvió a repetir que el territorio de Nueva Toledo fué cedido a su padre, y a la muerte de su padre pasó a él como heredero. Todas sus tropas ascenderían a unos 500 hombres: tanto la caballería como la infantería estaban perfectamente equipadas; pero la principal fuerza consistía en la artillería, compuesta de ocho piezas de grueso calibre y de ocho falconetes. A la cabeza del valiente y disciplinado ejército salió Almagro del Cuzco (mediados del verano de 1542) y dirigió su marcha hacia la costa, esperando encontrar al enemigo.
Entretanto, Vaca de Castro, después de salir de Quito, entró en las ciudades de San Miguel y de Trujillo en medio del regocijo popular y luego se detuvo en Huaura, teniendo la satisfacción de ver reconciliados a Holguín y Alonso de Alvarado, antiguos partidarios de Pizarro. De Huaura mandó la mayor parte de sus fuerzas a Xauxa, mientras él con un pequeño cuerpo se encaminaba a Lima. Animado con el recibimiento entusiástico que le hicieron y habiendo obtenido de los habitantes más ricos considerable empréstito, abandonó el Cuzco, tomó la vuelta de Xauxa y pasó revista a sus tropas, que ascendían a unos 700 hombres. La caballería era más numerosa, aunque no tan bien armada como la de Almagro; la infantería, además del número correspondiente de alabardas, no carecía de bastantes armas de fuego; la artillería estaba reducida a tres o cuatro falconetes mal montados. En suma, si el ejército real era inferior por su armamento al de Almagro, en cambio aventajaba por su mayor número de plazas. Importa decir que hallándose Gonzalo Pizarro de vuelta de su célebre expedición a la tierra de las canelas, escribió a Vaca de Castro, residente entonces en Xauxa, ofreciendo sus servicios en la próxima lucha con Almagro. Contestó el comisionado regio que agradecía el ofrecimiento y que si por entonces no lo aceptaba, no dejaría de utilizar sus servicios cuando la ocasión lo exigiese. Salió Vaca de Castro de Xauxa y a marchas forzadas caminó 30 leguas, apoderándose de la plaza fuerte de Guamanga; Almagro permanecía en Bilcas, a 10 leguas de distancia. En Guamanga recibió el comisionado regio otra embajada de Almagro, proponiéndole lo mismo que en la primera, a la cual se sirvió contestar en tales términos que la avenencia se hizo de todo punto imposible. Bastará decir que Vaca de Castro exigía que Almagro disolviese su ejército y le entregara los que estaban inmediatamente complicados en el asesinato de Pizarro.
En las llanuras de Chupas se encontraron Vaca de Castro y Almagro el 16 de septiembre de 1542. Faltaban unas dos horas para ponerse el sol. En la duda de si comenzar o no la batalla, como insistiese por la afirmativa Alonso de Alvarado, cuentan que el representante de la Corona vino en ello exclamando: «¡Quién tuviera el poder de Josué para detener el curso del sol!»[182].
El orden de batalla del ejército leal fué el siguiente: En el centro se colocó la infantería; en los flancos la caballería, cuya ala derecha la mandaba Alonso de Alvarado, llevando el estandarte real, y del ala izquierda se encargó a Holguín; también ocupó el centro la artillería, aunque sin darle mucha importancia. Vaca de Castro hubo de mandar un cuerpo de reserva compuesto de 40 caballos, destinado a acudir a donde la necesidad lo exigiese. La alocución dirigida por Vaca de Castro hizo tal efecto, que los soldados marcharon al combate «como si fueran a fiestas donde estuvieran convidados»[183]. Las tropas de Almagro estaban de la manera que a continuación diremos. En el centro se colocó la artillería protegida por los alabarderos y arcabuceros; en los flancos formaba la caballería. Almagro guiaba la izquierda. Comenzó a jugar la artillería de Almagro con bastante acierto, viéndose obligado Vaca de Castro, por consejo de Francisco de Carbajal—uno de los veteranos discípulos de Gonzalo de Córdoba—a conducir las tropas por un camino que rodeaba las colinas. Si en la marcha fué acometido su flanco izquierdo por los batallones indios de Paullo, hermano del inca Manco, un cuerpo de arcabuceros dirigió contra aquéllos sus certeros tiros. Cuando las tropas leales subieron a la cima de la eminencia, volvieron a encontrarse en frente de la artillería de Almagro. Llamó la atención que sin embargo de dirigir los cañones a un punto que presentaba buen blanco, la mayor parte de los tiros pasaban sobre las cabezas de los soldados de Vaca de Castro. No sabemos si esto fué traición o torpeza. Sólo se sabe que mandaba la artillería Pedro de Candía, uno de los trece que se pusieron al lado de Pizarro en la isla del Gallo y con el cual hizo toda la conquista, separándose luego y tomando partido por Almagro. Tal vez, deseando