La Audiencia de Santo Domingo, conocedora de aquellos hechos, envió al licenciado Bernáldez para que se encargara del gobierno de Venezuela y remitiese a su antecesor Collado preso a España. Acontecía todo esto en agosto de 1562. Bernáldez, poco conocedor de los asuntos políticos y de las cosas de la guerra, nada hizo de provecho. Don Alonso de Manzanedo, nombrado en la corte sucesor del gobernador Collado, llegó a Coro; pero habiendo fallecido a principios del año 1564, volvió la Audiencia a encargar a Bernáldez del gobierno.
Bien será afirmar que por entonces se hallaba olvidada la conquista del país de los caracas, a causa de las tremendas desgracias sufridas por los españoles. Sólo uno, descendiente de indios, estaba decidido a volver a la lucha, aunque perdiese la vida. Era éste Fajardo. Desde que llegó a Margarita sólo pensó en buscar recursos, los que encontró hallándose dispuesto en los comienzos de dicho año a emprender la campaña. Despachó sus soldados hacia el río Bordones, a sotavento de Cumaná, con órdenes de que le esperasen. En el tiempo en que se disponía a incorporarse con ellos, recibió un mensaje de Alonso Cobos, justicia mayor de Cumaná, quien le rogaba pasase a verle, a fin de que el odio que hasta entonces se profesaban, se convirtiera en íntima amistad. Accedió Fajardo, se presentó sólo a Cobos, quien, con una maldad y fiereza como no hay ejemplo, le hizo encerrar en una prisión y mandó ahorcarle. Si el pequeño ejército de Fajardo se disolvió cuando se vió sin jefe, los margariteños se dispusieron a vengar a su compatriota. Capitaneados por el justicia mayor de Margarita, atravesaron el canal, entraron de noche en Cumaná, cogieron preso a Cobos y le condujeron a Margarita. Sustancióse la causa, y por orden de la Audiencia de Santo Domingo fué ahorcado aquel miserable.
Decidióse a la sazón el gobernador Bernáldez a emprender la conquista de los caracas[204]. Al frente de unos cien hombres, acompañado del mariscal y regidor perpetuo de todas las ciudades de Venezuela—pues tales títulos le había dado la corte a Gutiérrez de la Peña—, se dispuso Bernáldez a la guerra. Llegaron los expedicionarios al angosto valle que forma el Tuy, volviéndose desde allí ante los muchos indios que tenían enfrente. «Así concluyó—escribe Baralt—la expedición del licenciado Bernáldez, sin ningún fruto, sino es el nombre de Valle del Miedo que impuso la opinión común a la angostura del Tuy, en donde lo tuvieron tan cerval los españoles»[205].
En el año 1565 llegó de España el gobernador D. Pedro Ponce de León, con órdenes del Rey para conquistar pronto aquella tierra. Es de advertir que ya Bernáldez se disponía a hacer segunda entrada al país de los caracas, llevando por cabo de ella al valeroso Diego de Losada. Ponce de León confirmó el nombramiento en favor de Losada. En los comienzos del año 1567 salió Losada del Tacuyo a la cabeza de pequeño ejército, compuesto de 150 soldados (20 de a caballo, 50 arcabuceros y 80 rodeleros) y 800 personas de servicio, muchas de ellas indios, con 200 bestias de carga y considerable número de carneros y ganado de cerda. Dirigióse por la ribera septentrional del lago, el río Aragua y el Valle del Miedo, encontrando al enemigo en la cuesta de las Cocuizas. Comenzaron el ataque los indios; pero se retiraron pronto en completo desorden. Al día siguiente volvieron los arbacos con mayores bríos a la lucha, y aunque pelearon con arrojo, fueron derrotados en el mismo sitio que tiempo atrás había sido muerto Narváez. Posteriormente Guaicaipuro, que se gloriaba de haber vencido a Fajardo, a Miranda, a Rodríguez Suárez y a Narváez, fué vencido en el valle de San Pedro (25 marzo 1567). Continuó Losada su camino y llegó al valle que Fajardo denominó de Cortés y él le dió el nombre de Valle de la Pascua, porque allí pasó la de Resurrección. Entrado el mes de abril, se trasladó al valle de los caracas, llegó al sitio donde estuvo la villa de San Francisco e intentó atraerse con halagos a los indígenas. No fué posible, porque aquellas gentes querían guerra y a la guerra se dispuso Losada. Para emprenderla con ventaja se decidió, en la sierra que habitaban los indios caracas y en el mismo sitio que Fajardo estableció