Cuando ocurrían estos sucesos, supo Vaca de Castro que Gonzalo Pizarro había llegado a Lima y no se recataba de mostrar su descontento por la política que se seguía en el Perú. El representante real envió fuerzas considerables a Lima para guarnecer dicha capital, y ordenó a Gonzalo Pizarro que se le presentase en el Cuzco. Obedeció el audaz caudillo, y poco después se hallaba en presencia del vencedor de Chupas. Vaca de Castro oyó con gusto la relación que le hizo Gonzalo de su última expedición, aconsejándole luego que se retirase a sus haciendas a buscar el reposo. Aunque el consejo no fuese del agrado de Pizarro, juzgó prudente retirarse a La Plata, para ocuparse únicamente en el trabajo de aquellas ricas minas.
Tranquilo por este lado Vaca de Castro, se dedicó a la organización del ejército y dió varias leyes para el mejor gobierno de la colonia, entre ellas, una que tenía por objeto la disminución de los repartimientos. Túvose noticia por entonces del famoso Código publicado por Carlos V en el año 1543, y del cual hablaremos en su lugar respectivo. En el dicho Código se dieron leyes favorables a los indios con disgusto de los colonos. También se dispuso enviar un virrey al Perú y con él una Real Audiencia, estableciéndose el uno y la otra en Lima[188]. Procuró Vaca de Castro calmar la agitación del país; pero sus consejos no fueron oídos, y los más impacientes o revolucionarios se fijaron en Gonzalo Pizarro, único individuo que quedaba de aquella familia de conquistadores.
El territorio de Bolivia o Alto Perú formó primitivamente parte del imperio de los Incas. Bajo la dominación española, desde el siglo xvi al xviii dependió del virreinato del Perú, siendo gobernado por la Audiencia de Charcas, hasta que, habiéndose creado en el año 1776 el virreinato de Buenos Aires, fué agregado a este último. Durante la guerra de separación, se declaró en República independiente, con el nombre de Bolivia, que se dió en honor de Bolívar.
La primera expedición a Bolivia la realizó Diego de Almagro, compañero de Pizarro, cuya vanguardia iba a cargo de Juan de Saavedra. Eligió Almagro la ruta de Collasuyo en su marcha hacia Chile y Saavedra fundó en Paria, a pocas millas de Oruro, la primera ciudad española en territorio boliviano. La expedición hizo alto en Tupiza, siguió hacia el Sur, dejando sin explorar las minas de Charcas, continuando su viaje a través de los Andes. El desgraciado Almagro expresó luego profundo sentimiento por no haber permanecido en Charcas, en lugar de emprender el camino de más sufrimientos y privaciones que se registra en los anales de la conquista.
También Hernando y Gonzalo Pizarro invadieron el país. Luego, Hernando volvió a Cuzco, y Gonzalo, después de su atrevida expedición con Orellana, se fijó en la conquista de Bolivia, consiguiendo su primera victoria en el valle de Cachabamba, y la segunda sobre los indios charcas. Pedro Antúnez, por encargo de Francisco Pizarro, fundó en el sitio de un pueblo indígena la ciudad de Chuquisaca, llamada también Charcas y La Plata, que fué asiento de la Real Audiencia y Sede Arzobispal. Dicha ciudad es conocida hoy con el nombre de Sucre, en honor del héroe de la independencia. Gonzalo Pizarro se dirigió a sus posesiones del Sur en el territorio de Charcas, con el objeto de explotar allí las minas de plata. Dejó la productiva industria para ponerse a la cabeza de una revolución contra el virrey Blasco Núñez de Vela, sin tener en cuenta que la mencionada autoridad había sido nombrada por Carlos V para reformar los abusos del sistema de encomiendas. Las guerras entre el virrey Blasco y Gonzalo Pizarro, entre dicho Gonzalo Pizarro y el licenciado La Gasca, se tratarán en el [capítulo XXIII]. En este lugar sólo recordaremos que, si poco antes Diego Centeno y Alonso Santandía echaron los cimientos de la villa imperial de Potosí, población que había de ser tiempo adelante una de las más famosas del mundo, a la sazón La Gasca ordenó al capitán Alonso de Mendoza la fundación de una ciudad en el valle de Chuquiapu, conforme a la frase del historiador Tácito: Con mayor número de buenas costumbres que de leyes. Comenzó su fundación el 20 de octubre de 1545, y se le dió el nombre de Nuestra Señora de la Paz.
En este mismo año de 1545, el Emperador mostró su generosidad con el heredero del imperio del Perú. Imperio tan rico merecía ser pagado con tan flamante Escudo. «Armas: Informado S. M. de los buenos servicios de D. Christóbal Topa Inca, hijo de Guayna Capac, señor natural que fué de las Provincias del Perú, y deseando darle a conocer el aprecio que le merecían sus lealtades; le concedió un Escudo dividido en dos partes, y puesto en una de ellas una Aguila negra rampante en Campo de Oro con dos palmas verdes a los lados, y debajo un tigre y encima de él una borla colorada, como tenía su hermano Atabalipa, y a los lados del Tigre dos culebras coronadas de oro en campo azul, y para orla Ave María, y entre letra y letra una Cruz dorada, y por timbre un Yelmo cerrado, y por divisa una Aguila negra rampante con tres colas, y dependencia de follages de azul y oro.»[189]
Cuando los españoles llegaron á Bolivia la raza aimerá, la principal del país, estaba bastante decaída, pues se hallaba supeditada a los quechuas desde mucho tiempo antes. Aunque sus abuelos habían construído magníficos edificios en la península de Tiahuanuco, ellos lo ignoraban por completo. Como los conquistadores españoles no les trataron mejor que los quechuas, la raza aimerá disminuyó de un modo considerable y hasta se temió su completo fin. Además de los aimerás y quechuas se hallaban los chiquitos, habitantes de las sierrecillas cristalinas que corren por la divisoria de las aguas del Mamoré y del Paraguay, y los mojos, que vivían más al norte en las campiñas, mucha parte del año anegadas, por donde corren el Machupa, el San Miguel, el Río Blanco y el Baurés, afluentes ó subafluentes del Guaparé. Los nombres de estas naciones son españoles, lo que prueba que estuvieron en buenas relaciones con los conquistadores.[190] Los chiquitos y las tribus vecinas recibieron la religión cristiana, merced al celo de la Compañía de Jesús. La gloriosa muerte del P. Arce y demás compañeros de religión, la invasión de los Paulistas y de los mercaderes de esclavos y la disolución de la Compañía de Jesús, son hechos importantes en esta parte de América. Sucediéronse pronto acontecimientos luctuosos que extinguieron en gran parte las aldeas de chiquitos y de los mojos.