volver a sus primitivas banderas o para vengarse de los asesinos de su antiguo jefe, entró en correspondencia con Vaca de Castro. Parece ser que convencido Almagro de la traición de Candía, le reconvino por su conducta y le atravesó con la espada, dejándole muerto en el campo. Después, lanzándose a uno de los cañones y dándole nueva dirección disparó con tanto acierto que echó por tierra a muchos soldados de la caballería enemiga. Pensó Carbajal oponer sus cañones a los del enemigo, variando pronto de opinión y decidiéndose a dar una carga con la caballería. Almagro, en vez de esperar el ataque a la defensiva, mandó a su gente salir al encuentro. El choque fué terrible. «Se encontraron de suerte que casi todas las lanzas quebraron, quedando muchos muertos y caídos de ambas partes»[184]. «Después de la de Ravena—dice otro escritor—no se ha visto entre tan poca gente más cruel batalla...»[185]. La caballería de Almagro pudo resistir la superioridad del número de sus enemigos, si bien los del ejército real lograron alguna ventaja, dirigiendo sus golpes a los caballos en vez de dirigirlos a los hombres. La infantería de una y de otra parte sostenía vivo fuego de arcabuz, así en las filas respectivas como en las de caballería. La artillería de Almagro, por último, bien dirigida a la sazón, causaba muchas bajas en las columnas de la infantería real que querían adelantarse. «Estas, no pudiendo ya sufrirlo, comenzaban a retroceder, cuando Francisco de Carbajal, lanzándose a la cabeza de todos gritó: ¡Mengua y baldón para el que ceda! Yo soy un blanco doble mejor para el enemigo que ninguno de vosotros. Era, en efecto, hombre corpulento, y arrojando de sí el acerado yelmo y la coraza para no tener ventaja alguna sobre sus soldados, se quedó armado a la ligera con su coleto de algodón. En seguida, blandiendo su partesana, se entró atrevidamente por entre las columnas de fuego y humo que brotaban los cañones, y seguido entre una lluvia de balas por los más salientes de sus tropas, se lanzó sobre los artilleros y se hizo dueño de las piezas»[186]. Las sombras de la noche comenzaban a extenderse por el campo, y todavía continuaba la lucha, distinguiéndose los de Vaca de Castro por las divisas rojas, y los de Almagro por las blancas, como también por los gritos de ¡Vaca de Castro y el Rey! ¡Almagro y el Rey! Ambos ejércitos invocaban el auxilio del apostol Santiago. Aún no se había declarado la victoria por ninguno. No debe olvidarse que en los primeros momentos de la batalla, Holguín, que mandaba el ala izquierda de los realistas, fué atravesado de dos balas de arcabuz, y por lo que respecta a la derecha, cuyo jefe era Alonso de Alvarado, iba perdiendo terreno ante las repetidas cargas del valeroso Almagro. En este momento crítico, Vaca de Castro, que desde una altura contemplaba el combate, se lanzó al lugar de más peligro para socorrer a su valiente oficial. Aquellos soldados de refresco decidieron la suerte de la batalla. El ánimo que recobraron los soldados de Alvarado lo perdieron los de Almagro. Retrocedieron los de Almagro, y aunque el joven jefe hizo esfuerzos para contenerlos, no pudo, huyendo a la desbandada a las nueve de la noche, infantería, caballería y artillería. Muchos pudieron huir favorecidos por la obscuridad de la noche, y algunos, arrancando los distintivos de sus enemigos muertos, se los colocaron y se unieron a los vencedores.
El número de muertos por ambas partes fueron, según Garcilaso y Uscategui, 500; según Zárate, 300. Los de Vaca de Castro tuvieron más pérdidas que los de Almagro. El número de heridos fué mucho mayor. Almagro, seguido de unos pocos soldados, se retiró al Cuzco. Luego salió de la ciudad y fué hecho prisionero por Rodrigo de Salazar y otros en el camino de Yucay.
Nombró Vaca de Castro una comisión en Guamanga para juzgar a los prisioneros, siendo condenados 40 a la pena de muerte y 30 a destierro. Pasó Vaca de Castro al Cuzco, en cuya ciudad se le presentaba resolver acerca de la suerte de su prisionero Almagro. Un consejo de guerra no tuvo compasión y le condenó a muerte; fué ejecutado en la plaza del Cuzco, en el mismo sitio donde su padre lo había sido algunos años antes. Digno de mejor suerte era Almagro. Joven, valiente, generoso y de mucho talento, si algunas veces dió muestras de exagerada severidad, no olvidemos que sangre india corría por sus venas y no olvidemos las circunstancias de su situación. «Si la conspiración puede justificarse alguna vez—escribe Prescott—, es sin duda en un caso semejante, en que, desesperado por los ultrajes hechos a él y a su padre, no podía obtener reparación del único de quien tenía derecho a reclamarla.»[187].