la villa de San Francisco, levantar él una ciudad que llamó Santiago de León de Caracas, a fin de perpetuar el nombre del Patrón de España, el del Gobernador y el indígena de los habitantes del país. Púsose la primera piedra el 25 de julio, día de Santiago. Los nombres Santiago de León se olvidaron pronto, quedando sólo el de la tribu, esto es, Caracas, hoy capital del Estado. En poco tiempo la nueva población realizó grandes progresos, contribuyendo a ello el abandono voluntario que en el año 1568 hicieron de la Burburuata sus vecinos, pasándose á vivir, los unos a Valencia, y los otros, los más, a Caracas. Después, conociendo Losada la necesidad de establecer en la marina un pueblo que facilitase sus comunicaciones con la metrópoli, bajó a la costa, y en el mismo sitio donde estuvo el Collado echó los cimientos de la ciudad de Nuestra Señora de Caravalleda (18 septiembre 1568). En seguida dispuso, con objeto de premiar los méritos de sus compañeros de armas, el repartimiento de las encomiendas; mas los indios, cada vez más rebeldes, no querían tratos de ninguna clase con los españoles. Concibió Losada un proyecto verdaderamente extravagante. Dijo que el cacique Guaicaipuro era súbdito de España y como tal él le sumariaba y condenaba a prisión por sus muertes y rebeldías. Francisco Infante, alcalde de Caracas, se encargó de reducir a prisión al cacique, y al frente de 80 soldados veteranos y buenos guías, llegó al retiro de Guaicaipuro, quien se defendió con sublime valor, cayendo al fin muerto y junto a él sus veintidós flecheros. Otros caciques pagaron también con la vida su amor a la libertad. Sucedió todo esto en el año 1569. El gobernador Ponce de León separó después de su cargo a Losada, encargando de la continuación de la conquista a su hijo Francisco Ponce de León. Diego de Losada—dice Oviedo y Baños—«fué natural del reino de Galicia, caballero muy ilustre, hijo segundo del señor de Ríonegro, de gallarda disposición y amable trato, muy reportado y medido en sus acciones, de una conversación muy amable y naturalmente cortesano.» Como la mayor parte de los conquistadores, Losada castigó con mano de hierro a muchos caciques y repartió entre sus compañeros las tierras conquistadas a los infelices indios. Se retiró al Tocuyo, donde murió—según los cronistas—el año 1569.
También el 1569 murió en Barquisimeto Ponce de León, dejando el gobierno a los alcaldes ordinarios, los cuales hubieron de gozar de absoluta autoridad en sus respectivos distritos. Del de Caracas se encargó Garci-González de Silva, que sometió a los caciques Paramaconi, Conocoima y Sorocaima.
La Audiencia de Santo Domingo, habiendo muerto Ponce de León, nombró gobernador interino de la provincia de Venezuela a Juan de Chaves. Bartolomé García, que desempeñaba el mando de la ciudad de Santiago, fué desgraciado en su lucha con los indígenas sus vecinos.
Al mismo tiempo (1569) salió de España D. Diego Fernández de Serpa con el encargo de poblar y gobernar las tierras de «Cumaná, Guayana y Caura», que habían de tomar el nombre de «Gobernación de la Nueva Andalucía.» Llegó a Tierra Firme el 13 de octubre con 280 hombres de guerra y pobladores, casados todos, estableciéndose en Nueva Córdoba[206]. En tanto que Serpa se dirigía a fundar en la ribera del Neverí la ciudad de Santiago de los Caballeros, que él destinaba para capital de las provincias de Píritu, Cumanagoto y Chacopata, Pedro de Ayala y Francisco de Alava, tenientes del Gobernador, marcharon a explorar, el primero las tierras de Cariaco y el segundo las montañas del Sur, volviendo los dos, dando noticias de haber recorrido dilatados campos plantados de maíz, yuca y batatas, no sin advertir que los indios llevaban en narices y orejas arcos de oro, las indias cintas de perlas, una de estas cintas apreciada en «más de mil y quinientos ducados.» Por lo que a la expedición de Serpa se refiere, habremos de decir que un capitán llamado Juan de Salas, a quien el Gobernador castigara por desobediente, pudo huir de la prisión, pasándose al campo enemigo. Púsose al frente de los cumanagotos y chacopatas, y cayendo sobre sus compatriotas en una emboscada, resultaron muertos Serpa, algunos jefes y buen número de soldados.
D. Diego de Mazariego se presentó en Coro el mes de febrero de 1572 con el nombramiento en propiedad de Gobernador. Comprendiendo que sus muchos años le impedían tomar parte activa en los asuntos gubernamentales y de guerra, hizo sus tenientes a Diego de Montes y a Francisco Calderón. Montes dió la comisión al capitán Juan de Salamanca para que fundase una población, la cual hubo de intitularse San Juan Bautista del Portillo de Carora (19 junio 1572); Calderón trató de oprimir a los mariches y dió el encargo de ello a Pedro Alonso Galeas, soldado antiguo y de natural fiero. Entre la gente estaba el valeroso Garci-González y el cacique Aricabacuto con algunos de sus vasallos. Guiado Galeas por Aricabacuto salió al Tuy, que entonces dividía los términos de los mariches y quiriquires. En el dicho río se presentó el cacique Tamanaco, que fué derrotado por Pedro Alonso, y, hecho prisionero, murió despedazado por un perro (propiedad de Garci-González) de singular fiereza. De dicha manera se logró la reducción de los mariches. Para sujetar a los teques, salió de Caracas el alcalde Gabriel de Avila (1573) que logró, sin oposición alguna, restablecer el antiguo real de Nuestra Señora. Luego, deseando los españoles asegurar la tranquila posesión de los veneros de las minas, acordaron que Garci-González, con el objeto de que no se repitiese el triste caso de Juan Rodríguez en la montaña de las Lagunetas, sorprendiera en su retiro a Conopoima, uno de los caciques de los teques. No pudo sorprender á Conopoima, si bien aquella tribu belicosa, por las mañas de los españoles, decayó tanto que, medio siglo después, apenas existía. Retiróse luego a las riberas del Aragua y al antiguo valle de la Pascua, donde aún se conservan restos. Consiguieron los españoles, a los diez años de lucha, sujetar las diferentes tribus de los caracas, siendo las últimas que lucharon por su independencia las de los quiriquires y tumuzas.
A fines del año de 1577 llegó de España D. Juan de Pimentel, enviado por la corte para suceder en el gobierno a Mazariego. Fijóse el nuevo Gobernador en trasladar de Coro a Caracas el asiento permanente del gobierno, quedando en aquella población la catedral[207]. Garci-González, autorizado por Pimentel, peleó sin descanso con los indígenas y en el país de Crecrepe fundó un establecimiento que llamó del Espíritu Santo. En una llanura que servía de asiento a la población del cacique Cayaurima, luchó con los cumanagotos, chacopatas, cores y chaymas, llevando los nuestros la peor parte. Garci-González hubo de abandonar el pueblo del Espíritu Santo para fundarlo con el mismo nombre entre los quiriquires; tampoco tuvo mejor éxito, pues, como dice Baralt, «mala mano tenía el extremeño para esto de levantar ciudades.»
D. Luis de Rojas, sucesor de Pimentel, llegó en octubre de 1583 y se encargó del gobierno. Concedió Rojas a Sebastián Díaz de Alfaro, la empresa de fundar en 1584 una ciudad a orillas del Tuy, que denominó San Juan de la Paz, y cuya existencia fué corta; y en el mismo año trazó la planta de San Sebastián de los Reyes, población que aún subsiste. Dispuso Rojas lejana expedición al país de los cumanagotos. Ninguno para realizarla más apropósito que Cristóbal Cobos, vecino de Caracas é hijo de aquel miserable que dió muerte a Fajardo. Cobos desembarcó en la costa de los cumanagotos, comenzando en seguida a guerrear con los naturales. Prosiguió su camino a la provincia de Chacopata, donde asentó su campo y donde trabó reñida refriega, teniendo la fortuna de coger prisionero al cacique Cayaurima. En 1585, a la boca del Neveri, estableció una ciudad que llamó San Cristóbal de los Cumanagotos, en memoria de sus victorias sobre aquella tribu belicosa. Durante el gobierno de Rojas el país de los cumanagotos se agregó a Cumaná en perjuicio de Venezuela. Otro perjuicio fué que teniendo las ciudades regidores armados, los cuales gozaban del derecho de nombrar alcaldes, Rojas quitó dicho privilegio a Caravalleda (1586), nombrándolos él para el año siguiente. Como los regidores rechazaran la imposición, Rojas los hizo llevar presos a Caracas.